genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.226.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  226  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22993934--22994074	48	3.0	46	71	15	128	28	1	3	66	1.16
22994443--22994497	26	2.2	25	86	3	74	41	7	18	32	1.78
22994639--22994687	20	2.5	20	93	0	80	22	26	26	24	2.00
22994930--22994971	14	3.1	15	80	19	56	7	42	21	28	1.79
22994930--22994966	13	2.7	14	80	20	51	8	43	24	24	1.81
22995018--22995060	15	2.9	15	86	3	52	9	0	4	86	0.71
22995018--22995043	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
22995095--22995545	152	3.0	152	95	1	814	29	14	17	38	1.89
22999231--22999285	13	4.1	14	80	13	55	81	0	14	3	0.82
22999226--22999304	19	4.0	21	72	21	64	75	0	17	6	1.00
22999254--22999304	12	4.1	12	79	5	57	82	0	13	3	0.81
23000535--23001147	81	7.6	80	88	7	791	23	17	23	35	1.95
23000535--23001147	41	15.1	40	89	6	791	23	17	23	35	1.95
23000535--23001147	203	3.0	200	88	6	873	23	17	23	35	1.95
23001154--23001268	9	12.7	9	87	7	101	83	8	0	7	0.81
23001154--23001260	1	107.0	1	73	0	61	84	8	0	7	0.79
23001454--23001482	3	10.0	3	92	7	51	31	0	0	68	0.89
23001490--23001600	4	27.8	4	72	18	56	27	0	3	67	1.13
23001536--23001599	14	4.5	15	76	23	50	29	0	1	68	0.99
23001550--23001591	11	3.8	11	87	6	50	28	0	0	71	0.86
23001461--23001601	48	3.0	46	71	15	128	28	1	3	66	1.16
23001970--23002024	26	2.2	25	90	3	83	41	9	18	30	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23002166--23002214	20	2.5	20	93	0	80	22	26	26	24	2.00
23002457--23002498	14	3.1	15	80	19	56	7	42	21	28	1.79
23002457--23002493	13	2.7	14	80	20	51	8	43	24	24	1.81
23002545--23002590	16	2.9	16	87	3	58	8	0	4	86	0.68
23002545--23002572	1	28.0	1	100	0	56	0	0	0	100	0.00
23002545--23002588	10	4.3	10	83	13	54	6	0	2	90	0.51
23002625--23003075	152	3.0	152	95	1	814	29	14	17	38	1.89
23003582--23003851	147	1.8	147	82	4	348	19	29	28	22	1.98
23003827--23003876	26	1.9	26	95	0	91	24	24	22	30	1.99
23004845--23004897	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
23005753--23005780	12	2.3	12	100	0	56	42	25	25	7	1.80
23006406--23006456	26	2.0	26	88	0	75	27	29	15	27	1.96
23007363--23007742	158	2.4	159	78	5	383	18	26	29	25	1.98
23007714--23007765	26	2.0	26	88	7	79	26	23	19	30	1.98
23008939--23008991	26	2.0	26	85	7	72	26	22	20	30	1.98
23009337--23009834	159	3.2	157	75	8	481	19	26	29	24	1.98
23009658--23010019	184	2.0	184	85	4	489	20	26	28	24	1.99
23009870--23010334	157	2.9	157	79	4	488	20	28	29	21	1.98
23009834--23010325	158	3.1	153	77	8	472	20	27	29	22	1.98
23010686--23010738	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
23010712--23011134	158	2.7	155	76	5	400	21	27	29	21	1.99
23011423--23011478	26	2.2	26	90	6	87	28	21	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23011275--23011637	184	2.0	184	83	2	469	18	26	30	25	1.98
23011826--23012321	158	3.1	157	75	8	493	19	27	29	23	1.98
23012297--23012347	26	2.0	26	92	7	86	27	21	19	31	1.97
23012144--23012504	184	2.0	184	86	5	507	20	26	29	24	1.99
23012793--23012845	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
23011769--23012874	501	2.2	501	84	2	1438	20	26	29	23	1.99
23013172--23013224	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
23013288--23013338	26	2.0	26	100	0	102	3	39	27	29	1.74
23014127--23014179	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
23014079--23014744	355	1.9	355	82	1	843	19	26	30	23	1.98
23014516--23014850	158	2.1	158	81	3	370	19	28	29	22	1.98
23014824--23014876	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
23015052--23015102	26	2.0	26	88	7	77	29	25	17	27	1.98
23015076--23015569	159	3.1	155	76	8	467	18	27	30	23	1.98
23016034--23016085	26	2.0	26	92	0	86	28	25	17	28	1.97
23016304--23016888	159	3.7	157	75	6	502	19	27	28	24	1.98
23016862--23016914	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
23017417--23017466	25	2.0	26	88	4	75	28	28	18	26	1.98
23017526--23017900	159	2.4	159	78	8	406	18	28	30	23	1.97
23018251--23018302	25	2.0	26	88	3	79	28	25	19	26	1.98
23018276--23018777	158	3.2	157	72	6	431	21	25	29	24	1.99
23018751--23018803	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23017527--23020485	871	3.4	859	78	6	2965	19	26	30	23	1.98
23019592--23019644	26	2.0	26	89	7	81	24	24	22	28	2.00
23019987--23020419	158	2.7	157	72	7	388	20	28	29	22	1.98
23020578--23020604	13	2.1	13	100	0	54	7	44	25	22	1.79
23021354--23021462	55	2.0	55	87	0	155	24	35	22	16	1.95
23023512--23023566	24	2.3	24	84	6	67	29	38	18	14	1.90
23026220--23026324	26	4.0	26	83	0	147	26	25	20	27	1.99
23026226--23026324	52	1.9	52	93	0	171	26	25	20	28	1.99
23026754--23026832	26	3.0	26	89	7	117	29	25	17	27	1.98
23026985--23027037	26	2.0	26	92	0	88	24	24	20	30	1.99
23027407--23027496	26	3.4	26	80	3	117	30	26	16	26	1.97
23027929--23027978	26	1.9	26	95	0	91	24	28	20	28	1.99
23028394--23028444	26	2.0	25	96	3	93	27	23	19	29	1.98
23028804--23029296	159	3.1	158	75	4	404	21	27	28	22	1.99
23028869--23029317	159	2.8	158	76	5	447	20	29	28	21	1.98
23029454--23029506	26	2.0	26	92	0	88	24	28	20	26	1.99
23029816--23029875	26	2.3	26	82	8	68	26	28	20	25	1.99
23029120--23030081	355	2.7	355	81	6	1060	20	27	29	22	1.98
23033031--23033082	27	1.9	27	88	7	79	26	30	17	25	1.97
23033532--23033584	26	2.0	26	96	0	97	28	22	18	30	1.98
23037247--23037747	158	3.2	156	76	10	423	22	29	27	19	1.98
23037721--23037773	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23038113--23038164	26	2.0	26	88	7	79	28	17	25	28	1.97
23038137--23038639	158	3.2	157	78	6	480	22	29	27	19	1.98
23038613--23038665	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
23039359--23039767	160	2.6	156	76	6	376	23	28	28	19	1.98
23040411--23040498	26	3.4	25	76	4	95	29	18	23	28	1.98
23040857--23040909	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
23041062--23041140	26	3.0	26	90	3	124	27	17	25	29	1.98
23041569--23041673	26	4.0	26	82	2	131	27	19	24	28	1.98
23041569--23041670	52	2.0	52	88	0	150	28	18	24	28	1.98
23046424--23046532	55	2.0	55	92	0	182	16	24	34	23	1.95
23047282--23047308	13	2.1	13	100	0	54	22	25	44	7	1.79
23047874--23047925	26	2.0	26	84	0	68	26	15	26	30	1.96
23048242--23048294	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
23049108--23049610	158	3.2	158	75	3	382	23	29	26	20	1.99
23049584--23049635	25	2.0	26	85	3	70	28	19	23	28	1.98
23049676--23049704	13	2.2	13	100	0	58	20	24	44	10	1.82
23048349--23050375	892	2.3	871	80	3	2215	23	29	26	20	1.99
23050000--23050382	158	2.4	158	77	6	373	23	29	27	19	1.98
23050431--23050483	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
23050986--23051038	26	2.0	26	85	7	72	30	22	20	26	1.98
23051012--23051841	158	5.2	157	74	10	626	22	29	28	20	1.98
23051011--23051841	317	2.6	316	84	5	1024	22	29	28	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23051815--23051867	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
23052330--23052820	159	3.1	156	77	6	396	23	30	27	18	1.98
23052797--23052847	26	2.0	26	92	7	86	27	19	25	27	1.99
23053023--23053075	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
23054209--23054238	11	2.7	11	100	0	60	20	36	26	16	1.93
23054335--23054753	159	2.6	157	80	5	450	24	28	28	18	1.98
23055167--23055221	27	2.0	27	86	6	76	32	18	21	27	1.96
23055194--23056002	158	5.1	157	75	5	556	24	30	26	19	1.98
23057077--23057129	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
23057456--23057508	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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