genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.119.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  119  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15139225--15139277	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
15139948--15140000	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
15140340--15140392	26	2.0	26	92	0	88	24	28	22	24	2.00
15140406--15141027	159	3.9	157	77	7	513	20	27	28	23	1.99
15141000--15141052	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
15141210--15141262	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
15141296--15141648	158	2.2	159	82	1	422	18	29	31	20	1.97
15142386--15142438	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
15143107--15143159	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
15143133--15143634	158	3.2	157	73	9	464	21	26	28	23	1.99
15143605--15143660	26	2.2	26	90	6	87	28	21	19	30	1.98
15143850--15144344	158	3.1	156	73	5	445	20	25	29	24	1.99
15144318--15144370	26	2.0	26	89	7	81	26	26	18	28	1.98
15143082--15144468	710	2.0	710	83	3	1752	21	26	28	23	1.99
15144698--15144750	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
15144724--15145215	158	3.1	156	76	5	495	19	25	29	25	1.99
15145388--15145440	26	2.0	26	82	7	63	30	24	18	26	1.98
15144676--15146177	689	2.2	692	82	4	1781	21	25	28	24	1.99
15145890--15145940	26	2.0	26	88	7	77	29	23	17	29	1.97
15146084--15146136	26	2.0	26	92	0	88	32	26	16	24	1.97
15145785--15146160	196	1.9	195	81	6	456	20	26	29	24	1.99
15146629--15146659	12	2.6	12	94	0	53	41	19	29	9	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15146649--15146985	158	2.1	157	77	3	347	20	28	29	22	1.98
15147441--15147493	26	2.0	26	92	0	88	26	30	18	24	1.98
15148193--15148480	158	1.8	158	80	5	348	20	25	29	25	1.99
15147339--15148716	513	2.7	504	79	6	1431	20	26	30	23	1.98
15148834--15148886	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
15148860--15149351	159	3.1	154	74	8	481	20	26	29	23	1.99
15149177--15149543	183	2.0	182	84	3	470	19	27	29	23	1.99
15149638--15149690	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
15150337--15150389	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
15150681--15150733	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
15151358--15151410	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
15151701--15151753	26	2.0	26	89	7	81	28	24	20	26	1.99
15152376--15152428	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
15152719--15152771	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
15153430--15153482	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
15154614--15154665	25	2.0	26	85	10	72	26	28	17	26	1.97
15154777--15155145	162	2.3	160	80	6	415	18	27	29	24	1.98
15155118--15155170	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
15154774--15156038	697	1.8	698	81	4	1609	20	27	29	23	1.99
15156011--15156063	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
15156476--15156519	11	4.0	11	90	0	61	20	31	34	13	1.92
15157099--15157151	26	2.0	26	85	7	72	28	26	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15157285--15157335	26	2.0	26	92	7	86	29	21	19	29	1.98
15159252--15159657	159	2.6	158	75	4	404	18	26	32	22	1.97
15159930--15159981	26	2.0	26	84	0	68	30	25	17	26	1.97
15160082--15160431	159	2.2	159	79	2	371	20	28	29	21	1.98
15160710--15160735	13	2.0	13	100	0	52	0	46	30	23	1.53
15160773--15160824	26	2.0	26	92	0	86	25	30	19	25	1.98
15161273--15161325	26	2.0	26	85	7	72	30	18	20	30	1.97
15162153--15162637	158	3.1	157	75	5	465	20	27	28	23	1.99
15163343--15163394	26	2.0	25	88	3	77	26	26	19	26	1.99
15163615--15163667	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
15164154--15164206	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
15164706--15164758	26	2.0	26	88	0	79	24	26	20	28	1.99
15164327--15165003	356	1.9	356	83	3	887	20	27	28	23	1.99
15165049--15165100	26	2.0	26	92	7	88	26	23	19	30	1.98
15165742--15165794	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
15165768--15166271	159	3.2	159	79	6	495	20	26	29	23	1.98
15166247--15166297	26	2.0	26	88	7	77	29	25	13	31	1.94
15167244--15167274	11	2.8	11	90	0	53	16	35	35	12	1.87
15167852--15168354	159	3.2	157	75	5	474	19	25	30	25	1.98
15168328--15168380	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
15169403--15169455	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
15169525--15169557	11	3.0	11	100	0	66	18	27	36	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15170137--15170189	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
15171755--15172249	159	3.1	157	77	5	514	20	26	28	23	1.99
15172223--15172275	26	2.0	26	85	7	72	30	22	18	28	1.98
15172956--15173006	26	2.0	26	88	0	75	31	21	15	31	1.95
15173023--15173486	159	2.9	156	79	7	470	20	27	29	23	1.99
15173825--15173877	26	2.0	26	88	0	79	28	30	16	24	1.97
15173918--15174668	159	4.8	160	73	6	605	17	28	30	22	1.97
15175360--15175412	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
15176071--15176149	26	3.0	26	92	3	124	29	27	17	25	1.98
15176597--15176649	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
15177307--15177358	25	2.0	27	88	7	81	21	26	23	28	1.99
15177811--15177863	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
15178006--15178058	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
15178068--15178523	159	2.9	157	74	5	434	18	28	30	22	1.97
15178506--15178558	26	2.0	26	85	7	72	26	22	22	28	1.99
15179371--15179423	26	2.0	26	88	0	79	33	24	13	28	1.93
15180595--15180647	26	2.0	26	85	0	70	30	24	16	28	1.97
15181491--15181993	158	3.2	158	74	3	499	19	27	29	23	1.98
15182688--15183815	159	7.1	157	76	5	890	19	28	29	22	1.98
15182688--15183815	317	3.6	317	83	3	1372	19	28	29	22	1.98
15183993--15184045	26	2.0	26	88	0	79	24	26	20	28	1.99
15185049--15185101	26	2.0	26	88	0	79	26	28	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15185160--15185735	159	3.6	158	77	3	546	17	27	30	24	1.97
15185075--15185735	317	2.1	317	79	1	698	18	26	30	24	1.98
15185711--15185761	26	2.0	26	92	7	86	27	21	19	31	1.97
15186685--15187138	158	2.9	158	76	5	441	18	27	30	22	1.98
15187838--15187890	26	2.0	26	88	0	79	30	26	18	24	1.98
15188180--15188232	26	2.0	26	92	7	90	24	28	20	26	1.99
15188680--15188732	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
15189061--15189113	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
15189087--15189587	158	3.2	156	74	8	476	18	26	29	25	1.98
15189561--15189613	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
15190295--15190347	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
15190802--15190854	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
15191524--15191576	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
15191550--15192042	158	3.1	157	75	6	472	21	27	28	22	1.99
15191605--15192053	159	2.8	157	75	6	456	20	27	28	22	1.99
15192771--15193278	159	3.2	159	76	5	443	19	27	29	23	1.98
15193631--15193680	26	1.9	26	91	0	82	26	30	18	26	1.98
15194184--15194236	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
15194526--15194578	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
15195721--15195774	26	2.1	26	89	6	83	29	24	18	27	1.98
15195748--15196149	171	2.4	170	82	5	483	22	26	28	22	1.99
15196048--15196750	317	2.2	318	82	4	830	20	25	29	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15195985--15196582	159	3.8	159	73	7	480	20	26	29	23	1.99
15196123--15196740	159	3.9	160	73	11	493	19	25	29	24	1.99
15196723--15196775	26	2.0	26	89	7	81	24	22	22	30	1.99
15196935--15196986	26	2.0	26	92	0	86	32	25	17	25	1.97
15197275--15197327	26	2.0	26	92	7	90	30	20	18	30	1.97
15197996--15198048	26	2.0	26	85	7	72	32	28	15	24	1.95
15198429--15198750	174	1.9	174	85	1	457	21	24	27	27	1.99
15199196--15199248	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
15199222--15199892	158	4.2	158	78	6	573	19	27	29	22	1.98
15199868--15199918	26	2.0	26	92	7	86	27	19	21	31	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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