genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.402.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  402  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36275132--36275456	171	1.9	171	85	1	445	20	23	31	24	1.98
36275852--36275904	26	2.0	26	86	13	74	30	30	16	22	1.96
36276545--36276597	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
36276515--36277624	355	3.2	341	75	8	936	20	26	29	22	1.99
36277353--36277785	159	2.7	159	78	5	437	18	28	29	23	1.97
36277757--36277809	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
36278988--36279040	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
36279022--36279828	158	5.1	157	74	7	695	18	26	30	24	1.98
36279014--36279829	316	2.6	315	86	1	1091	18	26	30	24	1.98
36280490--36280907	158	2.6	156	78	9	402	18	27	28	25	1.98
36281500--36281552	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
36281526--36282027	158	3.2	158	77	7	437	18	26	30	24	1.98
36282001--36282053	26	2.0	26	89	7	81	28	20	20	30	1.98
36283194--36283231	20	1.9	20	88	0	58	28	15	39	15	1.89
36284077--36284646	158	3.6	158	76	3	545	19	27	28	24	1.98
36284620--36284672	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
36285352--36285404	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
36285378--36285882	159	3.2	159	76	8	449	19	26	29	24	1.99
36285854--36285907	26	2.1	26	89	6	83	25	22	20	31	1.98
36286112--36286858	159	4.8	156	74	7	507	18	27	29	23	1.98
36285962--36286858	315	2.9	314	83	3	1010	19	27	29	23	1.98
36286831--36286884	26	2.1	26	93	6	92	25	24	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36285451--36288041	977	2.6	979	85	3	3280	19	26	29	24	1.99
36287132--36287526	157	2.5	158	78	6	363	17	25	29	27	1.98
36287098--36287685	159	3.7	157	75	7	515	18	26	29	25	1.98
36285986--36287855	316	5.8	317	73	9	1034	19	26	28	24	1.99
36287825--36287880	26	2.2	26	90	6	87	28	19	19	32	1.97
36287659--36288051	196	2.0	195	85	2	529	20	25	29	24	1.99
36287854--36288259	170	2.4	170	78	4	442	21	24	30	23	1.99
36288289--36288328	21	1.9	21	94	0	71	12	37	12	37	1.81
36288568--36288620	26	2.0	26	89	7	81	30	22	16	30	1.96
36288308--36288788	195	2.5	193	84	4	590	22	25	26	25	2.00
36289405--36289457	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
36291124--36291176	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
36291229--36291811	159	3.7	158	75	5	557	17	27	30	24	1.97
36292153--36292202	26	1.9	26	92	8	84	26	22	20	32	1.98
36293399--36293451	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
36293881--36293933	26	2.0	26	89	7	81	24	24	20	30	1.99
36294000--36294039	11	3.6	11	89	0	62	37	35	17	10	1.83
36293998--36294045	22	2.2	22	92	0	78	33	31	25	10	1.89
36294623--36294675	26	2.0	26	88	0	79	28	28	16	26	1.97
36295092--36295145	26	2.1	26	89	6	83	25	22	20	31	1.98
36295860--36296406	196	2.9	195	80	5	494	21	28	27	23	1.99
36296165--36296217	26	2.0	26	85	0	70	28	28	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36296056--36296549	185	2.7	184	81	3	562	20	27	29	21	1.98
36297361--36297428	34	2.0	33	91	2	109	23	22	45	8	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402

The End!