genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.262.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  262  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25523804--25524300	159	3.1	159	77	4	378	23	27	25	22	1.99
25524464--25524516	26	2.0	26	85	7	72	26	18	24	30	1.98
25524831--25524883	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25525199--25525251	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
25524326--25525640	368	3.6	364	81	4	1394	24	28	25	21	1.99
25525565--25525617	26	2.0	26	85	0	70	24	18	28	28	1.98
25526755--25526807	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
25527115--25527175	26	2.4	26	84	10	83	27	21	22	27	1.99
25526560--25527431	368	2.4	367	81	3	1004	23	28	27	20	1.99
25528881--25528935	26	2.1	27	89	3	85	30	20	27	21	1.98
25528688--25529356	355	1.9	354	82	2	831	23	28	26	21	1.99
25529749--25530239	158	3.1	157	75	5	477	22	28	27	21	1.99
25530213--25530265	26	2.0	26	88	0	79	26	15	26	32	1.95
25531815--25531893	26	3.0	26	98	0	149	31	20	21	26	1.98
25532086--25532138	26	2.0	26	88	0	79	26	20	28	24	1.99
25533657--25533709	26	2.0	26	85	0	70	30	20	22	26	1.98
25533749--25533773	13	1.9	13	100	0	50	24	28	48	0	1.52
25534024--25534079	26	2.2	26	96	0	103	25	19	26	28	1.99
25533472--25535208	368	4.7	366	82	3	1902	22	28	27	20	1.99
25534753--25534805	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
25533473--25535222	728	2.4	729	82	3	2056	22	28	27	20	1.99
25535120--25535172	26	2.0	26	96	0	97	28	16	24	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25536219--25536272	26	2.1	26	89	0	81	29	27	37	5	1.80
25536912--25537382	159	3.0	156	72	11	377	23	30	26	18	1.98
25537754--25537806	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
25537321--25538212	367	2.4	368	82	3	1012	22	29	26	21	1.99
25541187--25541548	158	2.3	158	75	4	336	25	28	26	19	1.99
25541662--25541714	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25543032--25543084	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
25542494--25543869	368	3.8	367	80	3	1424	23	28	27	21	1.99
25544521--25545023	158	3.2	158	77	3	465	23	31	26	18	1.97
25545001--25545048	25	1.9	25	91	8	80	25	20	29	25	1.99
25545685--25545732	25	1.9	25	91	8	80	25	20	29	25	1.99
25544521--25545974	684	2.1	684	96	0	2674	23	31	27	18	1.97
25546048--25546099	26	2.0	26	88	0	77	25	15	28	30	1.96
25547604--25547656	26	2.0	26	85	0	70	26	20	24	28	1.99
25547972--25548024	26	2.0	26	92	0	88	24	22	26	26	2.00
25548732--25549139	159	2.6	157	81	2	458	24	28	27	19	1.98
25552069--25552120	25	2.0	26	92	3	88	25	21	26	26	1.99
25552982--25553008	11	2.5	11	100	0	54	14	40	25	18	1.89
25553157--25554163	368	2.7	368	78	4	1012	23	28	26	20	1.99
25555292--25555344	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
25556694--25556746	26	2.0	26	85	7	72	26	20	24	28	1.99
25557045--25557097	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25556256--25557169	355	2.6	353	84	3	1155	23	28	26	21	1.99
25558095--25558147	26	2.0	26	92	0	88	26	18	28	26	1.98
25558448--25558502	26	2.1	26	89	0	83	25	14	27	32	1.95
25559433--25559485	26	2.0	26	85	0	70	24	15	30	30	1.95
25559801--25559853	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25559984--25560485	158	3.2	158	75	9	511	24	28	26	20	1.99
25560459--25560511	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
25560642--25560693	26	2.0	26	92	0	86	25	19	26	28	1.98
25561685--25562672	355	2.7	358	78	9	940	23	29	26	20	1.99
25563354--25563955	159	3.7	160	76	6	500	23	29	27	19	1.98
25563653--25563974	170	1.9	169	84	3	432	22	29	27	20	1.98
25564355--25564407	26	2.0	26	88	0	79	24	20	26	28	1.99
25564723--25564775	26	2.0	26	88	0	79	24	22	30	22	1.99
25563744--25565926	367	6.0	366	80	3	2124	22	28	27	21	1.99
25565090--25565141	26	2.0	26	88	7	79	26	19	25	28	1.98
25563790--25565926	735	2.9	731	81	4	2327	22	28	27	21	1.99
25565825--25565877	26	2.0	26	88	0	79	26	22	24	26	2.00
25567048--25567114	26	2.6	26	88	9	109	23	14	28	32	1.95
25567477--25567923	169	2.6	170	81	1	421	21	30	28	19	1.97
25569135--25569186	26	2.0	26	88	0	77	26	13	26	32	1.94
25569501--25569553	26	2.0	26	85	0	70	24	18	30	26	1.98
25568941--25569960	355	2.8	353	80	5	1050	24	28	26	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25570951--25571005	26	2.1	27	93	3	94	29	20	29	21	1.98
25571135--25571186	26	2.0	26	85	7	70	28	19	23	28	1.98
25571478--25571530	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
25572385--25572436	25	2.0	26	92	3	88	25	19	26	28	1.98
25572869--25572894	10	2.6	10	100	0	52	23	7	11	57	1.59
25572844--25572920	38	2.1	37	95	2	136	22	12	16	48	1.80
25572839--25572926	38	2.3	39	88	9	135	23	11	17	47	1.79
25573836--25573885	26	1.9	26	91	0	82	26	16	30	28	1.96
25573635--25576462	355	7.9	355	79	6	2907	22	29	27	20	1.99
25574189--25574241	26	2.0	26	89	7	81	24	20	28	26	1.99
25574912--25574964	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
25575004--25575028	13	1.9	13	100	0	50	24	28	48	0	1.52
25573664--25576461	723	3.9	722	87	3	3459	22	28	27	20	1.99
25575634--25575686	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
25575992--25576041	26	1.9	26	91	0	82	26	18	28	28	1.98
25576359--25576411	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
25577852--25577902	26	2.0	26	88	0	75	25	19	29	25	1.99
25578755--25579042	158	1.8	158	81	4	357	23	31	27	17	1.97
25579072--25579124	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
25579828--25580191	157	2.3	157	79	3	392	22	30	27	18	1.98
25580280--25580332	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
25580648--25580700	26	2.0	26	88	0	79	24	22	26	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25581016--25581066	26	2.0	26	92	0	84	25	15	25	33	1.95
25580194--25581108	368	2.5	368	81	1	1019	23	27	26	22	2.00
25581700--25581752	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
25581918--25582329	184	2.2	185	81	5	451	23	30	27	17	1.97
25582410--25582462	26	2.0	26	85	7	72	26	16	28	28	1.97
25582929--25582981	26	2.0	26	89	7	81	30	20	20	28	1.98
25584068--25584120	26	2.0	26	85	0	70	24	20	24	30	1.99
25585271--25585321	26	2.0	26	92	0	84	27	23	25	23	2.00
25585621--25585673	26	2.0	26	81	0	61	26	22	24	26	2.00
25584949--25586080	355	3.2	349	80	5	1239	23	29	26	20	1.98
25587116--25587168	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
25588342--25588392	26	2.0	26	92	0	84	25	19	25	29	1.99
25588710--25588760	26	2.0	26	88	0	75	27	11	29	31	1.92
25588568--25588913	186	1.9	183	80	5	410	24	29	25	20	1.99
25588736--25589025	159	1.8	160	81	3	343	25	29	25	19	1.99
25589553--25589605	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
25589360--25590342	342	2.8	342	79	6	1093	23	29	27	19	1.98
25589895--25589946	26	2.0	26	92	0	86	26	19	26	26	1.99
25590250--25590302	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
25591392--25591856	158	2.9	158	77	4	384	21	29	29	20	1.98
25591865--25591917	26	2.0	26	88	0	79	28	18	26	26	1.98
25592763--25592815	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25592852--25592881	13	2.3	13	94	0	51	23	33	33	10	1.88
25593157--25593209	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
25593521--25593573	26	2.0	26	92	0	88	26	20	28	24	1.99
25594080--25594104	11	2.3	11	100	0	50	16	40	24	20	1.91
25594986--25595038	26	2.0	26	85	7	72	26	18	26	28	1.98
25595525--25595577	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
25596738--25596789	26	2.0	26	96	0	95	25	19	28	26	1.98
25597106--25597158	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
25597828--25598455	159	4.0	158	75	5	599	22	31	28	18	1.97
25597829--25598490	318	2.1	317	83	3	821	22	30	27	19	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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