genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.296.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  296  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28041950--28042002	26	2.0	26	85	7	72	30	16	22	30	1.96
28042146--28042224	26	3.0	26	94	3	133	29	18	22	29	1.98
28042197--28042599	158	2.5	157	75	6	364	22	27	28	21	1.99
28042638--28042690	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
28042663--28043109	184	2.4	184	85	2	569	24	31	27	17	1.97
28043192--28043244	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
28044698--28044750	26	2.0	26	88	0	79	30	22	20	26	1.98
28045419--28045470	26	2.0	25	96	3	95	26	21	25	26	1.99
28045546--28045594	20	2.4	21	93	6	91	6	44	22	26	1.76
28045781--28045833	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
28045989--28046041	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
28046538--28046906	157	2.3	157	81	5	413	24	29	26	19	1.98
28046982--28047034	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
28047143--28047532	170	2.3	170	77	10	400	23	29	25	22	1.99
28047532--28047900	156	2.4	154	79	7	393	22	31	27	18	1.97
28047975--28048027	26	2.0	26	89	7	81	30	20	24	24	1.99
28048709--28048760	26	2.0	26	88	7	79	30	19	23	26	1.98
28049641--28049693	26	2.0	26	89	7	81	28	15	24	32	1.95
28049062--28049788	393	1.8	399	81	7	902	25	27	25	21	1.99
28055134--28055184	26	2.0	26	96	0	93	25	19	27	27	1.99
28058229--28058676	159	2.8	158	75	7	397	21	29	29	19	1.98
28060277--28060329	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28059687--28060556	345	2.5	351	82	6	995	22	29	28	19	1.98
28060487--28060987	159	3.2	156	76	6	490	22	29	27	19	1.98
28060961--28061013	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
28061341--28061392	26	2.0	25	92	3	86	30	21	21	26	1.98
28061648--28061697	21	2.4	21	100	0	100	24	46	16	14	1.83
28063495--28063547	26	2.0	26	88	0	79	24	16	26	32	1.97
28064370--28064422	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
28065263--28065316	26	2.1	26	85	0	72	22	16	31	29	1.96
28066438--28066490	26	2.0	26	85	0	70	26	18	24	30	1.98
28066754--28066806	26	2.0	26	89	7	81	28	22	24	24	2.00
28068297--28068349	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
28068322--28069436	511	2.2	513	82	4	1325	25	30	25	19	1.98
28069030--28069434	157	2.5	157	75	7	395	26	30	25	18	1.98
28069030--28069481	165	2.8	158	73	11	400	25	30	25	18	1.98
28069498--28069550	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
28070063--28070113	26	2.0	26	84	7	68	27	15	23	33	1.95
28070417--28070469	26	2.0	26	85	0	70	24	18	28	28	1.98
28071017--28071069	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
28071043--28071344	159	1.9	159	79	6	335	25	30	24	19	1.98
28071871--28071921	26	2.0	26	84	7	68	27	15	23	33	1.95
28072225--28072277	26	2.0	26	85	0	70	24	18	28	28	1.98
28072825--28072877	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28072851--28073152	159	1.9	159	79	6	335	25	30	24	19	1.98
28073329--28073378	25	2.0	25	88	4	73	26	20	28	26	1.99
28074504--28074556	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
28074882--28074933	26	2.0	26	88	7	79	28	17	21	32	1.96
28074909--28075446	158	3.4	158	77	6	448	25	30	25	18	1.98
28076079--28076131	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
28076422--28076474	26	2.0	26	85	7	72	24	15	28	32	1.95
28077087--28077139	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
28076772--28077584	368	2.3	343	75	11	768	24	28	26	20	1.99
28077493--28077950	158	2.9	157	73	12	409	22	29	28	20	1.98
28079953--28080005	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
28079979--28080362	159	2.4	156	76	7	389	21	26	28	23	1.99
28080454--28080506	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
28080615--28080672	26	2.2	27	81	12	75	24	22	24	29	1.99
28081040--28081450	159	2.6	159	78	2	412	18	26	29	25	1.98
28081418--28081474	26	2.2	26	81	6	71	24	19	21	35	1.96
28081774--28081826	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
28082156--28082206	26	2.0	26	92	0	84	29	19	19	31	1.97
28086692--28087087	159	2.5	158	80	2	393	18	27	28	24	1.98
28087455--28087956	159	3.2	157	76	9	416	20	27	28	22	1.99
28087930--28087980	26	2.0	26	84	7	68	33	23	11	31	1.91
28088125--28088177	26	2.0	26	86	13	74	30	22	16	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28088315--28088702	159	2.4	158	77	6	433	21	26	29	21	1.99
28088315--28088808	158	3.1	157	76	5	499	20	27	28	23	1.99
28089212--28089677	159	2.9	157	77	8	428	19	28	29	22	1.98
28086657--28089873	869	3.7	867	79	7	3795	21	27	28	23	1.99
28089649--28089701	26	2.0	26	85	7	72	32	24	13	30	1.93
28089846--28089898	26	2.0	26	86	13	74	30	22	16	30	1.96
28091100--28091585	159	3.1	158	75	5	480	19	27	30	21	1.98
28091948--28092449	158	3.2	157	77	5	481	20	27	29	22	1.98
28092423--28092475	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
28092619--28092671	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
28093119--28093171	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
28093241--28093273	11	3.0	11	95	0	57	18	33	36	12	1.88
28093849--28093901	26	2.0	26	82	13	65	32	24	15	28	1.95
28094046--28094098	26	2.0	26	89	7	81	26	20	18	33	1.96
28094546--28094598	26	2.0	26	89	7	81	30	24	18	26	1.98
28098417--28098469	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
28098512--28098836	171	1.9	170	81	1	391	16	27	31	24	1.97
28098941--28098993	26	2.0	26	86	13	74	30	24	16	28	1.97
28098164--28099235	524	2.0	525	89	2	1636	19	26	31	22	1.98
28099299--28099351	26	2.0	26	85	7	72	32	22	16	28	1.96
28100085--28100390	159	1.9	158	84	3	409	16	27	33	23	1.95
28100363--28100415	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28101260--28101956	159	4.3	158	77	6	542	19	24	30	25	1.98
28101653--28102041	171	2.3	171	81	3	462	19	24	32	23	1.98
28101653--28102094	171	2.6	170	77	5	453	18	24	31	24	1.97
28102305--28102463	80	2.0	79	87	3	230	19	30	36	13	1.91
28102425--28102730	157	1.9	158	86	3	429	19	27	29	23	1.98
28102399--28102747	157	2.2	158	80	5	420	20	27	30	21	1.98
28102578--28103034	170	2.7	169	77	5	393	19	26	31	23	1.98
28103003--28103120	58	2.0	58	93	0	200	22	21	24	31	1.98
28103079--28103131	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
28103192--28103606	159	2.6	159	79	3	431	17	25	29	26	1.97
28104301--28104353	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
28104568--28104620	25	2.1	25	100	0	106	11	35	37	15	1.83
28107679--28107731	26	2.0	26	88	0	79	24	16	26	32	1.97
28108979--28109031	26	2.0	26	85	0	70	24	18	26	30	1.98
28109358--28109410	26	2.0	26	85	7	72	32	18	20	28	1.97
28109854--28109906	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
28110576--28110628	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
28110753--28110806	26	2.1	26	92	0	90	22	20	31	25	1.98
28111926--28111978	26	2.0	26	85	0	70	26	18	24	30	1.98
28112242--28112294	26	2.0	26	85	7	72	30	20	22	26	1.98
28112268--28112876	159	3.8	156	73	8	451	24	29	25	20	1.99
28113780--28113832	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28114487--28114539	26	2.0	26	89	7	81	30	18	24	26	1.98
28113929--28114940	512	2.0	511	82	2	1219	24	29	25	19	1.99
28114513--28114882	157	2.3	157	77	3	366	25	30	24	19	1.98
28114513--28114949	159	2.8	158	76	5	402	25	30	25	18	1.98
28114975--28115027	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
28115540--28115590	26	2.0	26	84	7	68	27	15	23	33	1.95
28115894--28115946	26	2.0	26	88	0	79	24	20	28	26	1.99
28116495--28116547	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
28116521--28116822	159	1.9	159	79	6	335	25	29	24	19	1.99
28116999--28117049	26	2.0	26	92	0	84	25	21	27	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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