genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.339.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  339  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31191223--31191275	26	2.0	26	85	7	72	28	16	26	28	1.97
31191248--31191678	159	2.7	159	75	5	426	23	29	28	18	1.98
31192077--31192129	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
31193300--31193352	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
31193325--31193733	159	2.6	156	77	5	437	24	29	26	18	1.98
31193325--31193817	157	3.1	156	75	8	435	23	29	26	20	1.99
31193799--31193851	26	2.0	26	85	0	70	30	16	22	30	1.96
31194191--31194690	159	3.1	158	72	10	388	22	28	27	21	1.99
31195562--31195614	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
31195587--31196027	159	2.8	159	81	3	462	22	32	28	17	1.96
31195668--31196090	159	2.7	154	80	6	443	21	33	26	18	1.96
31196470--31196962	158	3.1	156	76	8	485	21	27	29	21	1.99
31196944--31196996	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
31203879--31203931	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
31204920--31205281	159	2.3	159	83	0	447	22	30	28	18	1.98
31205338--31205387	26	1.9	26	92	8	84	34	22	20	24	1.97
31205522--31205574	26	2.0	26	89	7	81	24	20	26	28	1.99
31206717--31206769	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
31206743--31207077	158	2.1	158	79	4	345	24	28	26	20	1.99
31207440--31207492	26	2.0	26	88	0	79	30	18	22	28	1.98
31205813--31207709	706	2.7	707	81	5	2178	25	28	24	21	1.99
31205813--31207724	723	2.7	715	81	5	2197	25	28	25	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31207941--31207993	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
31208493--31208545	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
31209204--31209255	25	2.0	26	89	10	81	28	21	23	26	1.99
31210219--31210268	26	1.9	26	100	0	100	24	16	32	28	1.96
31210245--31210719	171	2.8	171	80	1	477	24	30	25	19	1.98
31210565--31210945	159	2.4	159	80	3	410	23	29	26	20	1.99
31211025--31211077	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
31211050--31211412	158	2.3	158	77	4	381	26	28	24	20	1.99
31211665--31211717	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
31212008--31212060	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
31212217--31212269	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
31212243--31212744	158	3.2	156	76	6	515	23	29	26	20	1.99
31212718--31212770	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
31213112--31213419	159	1.9	157	79	5	343	24	32	26	17	1.97
31211847--31213517	710	2.4	709	83	1	2069	24	28	26	20	1.99
31213429--31213481	26	2.0	26	85	7	72	26	16	26	30	1.97
31213809--31213861	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
31213834--31214401	159	3.6	158	75	3	401	25	30	26	18	1.98
31214469--31214521	26	2.0	26	92	7	90	26	16	26	30	1.97
31215463--31215515	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
31215672--31215722	26	2.0	26	84	7	68	37	17	17	27	1.93
31216172--31216224	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31216551--31216601	26	2.0	26	92	7	86	29	21	21	27	1.99
31217020--31217072	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
31217046--31218005	158	6.2	156	71	10	561	22	30	26	20	1.99
31217520--31217572	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
31217644--31218000	155	2.3	154	77	8	362	22	31	26	19	1.98
31217147--31218058	459	2.0	459	81	4	1093	22	30	25	20	1.98
31223792--31224182	159	2.5	159	77	6	414	24	31	24	19	1.98
31225555--31225607	26	2.0	26	88	0	79	22	20	28	28	1.99
31225934--31225986	26	2.0	26	89	7	81	26	20	24	28	1.99
31227159--31227211	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
31227503--31227555	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
31228946--31229448	158	3.2	157	76	7	498	21	30	28	19	1.98
31229422--31229474	26	2.0	26	92	0	88	24	22	28	24	2.00
31235974--31236334	158	2.3	157	77	5	361	25	29	25	19	1.99
31236448--31236500	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
31242469--31242518	26	1.9	26	95	0	91	34	20	26	20	1.96
31243333--31243385	26	2.0	26	85	7	72	24	15	28	32	1.95
31244056--31244556	158	3.2	158	75	7	397	23	29	27	19	1.98
31244530--31244582	26	2.0	26	85	0	70	22	18	28	30	1.98
31244214--31245120	343	2.6	342	83	4	1077	23	28	27	20	1.99
31245240--31245290	26	2.0	26	92	7	86	29	17	21	31	1.96
31245731--31245781	26	2.0	26	92	0	84	25	19	25	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31246451--31246503	26	2.0	26	88	0	79	32	20	22	24	1.98
31246477--31246977	158	3.2	156	80	5	578	21	30	29	18	1.97
31246951--31247003	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
31247412--31247463	26	2.0	26	85	7	70	32	19	21	26	1.97
31247436--31247875	159	2.8	158	79	5	480	23	30	27	17	1.97
31246059--31248099	962	2.1	958	90	2	3183	25	27	25	21	1.99
31248334--31248829	158	3.1	158	77	6	430	23	30	27	19	1.98
31249189--31249241	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
31249532--31249584	26	2.0	26	85	7	72	28	16	26	28	1.97
31250242--31250294	26	2.0	26	85	7	72	28	20	22	28	1.99
31250791--31251230	159	2.8	158	80	5	503	23	31	27	16	1.96
31251248--31251300	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
31252261--31252388	26	4.9	26	86	1	159	28	18	25	27	1.98
31252361--31252863	158	3.2	159	75	7	412	22	30	28	18	1.97
31252837--31252889	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
31253570--31253622	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
31253762--31254351	159	3.7	159	81	2	630	23	30	28	17	1.97
31253762--31254416	317	2.1	317	82	4	791	23	30	27	18	1.97
31254387--31254543	26	6.0	26	80	5	158	27	21	24	26	1.99
31254387--31254543	52	3.0	51	84	3	179	27	21	24	26	1.99
31254387--31254543	78	2.0	78	81	7	185	27	21	24	26	1.99
31254529--31255089	158	3.5	157	78	3	577	23	31	27	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31255687--31255738	26	2.0	26	88	7	79	26	15	26	30	1.96
31255944--31256316	159	2.3	157	79	6	356	22	31	27	18	1.97
31256726--31256804	26	3.0	26	94	3	133	32	17	20	29	1.95
31256555--31256992	222	2.0	222	84	2	576	24	26	25	23	2.00
31256948--31257000	26	2.0	26	92	7	90	28	13	24	33	1.93
31256973--31257335	157	2.3	156	78	7	392	23	29	26	19	1.99
31256973--31257387	159	2.6	156	75	9	405	24	28	28	19	1.98
31257448--31257500	26	2.0	26	88	0	79	26	22	24	26	2.00
31264552--31264604	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
31264747--31265032	158	1.8	158	80	4	344	25	31	25	17	1.97
31265240--31265292	26	2.0	26	92	7	90	28	20	22	28	1.99
31264746--31265884	519	2.2	521	83	3	1389	23	29	27	19	1.98
31265762--31265814	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
31265593--31266041	196	2.3	194	84	3	571	24	27	26	21	1.99
31267114--31267163	26	1.9	26	91	0	82	26	20	32	22	1.98
31268070--31268122	26	2.0	26	92	0	88	30	18	24	26	1.98
31268096--31268600	158	3.2	156	75	7	466	23	28	27	19	1.98
31268573--31268626	26	2.1	26	92	0	90	27	22	25	24	2.00
31269293--31269344	26	2.0	25	88	3	77	28	23	21	26	1.99
31269633--31269686	27	2.0	26	85	3	72	25	18	27	27	1.98
31269829--31269881	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
31270012--31270063	26	2.0	26	88	3	79	28	15	23	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31270758--31271095	158	2.1	158	80	4	360	23	31	27	18	1.97
31271075--31271127	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
31271294--31271389	26	3.7	26	98	0	183	30	18	20	30	1.97
31271372--31271864	158	3.1	158	71	7	415	24	31	25	18	1.98
31271838--31271890	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
31272764--31272816	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
31274743--31274794	26	2.0	25	88	3	77	21	17	28	32	1.96
31274951--31275003	26	2.0	26	88	0	79	26	18	24	30	1.98
31274986--31275476	157	3.1	157	77	8	530	20	28	29	20	1.98
31275450--31275502	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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