genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.121.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  121  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15267043--15267098	26	2.2	26	90	6	87	32	16	19	32	1.94
15267224--15267832	318	1.9	318	80	3	715	24	28	26	21	1.99
15268042--15268095	26	2.1	26	89	6	83	27	14	24	33	1.94
15268514--15268566	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
15269237--15269289	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
15269577--15269629	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
15270872--15270924	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
15271581--15271633	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
15271610--15272061	159	2.8	158	77	6	430	23	29	28	18	1.98
15272087--15272139	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
15272847--15273348	159	3.2	156	76	7	422	24	30	27	18	1.98
15273702--15273754	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
15273138--15273836	367	1.9	358	80	9	791	22	29	28	19	1.98
15274203--15274255	26	2.0	26	92	7	90	26	20	28	24	1.99
15274545--15274597	26	2.0	26	85	0	70	24	15	28	32	1.95
15275296--15275746	158	2.8	156	81	5	478	23	30	27	18	1.97
15275782--15275834	26	2.0	26	85	7	72	28	16	22	32	1.96
15275969--15276019	26	2.0	26	96	0	93	31	19	25	23	1.98
15276691--15276741	26	2.0	26	92	7	86	31	19	21	27	1.97
15276717--15277344	159	4.0	159	78	3	602	23	30	27	18	1.98
15276717--15277377	317	2.1	316	82	1	768	23	29	27	19	1.98
15277351--15277403	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15278641--15279737	159	6.9	158	76	3	846	22	30	27	19	1.98
15278641--15279777	317	3.6	316	84	2	1372	22	29	27	19	1.98
15279751--15279802	25	2.0	26	85	3	70	26	17	26	28	1.97
15280424--15280788	157	2.3	157	78	4	394	20	29	28	21	1.98
15280772--15280824	26	2.0	26	85	0	70	28	13	24	33	1.93
15281996--15282048	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
15282141--15282174	12	2.8	12	90	0	50	8	35	29	26	1.87
15282910--15283370	159	2.9	156	72	8	401	23	29	27	19	1.98
15283387--15283438	26	2.0	26	96	0	95	25	15	28	30	1.96
15283582--15283634	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
15283363--15283738	196	1.9	196	85	4	526	23	28	27	21	1.99
15284791--15284843	26	2.0	26	82	7	63	28	16	26	28	1.97
15285291--15285369	26	3.0	26	90	3	124	27	18	25	27	1.98
15285525--15285577	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
15285550--15285979	159	2.7	159	74	5	393	23	29	27	19	1.98
15286027--15286079	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
15286773--15287457	157	4.3	156	73	6	459	24	30	26	18	1.98
15286774--15287459	159	4.3	158	72	6	444	24	30	26	18	1.98
15287521--15287573	26	2.0	26	92	0	88	24	18	30	26	1.98
15287888--15287940	26	2.0	26	85	7	72	28	18	22	30	1.98
15287913--15288416	159	3.2	158	76	9	427	23	28	26	21	1.99
15288390--15288442	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15289122--15289174	26	2.0	26	85	7	72	28	15	22	33	1.94
15289647--15289985	159	2.1	158	79	3	367	22	30	27	19	1.98
15289306--15291123	343	5.3	342	82	3	1862	23	29	27	20	1.98
15290308--15290360	26	2.0	26	89	7	81	28	20	28	22	1.99
15290651--15290703	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
15291508--15291558	26	2.0	26	88	0	75	25	17	25	31	1.97
15291322--15291955	344	1.8	343	84	1	856	23	28	26	20	1.99
15292221--15292281	26	2.3	28	86	8	83	34	24	18	22	1.96
15292735--15292787	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
15292760--15293141	158	2.4	157	80	5	403	23	28	27	20	1.99
15292761--15293254	158	3.1	158	77	7	344	23	28	27	21	1.99
15293236--15293288	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
15292038--15293354	514	2.6	505	78	8	1241	23	28	27	20	1.99
15293868--15293900	11	3.0	11	90	0	57	12	36	33	18	1.88
15293996--15294620	158	4.0	157	77	3	574	22	30	28	19	1.98
15295589--15295653	26	2.5	26	82	9	71	30	18	21	29	1.97
15296292--15296344	26	2.0	26	86	13	74	30	16	22	30	1.96
15297578--15298110	159	3.4	157	81	4	579	21	29	28	19	1.98
15297852--15298237	158	2.4	156	80	7	406	21	30	27	20	1.98
15297578--15298237	316	2.1	316	79	4	706	21	29	28	20	1.98
15298211--15298263	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
15298302--15298326	13	1.9	13	100	0	50	24	16	48	12	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15298025--15298715	368	1.9	362	80	10	801	23	28	28	20	1.99
15298618--15299120	159	3.2	157	78	5	489	23	29	27	20	1.98
15298935--15299402	184	2.5	184	83	2	546	24	28	27	19	1.98
15299278--15299330	26	2.0	26	85	0	70	24	18	26	30	1.98
15300002--15300052	26	2.0	26	92	7	86	29	15	25	29	1.96
15300028--15300336	158	2.0	158	80	5	347	22	30	28	19	1.98
15301558--15301613	25	2.3	25	96	3	105	26	21	23	28	1.99
15302998--15303050	26	2.0	26	92	7	90	24	22	26	26	2.00
15304050--15304100	26	2.0	26	92	0	84	27	17	29	25	1.98
15303851--15304518	368	1.8	368	85	3	952	23	29	27	20	1.98
15304260--15304629	184	2.0	184	81	5	426	23	27	25	23	2.00
15306304--15306356	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
15306805--15306857	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
15307159--15307211	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
15308200--15308249	26	1.9	26	83	0	64	30	22	26	22	1.99
15309015--15309267	121	2.1	121	82	0	308	18	34	26	20	1.95
15309356--15309408	26	2.0	26	85	0	70	24	18	26	30	1.98
15309566--15310064	157	3.2	156	79	5	495	22	30	27	19	1.98
15310038--15310090	26	2.0	26	85	7	72	24	16	30	28	1.97
15311634--15311686	26	2.0	26	82	13	65	28	16	24	30	1.97
15311818--15311870	26	2.0	26	82	7	63	28	22	22	26	1.99
15311605--15311955	184	1.9	184	80	6	408	26	28	25	19	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15311659--15312608	343	2.8	342	82	2	1086	23	29	27	19	1.99
15313225--15313277	26	2.0	26	89	7	81	32	18	22	26	1.97
15313250--15313696	159	2.8	159	81	3	508	21	30	29	18	1.97
15313728--15313778	26	2.0	26	92	0	84	25	17	29	27	1.98
15315149--15315200	26	2.0	26	85	7	70	30	17	23	28	1.97
15313865--15315257	704	2.0	698	89	2	2155	28	22	21	27	1.99
15315173--15315921	159	4.7	158	73	5	544	25	28	26	19	1.99
15315326--15315910	317	1.8	318	82	1	751	26	28	26	18	1.98
15316335--15316383	26	1.9	26	95	4	91	30	22	22	24	1.99
15316175--15316541	184	2.0	184	87	2	522	22	31	27	18	1.97
15317545--15317597	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
15317950--15318000	26	1.9	27	88	4	77	23	19	31	25	1.98
15318314--15318369	26	2.2	26	87	6	78	25	17	26	30	1.97
15319821--15320107	159	1.8	158	81	5	355	24	29	25	20	1.99
15319827--15320226	159	2.5	158	77	5	351	23	28	26	21	1.99
15320207--15320259	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
15320841--15320893	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
15320986--15321013	12	2.3	12	100	0	56	7	39	28	25	1.82
15321721--15321773	26	2.0	26	92	0	88	22	20	26	30	1.98
15321405--15322700	343	3.9	338	79	8	1328	22	30	27	19	1.98
15321746--15322407	159	4.2	158	76	6	581	22	30	28	19	1.98
15321747--15322407	317	2.1	317	85	2	871	22	30	28	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15322383--15322433	26	2.0	26	88	0	75	23	17	29	29	1.97
15321246--15322700	660	2.2	657	83	3	1778	22	29	27	19	1.98
15322736--15322788	26	2.0	26	82	7	63	26	16	24	32	1.97
15323539--15323591	26	2.0	26	85	7	72	24	20	30	24	1.99
15323577--15323889	170	1.8	170	84	2	423	22	30	27	19	1.98
15323906--15323958	26	2.0	26	89	7	81	30	18	24	26	1.98
15325112--15325163	26	2.0	26	88	7	79	32	19	21	26	1.97
15326187--15326751	159	3.6	157	76	5	557	23	28	26	20	1.99
15330027--15330079	26	2.0	26	89	7	81	26	22	26	24	2.00
15331009--15331061	26	2.0	26	88	0	79	24	18	30	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402