genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.108.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  108  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14351992--14352044	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
14353060--14353109	26	1.9	26	84	8	66	28	24	18	30	1.97
14353083--14353570	157	3.1	156	76	7	511	19	28	30	21	1.98
14353555--14353607	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
14354106--14354158	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
14353898--14354317	184	2.3	185	81	6	471	20	26	27	24	1.99
14354132--14354475	159	2.2	158	82	5	408	19	28	29	22	1.98
14354581--14354633	26	2.0	26	88	0	79	28	22	18	30	1.98
14354764--14354816	26	2.0	26	85	7	72	26	20	20	32	1.98
14355856--14355908	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
14355938--14356225	159	1.8	157	87	1	423	15	29	32	22	1.95
14356198--14356250	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
14356922--14356972	26	2.0	26	88	7	77	27	25	17	29	1.98
14356997--14357426	159	2.7	157	79	2	450	17	28	32	22	1.96
14358132--14358184	26	2.0	26	92	0	88	24	28	20	26	1.99
14358471--14358824	184	1.9	184	86	2	505	20	23	28	27	1.99
14358692--14359155	159	2.9	159	77	7	467	19	22	30	27	1.98
14359127--14359179	26	2.0	26	85	7	72	26	18	20	33	1.96
14359507--14359559	26	2.0	26	86	13	74	30	26	16	26	1.97
14360097--14360149	26	2.0	26	89	7	81	28	24	20	26	1.99
14360598--14360650	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
14360966--14361101	26	5.3	26	87	4	195	29	27	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14360966--14361101	52	2.6	52	89	5	222	29	27	19	23	1.98
14361156--14361754	159	3.8	159	76	4	582	18	27	29	24	1.98
14361888--14361940	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
14362435--14362487	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
14363108--14363160	26	2.0	26	89	7	81	26	24	18	30	1.98
14363621--14363673	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
14364342--14364391	26	1.9	26	88	8	75	24	28	20	28	1.99
14364368--14364869	159	3.2	158	75	6	392	20	26	29	23	1.99
14364843--14364895	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
14365725--14365777	26	2.0	26	89	7	81	32	22	15	30	1.94
14366067--14366119	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
14366264--14366316	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
14366249--14366646	184	2.2	184	84	2	523	22	25	27	23	2.00
14366560--14366971	160	2.6	156	76	7	352	20	28	25	25	1.99
14366524--14367603	511	2.1	495	82	4	1279	20	27	29	22	1.99
14367443--14367495	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
14367679--14368061	159	2.4	154	74	9	351	20	29	30	19	1.97
14368178--14368234	26	2.2	26	87	9	82	29	28	19	22	1.98
14369234--14369626	159	2.5	159	74	6	375	23	25	29	20	1.99
14369702--14369780	26	3.0	26	92	0	122	29	27	17	25	1.98
14370265--14370317	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
14371627--14371676	26	1.9	26	88	8	75	24	28	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14371653--14372153	158	3.2	158	80	4	571	19	29	29	21	1.97
14372127--14372179	26	2.0	26	85	7	72	28	26	16	28	1.97
14372186--14372508	171	1.9	170	83	3	416	17	26	32	23	1.96
14372153--14372521	171	2.2	170	81	4	413	18	27	30	23	1.98
14372494--14372546	26	2.0	26	92	0	88	24	28	20	26	1.99
14372656--14373019	159	2.3	158	80	6	394	20	25	29	24	1.99
14372992--14373044	26	2.0	26	89	7	81	28	20	20	30	1.98
14373200--14373252	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
14374104--14374156	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
14374212--14374651	159	2.8	159	78	5	444	18	29	29	22	1.97
14374624--14374676	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
14375176--14375228	26	2.0	26	89	7	81	28	20	18	32	1.97
14375305--14375329	11	2.3	11	100	0	50	20	24	40	16	1.91
14375939--14376446	159	3.1	158	80	6	495	19	27	30	22	1.98
14376420--14376470	26	2.0	26	88	0	75	27	27	19	25	1.99
14376762--14376813	26	2.0	25	96	3	95	26	23	21	28	1.99
14377481--14377531	26	2.0	26	88	0	75	27	27	19	25	1.99
14377823--14377874	26	2.0	25	96	3	95	26	23	21	28	1.99
14378544--14378596	26	2.0	26	89	7	81	30	28	18	22	1.98
14379013--14379065	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
14379270--14379881	158	3.9	154	73	6	454	19	26	30	23	1.98
14379136--14379888	317	2.3	320	81	7	873	19	26	29	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14380255--14380306	26	2.0	26	85	7	70	28	23	17	30	1.97
14379563--14380347	399	2.0	399	84	1	1016	22	26	29	22	1.99
14380420--14380854	183	2.5	173	75	9	430	19	26	30	23	1.98
14380621--14380673	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
14380196--14380854	367	1.8	362	83	5	870	20	26	29	23	1.99
14381122--14381174	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
14381501--14381553	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
14385661--14385700	17	2.4	17	95	0	71	5	40	12	42	1.64
14388334--14388415	26	3.2	26	91	0	128	28	26	19	25	1.99
14389220--14389273	26	2.1	26	86	6	74	24	25	22	27	2.00
14389246--14389751	159	3.2	157	74	6	394	19	26	30	23	1.98
14389725--14389777	26	2.0	26	89	7	81	30	22	18	28	1.98
14389895--14390263	159	2.3	159	80	8	394	20	27	27	24	1.99
14390965--14391014	26	1.9	26	95	0	91	26	28	20	26	1.99
14391463--14391513	26	2.0	26	88	7	77	29	31	11	27	1.92
14391529--14391844	171	1.8	171	81	4	386	20	27	31	21	1.98
14390923--14392543	513	3.2	496	78	7	1532	20	27	29	23	1.99
14391735--14392358	342	1.8	344	80	2	752	20	26	29	23	1.99
14392159--14392516	159	2.3	158	77	5	373	17	26	30	24	1.97
14393921--14393973	26	2.0	26	88	0	79	30	26	18	24	1.98
14393986--14394449	159	2.9	156	80	7	490	17	28	31	22	1.97
14393947--14394448	158	3.2	156	76	6	499	18	28	30	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14394422--14394474	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
14393883--14395158	513	2.5	512	83	3	1609	19	27	29	22	1.98
14394674--14394961	158	1.8	159	80	2	346	18	28	29	24	1.98
14394937--14394987	26	2.0	26	84	0	66	27	25	15	31	1.96
14395131--14395183	26	2.0	26	86	13	74	26	22	20	30	1.98
14396060--14396112	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
14396772--14396823	26	2.0	26	84	0	68	34	23	15	26	1.94
14396831--14397138	159	1.9	158	86	1	438	18	28	31	21	1.97
14397113--14397165	26	2.0	26	92	0	88	26	22	22	28	1.99
14397837--14397889	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
14398692--14398744	26	2.0	26	100	0	106	26	30	20	22	1.98
14399339--14399391	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
14399092--14399640	184	2.9	195	81	6	608	20	27	29	22	1.98
14399523--14399575	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
14399300--14399734	184	2.4	184	84	1	550	19	28	29	22	1.98
14399549--14399936	159	2.4	157	76	4	384	21	28	29	20	1.98
14400020--14400072	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
14400474--14400950	196	2.4	196	92	0	783	21	28	27	22	1.99
14400753--14401122	171	2.2	170	79	4	413	19	28	31	21	1.97
14401094--14401172	26	3.0	26	87	3	115	26	26	17	29	1.98
14401146--14401650	159	3.2	156	75	11	420	19	27	29	23	1.98
14401624--14401676	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14401752--14401778	11	2.5	11	100	0	54	25	25	33	14	1.95
14402352--14402407	26	2.2	26	90	0	85	28	25	21	25	1.99
14402530--14402582	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
14402740--14402792	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
14402766--14403257	159	3.1	156	77	8	512	19	29	28	21	1.98
14410616--14410668	26	2.0	26	89	7	81	30	22	18	28	1.98
14411338--14411390	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
14411364--14412983	159	10.2	159	72	9	1014	20	26	30	22	1.98
14411364--14412983	317	5.1	316	80	6	1602	20	26	30	22	1.98
14412354--14412984	170	3.8	168	76	10	655	19	26	31	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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