genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  92  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13081365--13081861	157	3.2	150	74	9	453	19	27	29	22	1.98
13082541--13082619	26	3.0	26	96	0	140	29	27	17	25	1.98
13083892--13083945	26	2.1	26	92	0	90	25	20	27	25	1.99
13084342--13085031	347	2.0	339	82	7	832	23	21	22	32	1.98
13085448--13085500	26	2.0	26	85	7	72	26	18	24	30	1.98
13085791--13085843	26	2.0	26	88	0	79	22	18	30	28	1.98
13086858--13086910	26	2.0	26	89	7	81	24	16	26	32	1.97
13087053--13087105	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
13086817--13087169	195	1.8	195	86	3	514	24	26	27	22	1.99
13087078--13087535	157	2.9	156	77	5	438	23	31	26	18	1.98
13088630--13088682	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
13088095--13089084	526	1.9	513	81	4	1180	24	30	25	20	1.99
13089129--13089181	26	2.0	26	86	13	74	26	16	26	30	1.97
13090652--13090709	26	2.2	27	87	3	82	27	20	24	27	1.99
13090897--13091676	158	4.8	159	72	10	421	23	29	27	19	1.98
13091744--13092124	156	2.4	157	77	5	349	23	30	28	17	1.97
13092782--13093127	159	2.2	159	84	2	444	20	31	28	19	1.97
13093101--13093153	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
13093297--13093349	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
13093800--13093852	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
13094009--13094060	26	2.0	25	92	3	86	28	28	17	25	1.97
13094559--13094611	26	2.0	26	92	0	88	26	26	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13093787--13094928	551	2.1	551	83	3	1426	21	26	28	23	1.99
13094585--13094958	159	2.4	158	77	8	391	20	26	30	22	1.98
13095085--13095137	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
13095806--13095858	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
13096308--13096360	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
13096675--13096725	26	2.0	26	92	0	84	27	29	17	25	1.98
13096863--13096915	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
13098139--13098191	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
13097397--13098498	554	2.0	554	86	2	1532	21	26	26	24	1.99
13098199--13098694	159	3.1	158	74	5	448	18	26	31	23	1.97
13098199--13098706	158	3.2	154	72	7	448	18	26	31	23	1.97
13099165--13099216	26	2.0	26	92	7	88	30	25	15	28	1.96
13099543--13099595	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
13100086--13100138	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
13100431--13100480	26	1.9	26	92	8	84	24	24	22	30	1.99
13101239--13101291	26	2.0	26	92	0	88	26	30	20	22	1.98
13101740--13101792	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
13102991--13103042	26	2.0	25	96	3	95	26	23	21	28	1.99
13103933--13104317	159	2.4	156	76	10	386	21	27	30	21	1.98
13104412--13104464	26	2.0	26	89	7	81	32	24	15	28	1.95
13104794--13104853	26	2.4	26	91	5	97	26	26	23	23	2.00
13102947--13105184	887	2.5	881	81	6	2360	20	26	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13105179--13105214	18	2.1	17	89	5	54	5	19	44	30	1.73
13105326--13105376	26	2.0	26	88	7	77	27	23	21	27	1.99
13106035--13106088	26	2.1	26	89	6	83	27	27	18	25	1.98
13107296--13107347	26	2.0	26	92	0	86	28	28	17	25	1.97
13107776--13107827	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
13108137--13108189	26	2.0	26	89	7	81	26	30	18	24	1.98
13108328--13108380	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
13114947--13114999	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
13114539--13115658	343	3.3	335	83	6	1255	19	28	29	23	1.98
13116439--13116848	159	2.6	160	80	6	451	18	30	28	21	1.97
13117209--13117258	26	1.9	26	84	8	66	24	28	20	28	1.99
13117552--13117604	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
13117194--13117851	343	1.9	342	85	2	899	20	28	29	21	1.98
13117663--13118080	159	2.6	158	78	2	428	18	28	28	23	1.98
13117578--13118081	158	3.2	156	75	4	481	20	27	28	23	1.99
13118759--13118837	26	3.0	26	96	0	140	29	27	17	25	1.98
13118811--13119478	159	4.2	155	76	8	533	19	27	30	22	1.97
13119452--13119504	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
13119486--13120145	158	4.1	155	75	8	508	19	28	30	22	1.98
13118785--13121217	667	3.6	671	84	4	2842	19	27	30	22	1.98
13120600--13120652	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
13120856--13121156	159	1.9	158	82	2	379	17	29	31	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13122045--13122546	158	3.2	156	76	3	477	21	26	28	23	1.99
13122520--13122572	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
13122887--13122939	26	2.0	26	92	0	88	24	28	22	24	2.00
13125650--13125702	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
13127485--13127537	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
13127545--13128331	159	5.0	159	76	4	694	17	26	32	23	1.97
13127511--13128331	317	2.6	317	85	1	1092	18	26	31	23	1.97
13128304--13128356	26	2.0	26	92	7	90	26	18	20	33	1.96
13129722--13129774	26	2.0	26	92	0	88	24	24	20	30	1.99
13130523--13130575	26	2.0	26	85	0	70	26	26	18	28	1.98
13130597--13130628	12	2.7	12	100	0	64	34	28	31	6	1.82
13131036--13131088	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
13131750--13132081	159	2.1	158	84	1	423	20	25	29	24	1.99
13132067--13132119	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
13133020--13133075	26	2.2	26	90	0	85	30	25	17	26	1.97
13133521--13133574	26	2.1	26	89	6	83	25	22	22	29	1.99
13134416--13134468	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
13135137--13135187	26	2.0	26	88	7	77	27	25	19	27	1.99
13135163--13135663	159	3.2	160	76	8	515	18	26	32	22	1.97
13135637--13135689	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
13136341--13136393	26	2.0	26	85	0	70	28	26	16	28	1.97
13136450--13136868	159	2.6	159	79	5	382	17	28	29	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13136842--13136894	26	2.0	26	88	0	79	30	24	15	30	1.95
13136691--13137054	185	2.0	185	86	2	516	19	25	29	25	1.99
13137211--13137263	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
13137245--13137632	158	2.5	158	76	6	381	19	27	30	22	1.98
13144513--13144874	158	2.3	157	80	3	402	20	25	28	25	1.99
13144461--13144874	159	2.6	158	78	4	438	20	27	27	25	1.99
13144849--13144901	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
13145229--13145281	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
13145903--13145951	25	2.0	25	92	8	82	28	24	18	28	1.98
13144946--13146426	671	2.2	679	81	4	1702	19	26	29	24	1.98
13147552--13149138	371	4.3	371	90	1	2525	23	24	33	18	1.96
13149454--13149506	26	2.0	26	89	7	81	24	22	20	32	1.98
13150199--13151017	159	5.2	160	75	7	587	20	27	28	22	1.99
13150199--13151018	318	2.6	314	82	5	936	20	27	28	22	1.99
13150988--13151043	26	2.2	26	93	6	96	28	23	19	28	1.98
13151249--13151285	19	1.9	19	94	0	65	24	21	40	13	1.89
13151331--13151384	24	2.2	24	96	0	99	14	12	50	22	1.77
13151915--13151967	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
13152081--13152443	158	2.3	158	79	5	383	19	26	29	24	1.99
13152820--13153311	159	3.1	155	76	8	481	19	27	29	23	1.98
13153285--13153337	26	2.0	26	81	0	61	28	22	20	28	1.99
13153129--13153483	184	1.9	182	82	2	442	20	26	29	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13153260--13153926	343	1.9	344	83	3	869	19	24	29	25	1.99
13153972--13154341	184	2.0	184	84	3	476	21	26	27	24	1.99
13154078--13154725	356	1.8	357	82	4	835	20	27	28	23	1.99
13155874--13156270	158	2.5	159	76	7	412	21	26	28	23	1.99
13156396--13156448	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
13156822--13156874	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
13157559--13158051	159	3.1	156	76	6	481	19	25	29	25	1.99
13158025--13158077	26	2.0	26	88	0	79	26	22	20	30	1.98
13158556--13158934	152	2.5	151	82	7	424	17	27	30	24	1.97
13158500--13158943	159	2.9	151	77	11	443	17	28	30	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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