Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  45  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8801627--8801714
23
3.9
22
74
12
79
26
14
25
34
1.94
8801762--8801807
22
2.1
22
84
8
58
23
19
26
30
1.98
8801790--8801852
23
2.8
22
76
4
72
26
15
25
31
1.96
8802096--8802148
24
2.3
23
83
3
61
7
15
1
75
1.11
8802094--8802158
12
5.5
11
77
15
51
7
12
3
76
1.10
8802094--8802169
22
3.4
22
75
18
75
6
13
2
77
1.06
8802119--8802176
21
2.8
19
80
14
62
8
8
1
81
0.96
8817527--8817643
29
4.0
30
77
10
109
62
0
2
34
1.15
8817527--8817643
59
2.0
58
82
11
141
62
0
2
34
1.15
8817588--8817628
14
2.7
16
77
14
50
65
2
0
31
1.05
8819156--8819416
126
2.1
125
81
3
301
35
13
15
35
1.87
8819508--8819542
17
2.1
17
94
0
61
20
5
28
45
1.73
8822699--8822772
12
6.0
12
80
4
76
47
25
6
20
1.74
8822699--8822797
25
3.9
24
76
9
90
47
24
6
22
1.73
8822757--8822828
28
2.6
28
86
0
108
47
23
4
25
1.69
8832525--8832558
16
2.2
15
89
5
50
14
20
14
50
1.78
8835776--8835825
23
2.2
23
85
0
64
80
8
4
8
1.03
8837805--8837881
38
2.0
38
97
0
145
40
19
14
25
1.89
8842300--8842350
22
2.4
22
80
9
61
17
0
33
49
1.47
8842300--8842399
29
3.4
30
79
8
80
21
0
31
48
1.50
8842322--8842477
29
5.4
29
71
17
103
20
0
31
47
1.55
8842331--8842414
30
2.9
27
79
13
87
22
1
28
47
1.59
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8842438--8842512
22
3.3
22
77
7
87
20
0
32
48
1.50
8842482--8842610
16
8.2
16
76
6
122
20
1
28
48
1.59
8842499--8842609
47
2.4
45
89
5
168
22
1
27
48
1.60
8842480--8842586
31
3.4
31
80
7
110
20
1
29
47
1.61
8842421--8842610
15
12.5
15
71
15
122
21
1
30
47
1.58
8843591--8843625
17
2.0
17
88
5
52
40
0
0
60
0.97
8844025--8844380
180
2.0
179
87
1
516
46
12
16
24
1.82
8844328--8844614
68
4.2
66
67
10
159
44
14
17
22
1.85
8844205--8844571
135
2.7
135
89
1
565
45
14
17
22
1.85
8844503--8844632
68
1.9
66
82
3
161
41
12
19
26
1.87
8844674--8845068
109
3.6
109
88
3
510
45
11
20
22
1.82
8844770--8845012
38
6.7
36
67
16
126
47
12
20
19
1.82
8844674--8845113
109
4.0
110
85
4
509
45
12
20
21
1.83
8846121--8846179
10
5.4
12
81
15
67
5
8
5
81
0.98
8846128--8846158
12
2.5
13
89
10
55
6
6
6
80
1.02
8846121--8846180
12
5.5
11
75
15
52
5
8
5
81
0.97
8856585--8862171
931
6.0
932
99
0
11105
35
12
15
36
1.85
8862301--8862375
28
2.7
27
83
10
80
24
0
25
50
1.49
8862394--8862518
46
2.7
48
82
10
161
21
1
28
48
1.60
8862349--8862525
15
11.5
15
71
11
90
22
1
29
46
1.62
8862920--8862988
18
3.9
18
83
12
81
75
0
1
23
0.89
8862926--8862988
17
3.8
17
78
14
69
76
0
1
22
0.88
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8862919--8862988
33
2.2
33
80
14
83
75
0
1
22
0.88
8869855--8869895
19
2.2
19
100
0
82
48
21
9
19
1.77
8869797--8869953
77
2.0
77
97
0
296
40
24
14
20
1.89
8874865--8874927
25
2.5
26
75
19
78
42
3
1
52
1.27
8875636--8875707
25
3.0
24
79
16
87
44
4
1
50
1.30
8874575--8876138
781
2.0
770
93
2
2648
45
7
5
41
1.56
8884083--8884193
8
13.0
8
72
15
80
68
4
1
25
1.18
8887944--8887972
12
2.4
12
100
0
58
41
6
0
51
1.28
8896179--8896409
111
2.1
112
89
3
349
45
12
6
35
1.66
8901055--8901127
11
6.4
11
73
14
58
53
6
4
35
1.47
8901041--8901167
47
2.7
47
77
7
123
51
7
4
36
1.52
8901080--8901127
22
2.2
22
88
7
71
52
6
4
37
1.46
8901080--8901175
22
4.2
23
67
19
58
48
8
6
36
1.58
8902365--8902406
21
2.0
21
90
0
66
40
4
19
35
1.72
8902369--8902416
21
2.3
21
78
7
53
43
4
18
33
1.69
8902624--8902697
28
2.8
25
72
11
67
43
1
1
54
1.17
8902676--8902712
17
2.2
17
90
0
56
54
0
0
45
1.00
8903750--8903792
22
2.0
21
86
4
59
65
0
9
25
1.22
8913737--8913793
24
2.3
24
82
8
71
36
3
5
54
1.40
8916547--8916623
38
2.0
38
90
5
120
41
18
14
25
1.88
8920957--8921093
30
4.7
28
72
13
91
22
1
29
46
1.61
8920962--8921093
58
2.3
56
80
12
142
22
1
30
45
1.62
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8921013--8921135
58
2.1
57
80
8
142
24
0
28
46
1.58
8921145--8921254
16
6.9
16
82
5
143
17
0
33
48
1.54
8921148--8921254
47
2.3
47
85
0
142
16
0
33
48
1.53
8921145--8921254
31
3.5
31
87
7
159
17
0
33
48
1.54
8921453--8921483
16
1.9
16
100
0
62
32
0
9
58
1.31
8921653--8921702
18
2.8
19
75
22
54
70
4
0
26
1.05
8922457--8922803
171
2.0
174
83
8
447
48
13
15
21
1.80
8922727--8922993
135
2.0
135
90
1
419
44
13
18
23
1.85
8923122--8923637
109
4.7
109
85
3
648
47
13
19
20
1.83
8923239--8923411
35
4.8
34
73
12
107
46
14
19
19
1.84
8923282--8923544
35
7.2
36
65
18
107
47
15
19
17
1.83
8923101--8923637
218
2.5
218
85
2
722
47
13
18
20
1.82
8935607--8935652
25
1.9
23
86
8
65
34
2
0
63
1.07
8936046--8936090
23
2.0
23
86
0
63
35
2
17
44
1.62
8936083--8936135
22
2.5
20
77
14
52
24
1
24
49
1.61
8936089--8936261
30
6.0
29
73
13
119
23
0
29
46
1.57
8936144--8936394
15
16.8
14
67
14
85
22
1
28
47
1.59
8936140--8936264
28
4.3
29
75
15
107
23
0
31
45
1.53
8936205--8936246
14
3.0
14
89
0
66
16
0
38
45
1.48
8944271--8944310
2
20.0
2
94
0
71
47
2
0
50
1.14
8944975--8945009
13
2.8
12
83
8
52
20
0
0
80
0.72
8945851--8945907
16
3.7
15
81
13
71
52
26
0
21
1.47
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8945985--8946019
12
2.8
12
86
4
52
37
37
0
25
1.57
8957330--8957381
21
2.4
21
83
6
68
80
3
11
3
0.97
8958430--8958520
35
2.5
36
82
5
103
23
21
13
41
1.88
8958473--8958642
38
4.6
37
70
14
118
20
20
13
45
1.84
8958417--8958714
109
2.7
109
85
3
411
21
19
12
46
1.82
8958783--8959046
134
2.0
135
84
3
354
22
16
13
47
1.81
8970356--8970432
6
13.2
6
73
5
50
24
3
9
62
1.42
8970356--8970432
35
2.2
35
85
0
100
24
3
9
62
1.42
8970359--8970432
12
6.3
12
75
6
62
24
4
9
62
1.43
8971395--8971491
12
7.2
12
68
26
54
38
2
2
57
1.22
8971395--8971466
14
5.4
14
75
18
73
36
1
2
59
1.20
8971382--8971497
41
2.8
41
88
0
178
37
3
4
55
1.37
8971837--8971886
24
2.2
24
82
7
59
28
8
14
50
1.70
8975071--8975489
144
2.9
141
78
10
413
33
12
12
40
1.82
8975069--8975518
145
3.1
141
78
8
451
34
13
12
40
1.82
8976676--8976716
7
5.9
7
86
11
57
46
39
0
14
1.45
8976676--8976716
15
2.9
14
89
7
57
46
39
0
14
1.45
8976683--8976729
15
3.2
15
87
3
60
46
31
2
19
1.61
8976672--8976729
7
8.1
7
79
11
55
44
34
1
18
1.60
8976677--8976749
29
2.5
29
78
6
76
46
31
4
17
1.67
8976838--8976901
18
3.5
18
81
10
76
42
34
3
20
1.68
8980187--8980227
3
13.0
3
85
10
55
31
2
0
65
1.05
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8985673--8985727
3
18.3
3
100
0
110
32
0
0
67
0.91
8985830--8985873
3
14.7
3
100
0
88
31
0
0
68
0.90
8985571--8985873
157
1.9
157
100
0
606
27
11
11
49
1.72
8986029--8986088
28
2.1
28
87
6
84
28
8
11
51
1.67
8986258--8986336
37
2.1
37
81
4
88
45
6
8
39
1.61
8990012--8990120
56
1.9
56
80
7
123
35
7
7
49
1.59
8991274--8991450
3
64.0
3
76
15
168
35
1
3
59
1.24
8991271--8991447
5
33.8
5
81
10
123
35
1
3
59
1.24
8991825--8991886
20
3.2
20
80
13
58
24
0
24
51
1.48
8992242--8992314
26
2.8
27
83
4
87
23
2
4
69
1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402