genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  85  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12529433--12529485	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
12529495--12529814	171	1.9	170	85	0	442	19	29	31	20	1.96
12529459--12529827	171	2.2	169	81	2	441	20	29	29	20	1.98
12529800--12529852	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
12529826--12530327	158	3.2	157	74	9	498	18	27	30	23	1.98
12530301--12530353	26	2.0	26	92	0	88	24	24	20	30	1.99
12531021--12531073	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
12531880--12532312	169	2.6	169	79	6	399	20	26	29	23	1.99
12532466--12532958	159	3.1	155	78	6	450	20	26	28	24	1.99
12532932--12532984	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
12533668--12533720	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
12534687--12534998	170	1.8	170	81	4	387	20	24	32	22	1.98
12535103--12535607	159	3.2	158	78	7	484	21	27	27	23	1.99
12535579--12535631	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
12536311--12536363	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
12536337--12536837	158	3.2	158	74	6	487	18	25	30	24	1.98
12536995--12537047	26	2.0	26	85	0	70	28	26	20	24	1.99
12538561--12538612	26	2.0	26	88	7	79	28	25	19	26	1.98
12538478--12538977	183	2.7	182	79	8	480	22	25	26	26	2.00
12539942--12540314	158	2.4	156	80	5	401	20	27	29	23	1.99
12540983--12541035	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
12541009--12541509	158	3.2	156	78	6	497	22	26	28	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12541668--12541746	26	3.0	26	90	0	122	27	26	18	26	1.98
12541720--12542212	158	3.1	156	74	6	499	19	25	29	25	1.98
12542382--12542434	26	2.0	26	92	0	88	24	24	22	28	2.00
12542882--12542934	26	2.0	26	89	7	81	28	24	16	30	1.97
12543247--12543301	26	2.1	26	83	6	67	30	25	16	27	1.96
12543594--12543646	26	2.0	26	92	0	88	30	22	18	28	1.98
12543979--12544028	26	1.9	26	84	8	66	22	26	22	30	1.99
12544321--12544373	26	2.0	26	85	7	72	28	20	18	32	1.97
12544626--12544652	13	2.1	13	100	0	54	7	37	33	22	1.82
12544275--12544983	354	2.0	355	80	5	803	21	25	28	24	1.99
12550426--12550476	26	2.0	26	96	0	93	25	29	19	25	1.99
12550610--12550662	26	2.0	26	85	7	72	28	26	16	28	1.97
12551846--12551898	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
12552227--12552279	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
12552253--12553079	159	5.2	159	76	5	699	19	26	30	23	1.98
12552264--12553077	322	2.6	317	81	5	940	18	26	30	23	1.98
12553050--12553102	26	2.0	26	92	7	90	28	20	20	30	1.98
12552892--12554799	184	10.0	184	76	9	1518	20	26	28	24	1.99
12553234--12553286	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
12552892--12553965	578	1.9	572	82	5	1289	19	25	29	25	1.99
12554206--12554256	26	2.0	26	92	0	84	27	29	15	27	1.96
12554588--12554640	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12554907--12554959	26	2.0	26	89	7	81	28	24	20	26	1.99
12555548--12555598	26	2.0	26	92	7	86	31	27	15	25	1.96
12555576--12556075	159	3.2	156	77	7	526	18	28	29	23	1.98
12556600--12556651	26	2.0	26	85	14	72	30	23	17	28	1.97
12557285--12557334	26	1.9	26	87	0	73	32	28	14	26	1.94
12557628--12558151	158	3.3	157	77	5	421	19	25	30	23	1.98
12558578--12558630	26	2.0	26	85	7	72	28	20	20	30	1.98
12559459--12559511	26	2.0	26	85	7	72	30	22	16	30	1.96
12560011--12560062	26	2.0	25	92	3	86	26	25	21	26	1.99
12560557--12560843	159	1.8	158	80	3	344	18	27	31	22	1.98
12560999--12561051	26	2.0	26	89	7	81	30	20	18	30	1.97
12561382--12561432	26	2.0	26	88	0	75	27	27	17	27	1.98
12561406--12561897	158	3.1	159	76	4	485	20	27	28	23	1.99
12561344--12563009	710	2.4	708	81	3	1915	21	27	27	23	1.99
12562982--12563034	26	2.0	26	89	7	81	32	22	15	30	1.94
12563350--12563401	26	2.0	26	92	7	88	26	26	19	26	1.99
12563487--12563960	158	3.0	158	72	7	440	20	28	29	22	1.98
12563375--12564191	316	2.6	314	80	2	900	20	26	28	24	1.99
12572326--12572378	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
12572787--12572838	26	2.0	26	85	7	70	26	23	17	32	1.96
12573304--12573665	157	2.3	157	78	7	376	19	27	29	23	1.98
12573165--12573664	158	3.2	155	73	9	422	20	27	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12573993--12574045	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
12574138--12574549	159	2.6	159	73	5	402	18	25	31	25	1.97
12574691--12575193	159	3.2	158	78	7	473	20	27	28	22	1.99
12573671--12575194	673	2.3	671	83	2	1912	20	26	29	23	1.99
12575167--12575219	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
12574629--12575694	501	2.1	501	83	3	1315	21	26	27	24	1.99
12575484--12576008	158	3.3	157	77	6	454	20	24	28	25	1.99
12575193--12576008	316	2.6	313	79	7	776	21	25	28	25	1.99
12575983--12576113	26	5.0	25	85	7	163	29	24	17	29	1.97
12576562--12576614	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
12577813--12577865	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
12578188--12578282	47	2.0	47	100	0	190	41	23	14	21	1.90
12582342--12582394	26	2.0	26	92	7	90	30	24	16	28	1.97
12582792--12583091	158	1.9	158	80	5	356	18	28	30	23	1.97
12583220--12583273	26	2.1	26	86	6	74	25	20	22	31	1.98
12584285--12584340	26	2.2	26	90	6	87	28	23	21	26	1.99
12584669--12584721	26	2.0	26	82	13	65	28	24	16	30	1.97
12584833--12585225	158	2.5	158	77	5	416	19	25	31	24	1.98
12584753--12585225	159	3.0	158	76	4	468	18	26	30	24	1.98
12585568--12585608	21	2.0	21	100	0	82	14	14	53	17	1.73
12585853--12585905	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
12587408--12587974	159	3.6	158	79	6	495	17	27	31	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12588294--12588779	158	3.1	158	73	7	360	20	28	28	21	1.98
12588756--12588805	26	1.9	26	88	8	75	26	24	18	32	1.97
12589992--12590384	157	2.5	157	82	4	450	18	27	30	23	1.97
12589949--12590384	159	2.8	157	81	4	500	17	28	30	23	1.97
12590867--12591388	159	3.3	159	73	8	472	19	25	29	25	1.98
12591361--12591413	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
12593535--12593587	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
12593745--12593797	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
12594257--12594309	26	2.0	26	96	0	97	26	20	20	32	1.98
12594098--12594468	184	2.0	185	82	5	457	19	26	28	25	1.98
12594684--12594896	109	2.0	109	84	1	284	15	31	23	29	1.95
12594867--12594919	26	2.0	26	89	7	81	24	26	20	28	1.99
12596077--12596130	28	2.0	27	96	3	99	29	27	14	27	1.95
12596833--12597315	158	3.1	159	78	6	496	20	29	29	21	1.98
12596887--12597314	159	2.7	158	80	5	459	18	29	29	22	1.97
12597719--12598215	158	3.1	157	78	5	547	19	28	30	21	1.98
12598352--12598747	159	2.5	158	73	8	360	22	25	30	21	1.99
12599077--12599129	26	2.0	26	85	0	70	30	22	20	26	1.98
12598155--12599633	751	2.0	750	87	2	2162	21	25	28	23	1.99
12600129--12600181	26	2.0	27	85	10	74	32	24	15	28	1.95
12601756--12601808	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
12602104--12602464	184	2.0	184	83	1	463	21	24	26	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12602944--12602997	26	2.0	27	89	10	85	25	24	18	31	1.97
12603688--12604189	158	3.2	159	75	8	466	19	27	29	23	1.98
12610756--12610808	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
12612166--12612218	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
12612246--12612694	159	2.8	158	77	2	452	18	28	30	22	1.97
12612192--12612693	158	3.2	158	75	5	503	19	27	30	22	1.98
12612667--12612719	26	2.0	26	82	7	63	30	22	18	28	1.98
12613072--12613574	159	3.2	158	80	6	570	20	27	30	22	1.98
12614271--12614322	26	2.0	26	96	0	95	30	28	15	25	1.96
12614770--12614822	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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