genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.113.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  113  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14713610--14713662	26	2.0	26	92	0	88	30	24	18	26	1.98
14713781--14713833	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
14713806--14714512	316	2.2	316	82	3	841	21	25	28	23	1.99
14713815--14714625	159	5.1	155	73	10	480	20	25	29	24	1.99
14714600--14714651	26	2.0	26	88	7	79	36	21	13	28	1.91
14714684--14715137	159	2.9	157	77	4	439	19	27	29	23	1.98
14714774--14715137	157	2.3	159	80	4	396	19	26	29	25	1.98
14714174--14715658	514	2.9	509	82	4	1622	20	26	29	23	1.99
14715151--14715540	171	2.3	169	78	6	417	20	27	31	20	1.98
14715418--14715965	157	3.5	156	74	8	475	19	26	29	25	1.99
14715380--14715974	315	1.9	315	82	2	739	19	26	29	24	1.99
14715947--14715999	26	2.0	26	82	7	63	28	20	18	32	1.97
14716647--14716699	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
14722640--14722692	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
14722836--14722887	25	2.0	26	89	10	81	26	23	21	28	1.99
14723023--14723075	26	2.0	26	85	7	72	33	24	16	24	1.96
14722811--14723163	188	1.9	187	83	2	467	21	28	26	24	1.99
14724063--14724115	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
14724085--14724589	159	3.2	157	75	6	473	20	26	29	23	1.99
14724558--14724611	26	2.0	27	85	3	74	25	24	22	27	2.00
14724942--14724994	26	2.0	26	88	0	79	26	28	18	26	1.98
14725522--14725574	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14725326--14725587	133	2.0	133	87	3	375	22	30	20	26	1.98
14726428--14726480	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
14727138--14727190	26	2.0	26	85	7	72	30	30	16	22	1.96
14727164--14728015	159	5.4	158	74	5	567	21	27	28	22	1.99
14727164--14728015	318	2.7	316	82	2	967	21	27	28	22	1.99
14729173--14729583	184	2.2	183	83	4	497	21	26	28	23	1.99
14729412--14729913	159	3.2	156	75	8	381	20	26	29	23	1.99
14729887--14729939	26	2.0	26	89	7	81	26	26	18	28	1.98
14729384--14730979	881	1.8	882	84	3	2172	21	26	28	23	1.99
14730660--14731034	197	1.9	197	81	5	463	21	26	28	24	1.99
14731030--14731512	158	3.1	158	74	9	455	18	26	31	24	1.98
14731993--14732046	26	2.1	26	89	0	81	25	25	20	27	1.99
14732019--14732524	159	3.2	157	73	6	423	20	25	30	23	1.99
14732864--14732916	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
14733338--14733390	26	2.0	26	85	7	72	26	22	16	33	1.96
14733889--14733941	26	2.0	26	86	13	74	30	24	16	28	1.97
14734011--14734043	11	3.0	11	95	0	57	21	27	33	18	1.96
14734623--14734674	26	2.0	26	88	0	77	30	28	15	25	1.96
14734856--14734904	26	1.9	25	91	4	80	22	28	22	26	1.99
14734882--14735382	158	3.2	157	72	6	391	20	27	29	22	1.98
14735356--14735408	26	2.0	26	85	7	72	28	20	20	30	1.98
14736077--14736129	26	2.0	26	89	7	81	30	26	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14736110--14736601	157	3.1	156	77	4	506	18	25	31	24	1.98
14736575--14736627	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
14736942--14736994	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
14737072--14737476	159	2.5	160	76	5	408	19	26	28	25	1.99
14737448--14737500	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
14738247--14738711	159	2.9	159	74	6	438	20	26	30	23	1.98
14738683--14738735	26	2.0	26	86	13	74	26	24	18	30	1.98
14738524--14738894	184	2.0	185	84	2	487	20	25	28	25	1.99
14739051--14739103	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
14739148--14739598	158	2.8	158	76	4	435	17	29	29	23	1.97
14739734--14739786	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
14739760--14740101	157	2.2	158	79	5	354	20	26	28	24	1.99
14738844--14740092	683	1.8	682	81	3	1582	19	27	29	23	1.98
14740075--14740127	26	2.0	26	89	7	81	26	24	22	26	2.00
14740372--14740768	159	2.5	158	75	6	401	21	25	30	22	1.99
14740846--14740898	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
14744937--14745755	159	5.2	156	72	9	466	24	29	26	20	1.99
14744938--14745755	315	2.6	316	82	4	954	24	29	26	20	1.99
14745166--14745716	158	3.5	158	73	6	436	23	30	26	19	1.98
14745729--14745781	26	2.0	26	92	0	88	24	20	26	28	1.99
14745697--14746025	171	1.9	171	84	1	444	26	25	28	20	1.99
14745940--14746429	159	3.1	157	75	9	377	24	30	25	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14746405--14746478	26	2.8	26	87	0	112	27	16	28	28	1.97
14747188--14747605	159	2.6	158	74	5	398	26	27	28	18	1.98
14747677--14747729	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
14749142--14749193	26	2.0	26	96	0	95	25	19	25	30	1.98
14749855--14749907	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
14750066--14750373	170	1.8	171	82	6	401	25	29	25	19	1.98
14750215--14750738	159	3.3	159	77	4	520	23	29	26	20	1.99
14751699--14751750	25	2.0	26	88	3	79	26	19	25	28	1.98
14751907--14751959	26	2.0	26	92	0	88	30	20	24	24	1.99
14751933--14752434	158	3.2	159	75	6	435	22	28	27	21	1.99
14752408--14752460	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
14752433--14752761	171	1.9	170	80	5	387	20	31	27	20	1.98
14751809--14754580	868	3.2	850	77	6	2704	23	28	26	21	1.99
14753256--14753934	354	1.9	354	80	4	787	24	28	25	21	1.99
14754129--14754181	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
14754497--14754549	26	2.0	26	85	7	72	28	18	22	30	1.98
14754788--14754840	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
14754972--14755024	26	2.0	26	85	7	72	30	20	22	26	1.98
14754629--14755182	184	3.0	184	78	5	566	24	28	26	21	1.99
14755473--14755525	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
14755378--14755772	196	2.0	197	83	2	499	22	28	30	18	1.97
14755669--14755721	26	2.0	26	89	7	81	28	22	24	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14755694--14755983	155	1.9	156	82	4	370	21	29	31	17	1.96
14755694--14756027	155	2.1	156	80	7	356	21	29	30	17	1.97
14756034--14756706	317	2.1	324	82	5	792	23	29	26	20	1.99
14756680--14756732	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
14755695--14757389	684	2.5	668	80	6	1758	22	29	27	19	1.98
14756889--14757464	158	3.7	155	74	7	514	23	29	27	19	1.98
14757534--14757586	26	2.0	26	96	0	97	28	20	22	28	1.99
14757720--14757771	26	2.0	26	92	0	86	26	19	26	26	1.99
14758037--14758089	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
14758525--14758577	26	2.0	26	88	0	79	28	20	26	24	1.99
14760227--14760277	26	2.0	25	96	3	93	31	19	21	27	1.97
14760581--14760633	26	2.0	26	96	0	97	26	20	24	28	1.99
14760607--14761032	159	2.7	156	74	6	378	24	29	26	19	1.99
14760771--14762429	527	3.2	521	73	11	1567	24	28	26	20	1.99
14761260--14761556	159	1.9	159	85	1	416	25	28	27	18	1.98
14760252--14762197	514	3.8	506	72	10	1441	24	28	26	21	1.99
14762611--14762707	50	1.9	50	95	0	176	28	27	22	20	1.99
14763585--14763878	158	1.9	158	83	4	387	23	29	28	18	1.98
14764637--14764689	26	2.0	26	92	0	88	26	20	24	28	1.99
14765372--14765424	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
14765556--14765608	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
14766282--14766353	26	2.8	26	95	4	128	33	16	20	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14766491--14766543	26	2.0	26	88	0	79	24	20	28	26	1.99
14764463--14768269	919	4.1	925	86	6	4680	26	23	23	25	2.00
14768149--14768458	158	2.0	158	84	1	406	19	31	30	18	1.96
14768701--14769203	159	3.2	158	79	5	512	24	29	27	18	1.98
14769374--14769426	26	2.0	26	85	0	70	32	18	22	26	1.97
14769174--14769534	197	1.8	196	86	2	517	24	27	26	20	1.99
14768159--14769771	699	2.3	703	82	3	1839	22	28	28	20	1.98
14769399--14769800	159	2.5	158	76	4	389	24	28	28	19	1.98
14770159--14770211	26	2.0	26	85	0	70	26	18	24	30	1.98
14770197--14771570	638	2.1	640	87	2	1949	23	28	27	21	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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