genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  71  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11513039--11513090	26	2.0	26	92	0	86	25	17	28	28	1.97
11513233--11513285	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
11513733--11513785	26	2.0	26	92	7	90	22	20	30	26	1.98
11514076--11514135	26	2.4	26	83	5	79	28	18	26	26	1.98
11514457--11514509	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
11514641--11514693	26	2.0	26	92	0	88	24	22	26	26	2.00
11515352--11515404	26	2.0	26	92	0	88	24	22	24	28	2.00
11516200--11516252	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
11516376--11516428	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
11516049--11516487	176	2.5	176	87	2	641	25	25	28	20	1.99
11516560--11516612	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
11516585--11516893	159	1.9	158	80	4	354	22	32	28	17	1.96
11516585--11516929	159	2.2	159	78	5	349	22	30	27	19	1.98
11516903--11516955	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
11517099--11517151	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
11517196--11517623	157	2.7	156	76	9	352	23	27	26	21	1.99
11517597--11517649	26	2.0	26	92	0	88	26	20	24	28	1.99
11517990--11518428	159	2.8	158	79	5	397	24	29	27	19	1.98
11517096--11518803	869	2.0	864	81	2	1987	23	28	26	20	1.99
11518823--11519186	158	2.3	157	76	5	356	22	29	26	21	1.99
11519160--11519212	26	2.0	26	88	0	79	26	22	24	26	2.00
11519883--11519935	26	2.0	26	92	7	90	30	20	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11521961--11522011	26	2.0	26	84	7	68	29	17	23	29	1.97
11522864--11522916	26	2.0	26	92	0	88	30	20	24	24	1.99
11522890--11523386	159	3.1	159	78	4	531	22	29	28	19	1.98
11524608--11524659	25	2.0	26	89	10	81	30	21	23	25	1.99
11525195--11525227	16	2.1	16	88	5	50	21	42	21	15	1.89
11525245--11525271	11	2.5	11	100	0	54	18	33	29	18	1.95
11525369--11525856	159	3.1	158	76	4	419	22	30	27	18	1.98
11526553--11526605	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
11529951--11530014	23	2.6	26	85	9	89	28	28	18	25	1.98
11529951--11530025	26	3.0	26	84	11	95	28	28	17	26	1.98
11530313--11530366	26	2.0	27	86	10	76	29	24	18	27	1.98
11537856--11538358	159	3.2	157	78	5	523	20	27	29	22	1.98
11538330--11538382	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
11538711--11538760	26	1.9	26	87	0	73	28	28	18	26	1.98
11539743--11539819	26	3.0	26	92	3	129	28	24	19	27	1.99
11539793--11540133	159	2.2	158	80	6	386	17	26	31	24	1.97
11539828--11540293	159	3.0	158	77	7	421	17	26	31	24	1.97
11540622--11540671	26	1.9	26	91	0	82	26	26	18	30	1.98
11540696--11541776	158	6.9	158	75	5	855	18	27	30	23	1.98
11540648--11541776	317	3.6	316	82	3	1315	19	27	30	23	1.98
11541749--11541800	26	2.0	26	85	7	70	28	21	19	30	1.97
11542493--11542992	159	3.2	158	73	6	485	19	26	30	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11542969--11543018	26	1.9	26	88	8	75	28	24	18	30	1.97
11543932--11543957	11	2.4	11	100	0	52	19	30	30	19	1.96
11545211--11545263	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
11545711--11545763	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
11546079--11546131	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
11545653--11546325	355	1.9	355	83	6	877	22	27	28	21	1.99
11546105--11546607	159	3.2	159	72	7	439	21	26	28	23	1.99
11545185--11547502	870	2.7	848	80	6	2367	21	27	28	22	1.99
11546950--11547001	26	2.0	26	88	7	79	26	25	19	28	1.98
11547429--11547481	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
11547523--11547970	158	2.8	158	81	2	504	18	29	30	21	1.97
11547174--11547823	355	1.8	353	82	2	831	19	28	30	21	1.98
11548709--11548761	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
11550503--11550569	26	2.6	26	90	0	107	28	25	19	26	1.99
11551068--11551120	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
11551830--11552282	159	2.9	158	76	5	358	18	25	31	24	1.97
11552609--11553062	158	2.9	154	76	9	389	19	28	31	20	1.97
11553374--11553412	11	3.5	11	82	0	51	23	35	33	7	1.83
11555180--11555251	26	2.8	26	89	0	108	30	27	15	26	1.96
11555355--11555728	158	2.4	159	80	4	432	18	26	30	24	1.98
11556079--11556129	26	2.0	26	88	7	77	27	25	19	27	1.99
11556580--11556632	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11556685--11557051	158	2.3	158	80	5	418	17	25	31	25	1.97
11557020--11557075	26	2.2	26	90	6	87	28	21	19	30	1.98
11556243--11557076	443	1.9	444	84	2	1111	19	25	29	25	1.99
11557724--11558461	184	4.0	182	80	6	675	20	26	29	23	1.99
11558251--11558302	26	2.0	26	88	3	79	30	25	17	26	1.97
11557724--11558427	368	1.9	369	81	3	855	20	26	29	23	1.99
11558751--11558829	26	3.0	26	90	3	124	26	24	20	29	1.99
11558973--11559025	26	2.0	26	85	7	72	26	22	20	30	1.98
11560039--11560089	26	2.0	26	88	7	77	27	21	19	31	1.97
11560065--11560422	154	2.3	152	74	10	350	20	26	29	23	1.98
11560274--11560735	170	2.7	170	76	7	472	20	28	29	21	1.98
11561359--11561411	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
11562453--11563605	159	7.1	157	74	9	753	19	27	29	23	1.98
11562453--11563264	316	2.6	316	83	1	1002	19	27	29	23	1.98
11564398--11564986	159	3.7	159	78	5	582	17	26	30	24	1.97
11564329--11564985	317	2.1	317	82	2	791	19	26	30	24	1.98
11565301--11565353	26	2.0	26	89	7	81	26	20	22	30	1.98
11566133--11566502	158	2.3	158	78	4	379	20	25	28	24	1.99
11566479--11566528	26	1.9	26	84	8	66	26	20	20	34	1.96
11566855--11566907	26	2.0	26	85	7	72	28	30	16	24	1.97
11567516--11567821	158	1.9	158	80	4	348	17	25	32	24	1.97
11567794--11567847	26	2.1	26	89	6	83	27	22	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11568674--11568726	26	2.0	26	82	7	63	30	20	18	30	1.97
11567210--11568896	879	1.9	877	83	2	2184	20	25	29	24	1.99
11568807--11569215	158	2.6	158	77	5	427	18	28	28	23	1.98
11569188--11569239	26	2.0	26	88	7	79	32	21	13	32	1.92
11570542--11570594	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
11570653--11571071	159	2.6	159	79	5	436	19	28	29	23	1.98
11570225--11570911	343	2.0	343	84	1	892	19	27	30	23	1.98
11570565--11571059	158	3.1	157	77	4	517	20	26	30	22	1.98
11571234--11571294	26	2.3	27	82	2	63	29	22	19	27	1.98
11571243--11571294	26	2.0	26	88	0	77	32	23	17	26	1.96
11572294--11572346	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
11573149--11573201	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
11573302--11573365	31	2.1	31	90	0	101	7	32	32	26	1.85
11573684--11573734	26	2.0	26	84	7	68	31	23	13	31	1.93
11573879--11573931	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
11574062--11574114	26	2.0	26	82	7	63	26	24	20	28	1.99
11573524--11574201	183	3.6	184	77	9	480	20	27	28	22	1.99
11574559--11574611	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
11575128--11575464	159	2.1	158	80	4	367	18	28	30	21	1.97
11575574--11575626	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
11576124--11576176	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
11576427--11576470	11	4.0	11	82	11	54	22	29	34	13	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11577918--11577969	26	2.0	26	96	0	95	26	28	19	25	1.98
11585074--11585499	159	2.7	155	78	5	442	19	29	28	22	1.98
11585004--11585498	158	3.1	157	76	5	512	21	28	29	21	1.98
11585837--11585889	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
11585920--11586524	159	3.8	158	78	5	544	18	27	30	23	1.97
11585957--11586524	158	3.6	158	80	4	495	17	26	30	24	1.97
11586497--11586549	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
11586347--11586708	185	2.0	184	82	2	440	20	26	29	24	1.99
11586839--11586891	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
11587206--11587258	26	2.0	26	85	0	70	24	24	22	28	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402