genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.304.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  304  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28679643--28679695	26	2.0	26	82	13	65	30	16	24	28	1.97
28679668--28679968	158	1.9	158	82	4	374	24	32	27	15	1.96
28679668--28680005	158	2.1	158	80	5	362	24	30	26	18	1.97
28679985--28680034	26	1.9	26	91	0	82	24	22	30	24	1.99
28680149--28680755	159	3.8	156	74	8	494	24	29	25	20	1.99
28680181--28680755	316	1.8	316	81	5	712	25	29	25	20	1.99
28681781--28681831	25	2.0	25	96	0	93	27	19	25	27	1.99
28681971--28682026	26	2.2	26	87	6	78	30	17	21	30	1.96
28682106--28682498	159	2.5	158	74	9	397	22	31	25	19	1.98
28682472--28682524	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
28682849--28682901	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
28682874--28683335	159	2.9	156	76	6	446	24	28	27	19	1.99
28683942--28683980	18	2.3	17	91	8	62	20	51	17	10	1.74
28684438--28684490	26	2.0	26	88	0	79	22	22	28	26	1.99
28685170--28685220	26	2.0	26	88	7	77	29	19	23	27	1.98
28685194--28685783	159	3.7	158	74	8	527	24	30	26	19	1.98
28685193--28685802	317	1.9	318	84	3	807	23	30	26	19	1.98
28685841--28685896	26	2.2	26	90	0	85	28	14	25	32	1.94
28686221--28686273	26	2.0	26	89	7	81	28	15	24	32	1.95
28686734--28686786	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
28686010--28687135	513	2.2	512	82	4	1359	22	30	26	20	1.98
28686010--28687175	518	2.3	513	81	4	1357	22	29	27	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28687238--28687290	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
28687792--28687844	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
28688293--28688344	26	2.0	26	96	0	95	25	19	28	26	1.98
28689290--28689789	209	2.4	210	81	3	587	24	28	26	20	1.99
28690564--28690616	26	2.0	26	88	0	79	32	20	22	24	1.98
28690590--28691089	159	3.2	158	77	7	471	23	30	27	19	1.98
28691783--28691835	26	2.0	26	85	7	72	32	20	22	24	1.98
28692283--28692335	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
28692690--28693121	159	2.7	156	75	7	406	22	29	28	19	1.98
28693880--28693932	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
28693905--28694724	158	5.2	158	73	5	562	23	27	27	21	1.99
28693905--28694724	317	2.6	315	83	3	952	23	27	27	21	1.99
28695442--28695856	159	2.6	157	77	4	406	25	27	26	19	1.99
28696766--28696818	26	2.0	26	88	0	79	28	20	26	24	1.99
28697188--28697688	159	3.2	159	81	3	598	21	30	28	19	1.98
28698383--28698435	26	2.0	26	89	7	81	28	15	24	32	1.95
28698408--28698752	159	2.2	160	81	3	394	24	28	26	20	1.99
28698738--28698804	26	2.6	26	87	0	107	25	14	26	32	1.95
28699131--28699381	138	1.8	138	81	3	317	24	26	29	20	1.99
28700149--28700201	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
28700336--28700386	26	2.0	26	92	0	84	25	13	29	31	1.94
28700174--28700945	356	2.2	356	85	3	1045	23	27	26	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28706739--28706791	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
28706764--28707442	159	4.3	158	78	5	611	23	29	26	19	1.98
28706765--28707369	317	1.9	317	84	2	822	23	29	27	19	1.98
28706764--28707442	317	2.1	317	81	3	796	23	29	26	19	1.98
28707934--28707986	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
28707959--28708461	158	3.2	158	76	5	408	22	31	27	18	1.97
28708435--28708487	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
28715099--28715546	159	2.8	158	78	6	442	24	29	27	19	1.99
28715576--28715624	25	1.9	26	91	4	82	22	14	32	30	1.93
28716328--28716638	159	2.0	158	80	4	349	22	29	26	20	1.99
28716266--28716757	158	3.1	158	77	5	418	22	29	26	20	1.99
28717098--28717147	26	1.9	26	92	8	84	32	20	24	24	1.98
28718167--28718219	26	2.0	26	86	13	74	30	18	24	26	1.98
28718351--28719045	184	3.7	187	75	10	508	24	28	26	20	1.99
28718683--28719100	184	2.3	185	82	2	473	25	28	24	21	1.99
28719054--28719342	158	1.8	159	79	5	334	24	30	27	17	1.97
28720430--28720482	26	2.0	26	88	0	79	20	20	32	26	1.98
28721115--28721167	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
28720208--28721506	685	1.9	684	85	0	1817	23	28	26	21	1.99
28721675--28721744	26	2.7	26	93	0	113	31	15	24	28	1.96
28722707--28722759	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
28724392--28724850	158	2.9	158	75	3	438	24	28	27	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28725446--28725498	26	2.0	26	85	7	72	32	18	22	26	1.97
28725986--28726038	26	2.0	26	86	13	74	33	16	20	28	1.95
28725757--28726144	197	2.0	196	80	4	442	25	30	23	21	1.99
28726639--28727086	162	2.8	159	74	7	431	23	30	26	18	1.98
28726639--28727139	159	3.1	160	74	7	444	22	31	26	19	1.98
28727150--28727202	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
28728211--28728262	25	2.0	26	96	3	97	25	21	26	26	1.99
28728892--28728944	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
28728930--28729238	171	1.8	171	80	5	374	21	30	27	20	1.98
28730461--28730513	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
28730784--28730836	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
28731504--28731556	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
28731847--28731899	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
28732043--28732095	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
28732877--28732929	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
28734077--28734128	26	2.0	26	85	7	70	30	15	25	28	1.96
28734419--28734470	26	2.0	26	88	0	77	25	15	28	30	1.96
28735004--28735056	26	2.0	26	85	0	70	30	16	22	30	1.96
28735212--28735264	26	2.0	26	89	7	81	30	18	24	26	1.98
28735839--28735916	26	3.0	26	96	0	138	29	16	23	30	1.96
28735890--28736232	158	2.2	158	82	3	422	23	27	26	21	1.99
28736207--28736310	26	4.0	26	91	0	172	25	20	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28736464--28736824	196	1.8	197	82	6	464	26	25	25	22	2.00
28736710--28737191	159	3.0	157	76	2	453	24	29	25	20	1.99
28737165--28737217	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
28737913--28738416	159	3.2	157	73	8	430	23	29	26	19	1.98
28738390--28738442	26	2.0	26	85	0	70	28	22	22	26	1.99
28744942--28744994	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
28745650--28745702	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
28746349--28746401	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
28746190--28746558	184	2.0	184	81	0	434	24	27	26	21	1.99
28746374--28746973	159	3.8	158	82	3	625	22	31	28	17	1.97
28747007--28747056	26	1.9	26	87	0	73	26	20	26	28	1.99
28747902--28748503	158	3.7	160	79	6	547	24	30	26	17	1.97
28748093--28748534	159	2.8	158	82	4	505	23	30	27	17	1.97
28748556--28748608	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
28748765--28749178	184	2.2	185	80	3	449	26	28	24	20	1.99
28749464--28749516	26	2.0	26	89	7	81	24	18	26	30	1.98
28749812--28749862	26	2.0	26	92	7	86	29	15	25	29	1.96
28748949--28749890	356	2.7	347	79	4	989	24	27	26	21	1.99
28748949--28749899	347	2.7	347	79	4	982	24	27	26	21	1.99
28749658--28750020	184	2.0	184	83	4	464	25	28	25	20	1.99
28749838--28750331	158	3.1	158	78	5	512	24	29	25	20	1.99
28750312--28750364	26	2.0	26	92	0	88	26	16	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28751381--28751433	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
28752859--28753281	159	2.7	157	76	8	374	23	30	24	20	1.99
28753255--28753307	26	2.0	26	85	0	70	30	20	24	24	1.99
28753947--28754005	26	2.3	26	82	5	77	25	20	25	28	1.99
28752936--28754360	698	2.0	698	81	2	1630	23	28	26	20	1.99
28754334--28754386	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
28755259--28755311	26	2.0	26	96	0	97	30	20	24	24	1.99
28755759--28755811	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
28756482--28756534	26	2.0	26	89	7	81	26	20	24	28	1.99
28756825--28756877	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402