genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.263.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  263  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25598464--25598516	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
25600028--25600080	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
25601090--25601142	26	2.0	26	88	0	79	24	20	28	26	1.99
25601065--25601918	368	2.3	366	83	3	1068	24	28	26	20	1.99
25601826--25601878	26	2.0	26	88	0	79	26	22	26	24	2.00
25602538--25602590	26	2.0	26	89	7	81	26	16	26	30	1.97
25602563--25602938	159	2.4	159	77	4	382	23	30	27	17	1.97
25603040--25603090	26	2.0	26	92	0	84	25	13	27	33	1.94
25604035--25604089	26	2.1	26	86	0	74	25	12	27	34	1.92
25605200--25605254	26	2.1	26	89	0	83	27	16	27	29	1.97
25606203--25606263	19	3.2	19	100	0	122	36	24	29	9	1.88
25606484--25606535	26	2.0	26	92	0	86	25	17	28	28	1.97
25607597--25608099	159	3.2	157	75	6	489	22	29	28	19	1.98
25608073--25608125	26	2.0	26	89	7	81	26	16	28	28	1.97
25607756--25609591	343	5.2	342	75	11	1390	23	28	26	20	1.99
25608416--25608468	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
25608790--25608840	25	2.0	26	84	3	68	27	17	27	27	1.98
25608226--25609777	367	4.2	368	76	8	1033	22	28	27	21	1.99
25610407--25610898	159	3.1	159	73	9	369	24	30	25	19	1.98
25610872--25610924	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
25610695--25611375	367	1.9	366	82	3	868	23	28	28	19	1.99
25612325--25612377	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25612692--25612744	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
25613474--25613784	158	2.0	159	82	4	378	24	29	25	20	1.99
25613758--25613810	26	2.0	26	85	7	72	26	16	28	28	1.97
25613796--25614195	171	2.3	170	82	4	464	23	29	26	21	1.99
25614063--25614315	133	1.9	133	88	3	384	20	34	24	21	1.97
25614219--25614515	159	1.9	159	86	1	425	21	30	29	18	1.97
25615558--25615610	26	2.0	26	88	0	79	24	18	30	26	1.98
25615765--25616150	158	2.4	158	73	5	357	20	27	29	23	1.99
25616124--25616176	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
25616213--25616240	13	2.2	13	100	0	56	21	25	46	7	1.76
25616457--25616509	26	2.0	26	88	0	79	28	18	26	26	1.98
25616811--25616863	26	2.0	26	88	0	79	24	20	26	28	1.99
25619706--25619758	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
25620078--25620127	26	1.9	26	88	8	75	30	20	26	24	1.98
25620929--25621318	159	2.5	159	74	3	374	22	27	26	23	1.99
25621289--25621341	26	2.0	26	85	7	72	24	15	28	32	1.95
25621475--25621528	26	2.1	26	96	0	99	25	18	27	27	1.98
25621840--25621892	26	2.0	26	85	0	70	28	15	24	32	1.95
25622134--25622164	11	2.8	11	100	0	62	32	0	0	67	0.91
25622600--25623040	159	2.8	158	74	6	397	24	29	28	18	1.98
25623438--25623498	26	2.3	26	97	0	113	19	21	31	27	1.97
25622573--25624403	871	2.1	869	83	2	2332	22	28	28	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25623786--25624773	368	2.7	364	83	4	1171	22	29	28	19	1.98
25624685--25624735	26	2.0	26	88	7	77	27	17	27	27	1.98
25625797--25626257	158	2.9	158	71	2	413	23	31	27	18	1.97
25626721--25627064	159	2.2	158	80	4	379	25	26	25	22	2.00
25627039--25627090	26	2.0	26	88	0	77	26	19	25	28	1.98
25627236--25627287	25	2.0	26	92	3	88	25	21	28	25	1.99
25627981--25628483	158	3.2	158	75	5	406	23	28	27	20	1.99
25628457--25628509	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25628825--25628877	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
25628259--25629148	368	2.4	366	82	2	1059	22	28	28	20	1.98
25629811--25630252	159	2.8	157	79	8	448	24	30	26	17	1.97
25630276--25630328	26	2.0	26	92	0	88	24	22	28	24	2.00
25636314--25636366	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
25637065--25637685	159	3.9	158	75	6	549	23	30	27	18	1.98
25637696--25637748	26	2.0	26	88	0	79	28	16	24	30	1.97
25637498--25638166	355	1.9	355	83	3	864	24	29	26	19	1.98
25639127--25639179	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
25640044--25640094	26	2.0	26	88	0	75	27	17	27	27	1.98
25641250--25641302	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25641123--25642077	368	2.6	368	84	1	1209	24	28	25	20	1.99
25641986--25642038	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
25643244--25643294	26	2.0	26	92	0	84	25	19	25	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25644001--25644497	159	3.1	156	77	6	473	23	30	27	18	1.98
25645563--25646022	159	2.9	157	76	5	435	22	30	28	18	1.97
25646324--25646791	159	2.9	158	77	3	492	22	29	28	20	1.98
25646324--25646734	160	2.6	159	79	3	382	22	29	28	19	1.98
25646765--25646817	26	2.0	26	88	0	79	24	16	30	28	1.97
25647135--25647188	26	2.1	26	85	0	72	29	18	25	25	1.98
25646991--25647434	185	2.4	186	83	1	570	25	29	26	19	1.98
25647320--25647373	26	2.1	26	89	0	81	27	20	25	25	1.99
25648542--25648594	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
25650672--25650724	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
25651025--25651077	26	2.0	26	89	7	81	26	18	24	30	1.98
25650414--25651087	352	1.9	354	83	4	869	23	29	25	21	1.99
25651238--25651602	159	2.3	159	79	5	371	25	29	25	19	1.99
25651675--25651727	26	2.0	26	88	0	79	28	18	26	26	1.98
25651701--25652376	329	2.1	327	85	1	906	24	29	25	20	1.99
25653427--25653844	159	2.6	157	79	4	428	24	30	27	16	1.97
25653903--25653955	26	2.0	26	88	0	79	28	18	26	26	1.98
25654589--25655018	160	2.7	160	79	3	456	24	31	27	16	1.96
25655063--25655115	26	2.0	26	85	0	70	28	18	26	26	1.98
25655429--25655481	26	2.0	26	85	7	72	24	20	26	28	1.99
25655791--25655849	26	2.3	26	91	5	95	23	20	28	27	1.99
25654872--25656258	368	3.8	367	82	3	1467	23	29	27	19	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25656165--25656216	26	2.0	26	88	7	79	26	17	26	28	1.97
25657397--25657448	26	2.0	26	85	7	70	28	15	26	28	1.96
25658118--25658169	26	2.0	26	88	3	79	26	19	25	28	1.98
25660386--25660438	26	2.0	26	88	0	79	28	16	24	30	1.97
25660016--25660696	368	1.9	368	83	3	888	25	27	26	20	1.99
25661709--25661760	26	2.0	26	96	0	95	25	19	28	26	1.98
25662040--25662092	26	2.0	26	88	0	79	30	18	22	28	1.98
25663553--25663603	26	2.0	26	96	0	93	25	19	29	25	1.99
25663396--25664040	341	1.9	337	83	3	830	23	28	27	20	1.99
25664524--25664576	26	2.0	26	88	0	79	26	18	28	26	1.98
25665258--25665310	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
25665592--25665634	22	2.0	22	90	9	70	18	11	46	23	1.82
25666109--25666539	184	2.3	182	80	6	453	23	28	28	19	1.98
25666130--25666554	183	2.3	183	80	6	459	23	29	28	19	1.98
25666635--25666687	26	2.0	26	88	0	79	24	20	28	26	1.99
25667349--25667399	26	2.0	26	88	7	77	29	17	25	27	1.98
25667373--25667875	158	3.2	158	75	7	426	24	29	25	19	1.99
25667849--25667901	26	2.0	26	96	0	97	24	13	28	33	1.93
25668209--25668261	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
25668914--25668967	26	2.1	26	89	0	81	24	22	27	25	2.00
25669256--25669307	25	2.0	25	85	3	68	28	19	25	26	1.98
25669624--25669675	25	2.0	26	88	3	79	26	17	26	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25669074--25670074	367	2.7	363	80	4	1062	23	28	26	21	1.99
25671056--25671108	26	2.0	26	92	0	88	24	18	30	26	1.98
25671419--25671471	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
25670873--25672246	367	3.8	366	81	3	1437	22	28	26	22	1.99
25672154--25672206	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25673381--25673434	26	2.0	27	89	3	83	25	22	25	25	2.00
25674559--25674609	26	2.0	26	88	7	77	25	19	29	25	1.99
25675222--25675274	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
25675587--25675639	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
25675429--25675861	184	2.4	183	86	1	573	24	28	27	19	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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