genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  84  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12454950--12455005	26	2.2	26	96	0	103	30	28	17	23	1.97
12454719--12455092	197	1.9	197	82	1	462	22	26	26	25	2.00
12455296--12455348	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
12456688--12456740	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
12456714--12457056	157	2.2	158	81	6	394	18	26	30	24	1.98
12457028--12457080	26	2.0	26	85	7	72	26	26	18	28	1.98
12457741--12457819	26	3.0	26	81	0	104	31	20	17	30	1.96
12458465--12458517	26	2.0	26	92	0	88	28	28	20	22	1.99
12459328--12459383	26	2.2	26	90	6	87	30	23	19	26	1.98
12459882--12459934	26	2.0	26	85	7	72	28	20	20	30	1.98
12460605--12460657	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
12460672--12461132	159	2.9	157	78	7	459	19	27	30	22	1.98
12461300--12461352	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
12462347--12462399	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
12463473--12463523	25	2.0	25	84	0	66	19	33	19	27	1.96
12463157--12463782	342	1.8	341	84	3	855	20	27	29	22	1.98
12463498--12464060	159	3.5	159	75	7	396	19	26	28	24	1.99
12464032--12464084	26	2.0	26	89	7	81	28	20	20	30	1.98
12464381--12464431	26	2.0	26	92	0	84	27	25	19	27	1.99
12464665--12465065	158	2.5	157	81	3	457	19	26	27	26	1.99
12465799--12466086	159	1.8	158	82	6	377	19	28	29	23	1.98
12466216--12466268	26	2.0	26	85	0	70	24	24	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12467140--12467192	26	2.0	26	86	13	74	28	24	15	32	1.95
12467815--12468723	158	5.7	159	77	6	737	18	28	30	22	1.97
12467757--12468722	159	6.0	160	78	5	934	19	27	30	22	1.98
12467757--12468551	317	2.5	316	89	2	1182	18	27	30	22	1.98
12469088--12469749	159	4.2	155	78	6	515	19	26	29	24	1.98
12469121--12469740	317	2.0	316	80	4	712	18	26	30	24	1.98
12470490--12470965	158	3.0	157	78	6	519	19	28	31	21	1.97
12470929--12471021	26	3.6	26	77	2	80	27	23	23	24	2.00
12471044--12471510	158	2.9	159	76	8	459	19	27	29	23	1.98
12470427--12471530	553	2.0	553	84	3	1461	20	27	29	22	1.99
12471044--12471510	159	2.9	157	75	8	444	19	27	29	23	1.98
12471482--12471534	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
12472286--12472730	159	2.8	158	78	5	468	18	28	30	22	1.97
12473071--12473122	25	2.0	26	85	3	70	26	26	21	25	1.99
12473414--12473466	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
12474648--12474700	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
12475041--12475543	158	3.2	158	75	8	389	20	27	29	23	1.99
12475514--12475566	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
12476465--12476504	19	2.1	19	90	0	62	27	32	37	2	1.70
12476534--12476586	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
12482984--12483036	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
12483193--12483245	26	2.0	26	89	7	81	26	26	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12484272--12484321	26	2.0	26	88	11	77	34	26	14	26	1.94
12485050--12485102	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
12486433--12486483	26	2.0	26	92	7	86	31	23	17	27	1.97
12486627--12486679	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
12487331--12487380	26	1.9	26	95	0	91	26	32	16	26	1.96
12487357--12487859	159	3.2	159	76	5	410	19	26	29	24	1.98
12487864--12488248	172	2.2	170	76	9	388	22	27	27	22	1.99
12488822--12488878	26	2.2	26	83	0	69	59	10	5	24	1.51
12489080--12489132	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
12489581--12489633	26	2.0	26	85	7	72	28	20	22	28	1.99
12489963--12490013	26	2.0	26	96	0	93	33	29	11	25	1.91
12490112--12490492	159	2.4	160	77	4	394	19	25	29	25	1.99
12490464--12490516	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
12491701--12492533	320	2.6	316	83	7	899	21	26	29	22	1.99
12492506--12492558	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
12493052--12493414	158	2.3	159	79	5	394	20	25	27	25	1.99
12499998--12500054	26	2.1	27	83	6	80	33	21	15	29	1.94
12500471--12500523	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
12501197--12501249	26	2.0	26	85	7	72	28	26	16	28	1.97
12501919--12501971	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
12502103--12502155	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
12502493--12502988	158	3.1	157	75	7	475	19	27	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12502962--12503014	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
12503338--12503390	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
12503364--12503726	158	2.3	157	77	6	358	20	26	29	22	1.99
12503838--12503890	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
12504205--12504257	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
12501945--12505967	867	4.6	865	80	4	3833	20	26	29	23	1.99
12504232--12504638	158	2.6	156	74	9	385	20	26	30	22	1.98
12504704--12504756	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
12505085--12505137	26	2.0	26	88	0	79	33	26	15	24	1.95
12505111--12505612	158	3.2	156	72	6	456	18	26	29	24	1.98
12505771--12506125	158	2.2	158	79	4	374	19	27	29	23	1.98
12506102--12506151	26	1.9	26	92	8	84	26	22	20	32	1.98
12506819--12506872	26	2.1	26	93	6	92	24	25	22	27	2.00
12506905--12507190	158	1.8	157	84	3	396	17	29	29	23	1.97
12506791--12507888	343	3.2	341	78	6	1107	20	27	28	23	1.99
12508745--12509220	158	3.0	156	76	6	442	18	27	30	23	1.98
12508779--12509231	159	2.9	160	78	6	433	19	27	29	23	1.98
12509045--12509471	184	2.3	184	82	4	513	21	24	28	25	1.99
12509754--12509806	26	2.0	26	88	0	79	28	28	20	22	1.99
12510057--12510082	13	2.0	13	100	0	52	7	46	23	23	1.78
12510793--12510845	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
12510883--12511317	153	2.8	156	73	8	402	19	25	30	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12511289--12511341	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
12511684--12511736	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
12512908--12512960	26	2.0	26	89	7	81	28	24	16	30	1.97
12513275--12513327	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
12513301--12513801	158	3.2	158	78	6	566	18	25	31	24	1.97
12513775--12513826	26	2.0	25	92	3	86	28	23	19	28	1.98
12513983--12514035	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
12514668--12514717	26	1.9	26	92	8	84	24	24	20	32	1.98
12515254--12515306	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
12516507--12516558	26	2.0	26	84	0	68	30	26	15	26	1.96
12517009--12517060	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
12517387--12517439	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
12517583--12517635	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
12522014--12522066	26	2.0	26	82	7	63	33	20	16	28	1.95
12522356--12522408	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
12521984--12522718	342	2.1	342	83	1	891	20	27	28	23	1.99
12523154--12523203	26	1.9	26	95	0	91	24	28	20	28	1.99
12523492--12523544	26	2.0	26	92	0	88	26	28	18	26	1.98
12523460--12524196	342	2.1	343	83	2	926	19	27	28	24	1.99
12524005--12524362	158	2.3	158	76	6	364	20	27	28	24	1.99
12524335--12524387	26	2.0	26	89	7	81	28	20	20	30	1.98
12525058--12525110	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12525242--12526615	343	4.0	341	80	5	1218	20	27	29	22	1.99
12525903--12525955	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
12526074--12526774	159	4.3	159	70	12	457	19	27	29	22	1.98
12526246--12526298	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
12526747--12526799	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
12526983--12527018	12	2.9	12	91	4	54	13	30	16	38	1.88
12527492--12527544	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
12527518--12528003	159	3.1	159	73	11	373	19	26	30	23	1.98
12528211--12528260	26	1.9	26	88	8	75	24	24	20	32	1.98
12528966--12529459	158	3.1	156	77	5	501	17	26	31	24	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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