genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.399.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  399  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36035769--36036724	355	2.7	358	83	5	1144	24	28	26	20	1.99
36036650--36036702	26	2.0	26	85	7	72	26	18	26	28	1.98
36036504--36036852	184	1.9	183	80	9	406	25	29	24	20	1.99
36037524--36037596	26	2.8	26	82	0	101	31	21	19	27	1.97
36038039--36038091	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
36039277--36039330	26	2.1	26	85	0	72	29	20	24	25	1.99
36039643--36039695	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
36040184--36040233	26	1.9	26	92	8	84	28	16	26	30	1.96
36040563--36040615	26	2.0	26	85	7	72	32	20	18	28	1.97
36041823--36042261	159	2.8	160	75	6	392	25	28	27	19	1.99
36042299--36042351	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
36042679--36042731	26	2.0	26	89	7	81	32	16	22	28	1.96
36043318--36043370	26	2.0	26	85	7	72	24	16	30	28	1.97
36044064--36044563	159	3.2	158	75	6	449	23	29	26	20	1.99
36044540--36044589	26	1.9	26	84	8	66	30	16	28	26	1.96
36044728--36044780	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
36045359--36045384	11	2.4	11	100	0	52	15	42	23	19	1.89
36045486--36045916	159	2.7	158	76	6	442	23	31	27	17	1.97
36045961--36046013	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
36046307--36046359	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
36045649--36047128	355	4.3	353	81	5	1535	23	29	27	19	1.98
36046662--36046714	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36046633--36047128	171	2.9	173	74	10	483	24	29	27	18	1.98
36047727--36047779	26	2.0	26	89	7	81	26	22	24	26	2.00
36048227--36048279	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
36048570--36048622	26	2.0	26	92	7	90	24	20	30	24	1.99
36048201--36048693	171	2.9	172	74	10	484	23	29	28	17	1.97
36049316--36049816	158	3.2	158	72	6	413	23	28	26	21	1.99
36049790--36049842	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
36054277--36054328	26	2.0	26	92	7	88	30	19	19	30	1.96
36054304--36054726	159	2.7	158	80	3	474	22	29	28	19	1.98
36057078--36057130	26	2.0	26	85	7	72	30	18	24	26	1.98
36057578--36057630	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
36057786--36058695	159	5.7	157	78	4	790	22	30	28	18	1.97
36058162--36058756	317	1.9	318	83	2	784	22	31	27	18	1.97
36058738--36058790	26	2.0	26	88	0	79	30	20	22	26	1.98
36059237--36059288	26	2.0	26	88	0	77	28	19	25	26	1.98
36058380--36059397	500	2.0	501	82	4	1225	23	29	27	20	1.99
36059592--36059644	26	2.0	26	92	0	88	26	20	24	28	1.99
36060179--36060209	11	2.8	11	95	0	53	19	32	29	19	1.96
36060778--36060830	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
36060596--36061300	355	2.0	353	80	7	811	24	28	25	21	1.99
36062866--36063179	154	2.0	154	98	0	610	26	23	28	21	1.99
36068383--36068767	158	2.4	159	78	6	406	23	29	28	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36068857--36068909	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
36069706--36070175	196	2.5	189	79	8	512	25	26	27	21	1.99
36069823--36070217	196	2.0	195	81	4	456	24	27	25	23	2.00
36070085--36070584	158	3.2	157	74	5	384	24	28	26	21	1.99
36070558--36070610	26	2.0	26	88	0	79	26	15	28	30	1.96
36070399--36070964	196	3.0	186	77	9	567	23	26	27	21	1.99
36070780--36071244	158	2.9	158	77	6	375	24	29	27	19	1.98
36071254--36071306	26	2.0	26	85	0	70	26	20	24	28	1.99
36071425--36072064	159	4.0	157	76	7	567	22	30	26	20	1.98
36071534--36072124	317	1.9	317	83	2	785	22	30	26	20	1.98
36072098--36072150	26	2.0	26	92	0	88	24	20	26	28	1.99
36073859--36073911	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
36074565--36074614	26	1.9	26	92	8	84	30	20	26	24	1.98
36074930--36074982	26	2.0	26	88	0	79	24	13	30	32	1.93
36075652--36075704	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
36076152--36076204	26	2.0	26	85	7	72	28	22	24	24	2.00
36076325--36076696	159	2.3	160	79	5	367	22	29	28	19	1.98
36076670--36076722	26	2.0	26	96	0	97	24	20	26	28	1.99
36077665--36077694	12	2.5	12	94	0	51	30	20	36	13	1.90
36078370--36078422	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
36078558--36078784	120	1.9	120	83	0	292	29	26	25	18	1.98
36078858--36078910	26	2.0	26	92	7	90	24	18	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36079212--36079264	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
36080349--36080401	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
36080539--36080610	21	3.4	21	92	0	117	18	23	44	13	1.85
36086788--36086840	26	2.0	26	89	7	81	32	16	22	28	1.96
36086814--36087365	159	3.5	156	76	6	531	24	29	26	18	1.98
36087812--36087864	26	2.0	26	85	7	72	32	20	18	28	1.97
36088149--36088828	355	1.9	356	83	3	870	23	29	26	20	1.98
36088669--36088721	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
36088149--36088912	355	2.2	353	80	6	817	24	29	26	19	1.98
36088704--36088996	159	1.8	159	78	2	329	25	31	24	18	1.97
36087654--36089469	857	2.1	854	82	3	2127	24	29	26	19	1.99
36089329--36089625	159	1.9	159	81	0	360	26	29	24	19	1.98
36089372--36090354	159	6.1	158	74	8	645	23	29	26	20	1.99
36089336--36090128	317	2.5	314	77	7	742	23	30	26	19	1.98
36090328--36090380	26	2.0	26	85	0	70	30	20	22	26	1.98
36090626--36093039	317	7.5	315	74	9	1055	23	29	26	20	1.99
36090626--36092950	158	14.5	157	71	9	1130	23	29	26	20	1.99
36091613--36093023	475	3.0	474	78	6	1216	23	29	26	19	1.98
36093063--36093116	26	2.1	26	85	0	72	29	18	24	27	1.98
36093694--36093726	11	3.0	11	83	16	50	18	36	27	18	1.94
36093796--36093848	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
36093831--36094319	158	3.1	158	78	6	562	22	31	27	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36094296--36094345	26	2.0	26	88	4	75	26	14	30	30	1.94
36094503--36094967	184	2.4	190	79	6	532	25	27	26	20	1.99
36094858--36094910	26	2.0	26	86	13	74	28	16	24	30	1.97
36096188--36096240	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
36103358--36103699	157	2.2	157	79	4	384	22	29	26	21	1.99
36103869--36103921	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
36103641--36104022	196	1.9	196	89	3	590	23	31	24	20	1.98
36103895--36104395	159	3.2	158	76	6	507	21	31	27	18	1.97
36104369--36104421	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
36104970--36105025	26	2.2	26	96	0	103	25	19	26	28	1.99
36104812--36105180	184	2.0	183	80	3	420	24	28	26	20	1.99
36104996--36105333	159	2.1	158	80	3	367	23	28	28	19	1.98
36106030--36106082	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
36106055--36106717	159	4.2	160	79	4	608	24	29	26	20	1.99
36106545--36106900	183	1.9	184	81	3	432	22	28	26	22	1.99
36107191--36107243	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
36107692--36107744	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
36106374--36108206	500	3.7	498	84	2	2100	23	28	26	20	1.99
36109782--36109832	26	2.0	26	84	7	68	31	11	25	31	1.92
36109808--36110252	159	2.8	157	77	4	428	23	29	27	19	1.98
36110282--36110334	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
36110684--36111770	159	6.9	158	74	6	704	24	29	26	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36110683--36111283	317	1.9	317	79	5	669	23	28	27	19	1.98
36111001--36111682	317	2.2	317	80	4	732	25	29	25	19	1.99
36110684--36111769	476	2.3	474	79	5	1143	24	29	26	19	1.98
36111150--36111774	317	2.0	315	82	5	778	24	30	25	19	1.98
36112841--36112893	26	2.0	26	89	7	81	28	22	24	24	2.00
36114429--36114929	158	3.2	158	72	9	421	23	28	28	19	1.98
36114905--36114955	26	2.0	26	88	0	75	29	13	27	29	1.94
36115265--36115315	26	2.0	26	92	0	84	27	15	27	29	1.96
36115966--36116018	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
36117684--36117734	26	2.0	26	88	0	75	25	15	27	31	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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