genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.311.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29141301--29141782	158	3.1	157	76	5	490	22	30	28	18	1.97
29141297--29141752	157	2.9	156	77	4	463	22	31	28	18	1.97
29141764--29141816	26	2.0	26	85	0	70	22	16	30	30	1.96
29142485--29142535	26	2.0	26	92	7	86	31	19	21	27	1.97
29143259--29144623	459	3.0	460	96	0	2507	28	20	19	32	1.97
29144659--29144691	11	3.0	11	83	16	50	18	36	27	18	1.94
29146015--29146462	157	2.9	158	80	4	417	23	32	27	16	1.96
29146476--29146528	26	2.0	26	86	13	74	30	16	22	30	1.96
29147222--29147817	316	1.9	316	79	5	686	22	30	29	18	1.97
29147223--29147880	157	4.2	156	77	6	592	21	30	28	19	1.98
29147854--29147906	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
29148222--29148271	26	1.9	26	84	8	66	30	14	26	30	1.94
29147668--29148409	367	2.1	354	80	5	826	22	29	26	20	1.99
29148050--29148541	196	2.5	196	85	0	651	25	28	26	19	1.99
29148918--29148971	26	2.0	26	85	3	72	25	16	27	29	1.97
29155344--29155679	157	2.1	157	81	2	388	24	30	26	18	1.98
29155935--29156900	498	1.9	506	82	4	1209	22	29	26	21	1.99
29156874--29156926	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
29159432--29159483	25	2.0	26	85	3	70	28	19	23	28	1.98
29160153--29160599	158	2.8	158	77	4	427	24	30	27	18	1.98
29160629--29160680	26	2.0	26	88	0	77	25	15	28	30	1.96
29167445--29167497	26	2.0	26	85	7	72	33	18	22	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29167944--29167996	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
29168639--29168688	26	1.9	26	95	0	91	26	20	22	32	1.98
29169717--29169769	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
29170345--29170397	26	2.0	26	89	7	81	26	18	28	26	1.98
29170486--29170993	159	3.2	158	77	9	525	21	29	28	20	1.98
29171371--29171422	25	2.0	26	96	3	97	25	21	26	26	1.99
29170688--29172085	354	4.0	348	79	9	1272	23	29	26	20	1.98
29171725--29171777	26	2.0	26	82	7	63	33	22	18	24	1.97
29171751--29172567	159	5.2	158	77	5	708	24	30	26	18	1.98
29171751--29172308	158	3.5	157	81	4	597	25	29	26	18	1.98
29171753--29172461	317	2.2	316	80	5	781	24	30	26	17	1.97
29171895--29172567	317	2.1	316	78	4	685	23	30	26	19	1.98
29173261--29173313	26	2.0	26	85	7	72	28	18	22	30	1.98
29174300--29174351	26	2.0	25	88	3	77	26	19	25	28	1.98
29174680--29174732	26	2.0	26	85	7	72	26	22	24	26	2.00
29174705--29175007	158	1.9	158	79	5	344	23	29	27	19	1.98
29175022--29175074	26	2.0	26	85	7	72	26	16	26	30	1.97
29173996--29175513	343	4.3	343	75	10	1112	23	29	26	20	1.98
29175365--29175417	26	2.0	26	85	0	70	30	20	24	24	1.99
29175706--29175758	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
29176581--29177240	158	4.2	158	76	5	474	23	30	26	19	1.98
29177581--29177633	26	2.0	26	92	0	88	28	22	24	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29184530--29184582	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
29184910--29184962	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
29185354--29185406	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
29185208--29185564	184	1.9	184	82	3	441	24	28	25	21	1.99
29185855--29185907	26	2.0	26	82	13	65	30	18	24	26	1.98
29185538--29186288	355	2.2	349	82	6	907	24	28	25	21	1.99
29186210--29186266	25	2.2	27	87	12	84	29	21	21	28	1.98
29186234--29186747	159	3.2	157	77	6	435	23	29	27	19	1.98
29188602--29188654	26	2.0	26	85	0	70	24	15	28	32	1.95
29189554--29189580	13	2.1	13	100	0	54	29	33	37	0	1.58
29189844--29189896	26	2.0	26	88	0	79	32	18	20	28	1.97
29190313--29190363	26	2.0	26	84	0	66	29	17	25	27	1.98
29191037--29191087	26	2.0	26	92	7	86	29	19	23	27	1.98
29191062--29191462	158	2.5	158	76	5	407	26	29	25	18	1.98
29192418--29192470	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
29192760--29192812	26	2.0	26	85	0	70	26	15	28	30	1.96
29192104--29192837	343	2.1	343	85	2	958	23	28	26	20	1.99
29193461--29193490	15	2.0	15	93	0	51	10	20	50	20	1.76
29193781--29194136	171	2.1	171	81	6	402	22	30	26	20	1.98
29194110--29194162	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
29194762--29194814	26	2.0	26	89	7	81	30	22	22	24	1.99
29195275--29195327	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29195300--29195898	158	3.6	158	74	11	450	23	30	28	17	1.97
29195971--29196023	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
29196006--29196425	158	2.7	158	77	5	366	24	29	27	18	1.98
29196470--29196522	26	2.0	26	88	0	79	22	20	28	28	1.99
29195209--29197649	696	3.5	689	79	7	2231	22	29	27	20	1.98
29197145--29197197	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
29197355--29197407	26	2.0	26	86	13	74	28	16	24	30	1.97
29200937--29200989	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
29200390--29202722	882	2.6	882	91	1	3579	19	27	29	23	1.98
29202305--29203198	158	5.6	162	76	7	705	17	29	30	22	1.97
29202298--29203199	317	2.8	316	79	4	847	17	29	30	22	1.97
29202298--29203197	475	1.9	476	84	3	1220	17	29	30	22	1.97
29203172--29203224	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
29202915--29203908	355	2.8	349	78	10	887	19	27	29	22	1.98
29203601--29204101	158	3.1	156	76	4	502	18	26	32	21	1.97
29204304--29204756	159	2.8	159	78	5	502	18	28	30	22	1.98
29203260--29204755	686	2.2	673	83	3	1874	19	27	30	22	1.98
29204728--29204780	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
29205542--29205977	158	2.8	157	78	4	448	19	27	28	24	1.99
29205825--29206299	170	2.8	172	79	6	495	20	28	29	21	1.98
29206273--29206325	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
29213364--29213410	25	1.9	24	82	4	58	36	17	10	36	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29213855--29213907	26	2.0	26	89	7	81	32	20	16	30	1.95
29214314--29214910	157	3.8	156	78	5	524	18	28	29	23	1.98
29215691--29216131	159	2.8	158	79	5	442	19	28	29	23	1.98
29216656--29216708	26	2.0	26	85	7	72	26	22	20	30	1.98
29218270--29218322	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
29218843--29219282	158	2.8	158	78	7	453	17	27	30	24	1.97
29219255--29219307	26	2.0	26	92	0	88	24	26	20	28	1.99
29220295--29220347	26	2.0	26	92	0	88	30	20	20	28	1.98
29221029--29221078	26	1.9	26	95	0	91	24	30	20	26	1.98
29221110--29221905	159	5.0	159	74	5	647	20	27	29	23	1.99
29221055--29221900	320	2.7	319	82	2	959	20	26	29	23	1.99
29227805--29227858	26	2.1	26	92	0	90	24	25	22	27	2.00
29227928--29228338	159	2.6	160	81	5	501	18	27	29	24	1.98
29228310--29228362	26	2.0	26	96	0	97	28	22	20	28	1.99
29228671--29228722	26	2.0	26	92	0	86	36	28	9	25	1.87
29228739--29229039	160	1.9	158	83	2	388	15	27	32	24	1.96
29229789--29230081	159	1.8	159	84	2	401	17	30	31	21	1.96
29230775--29230827	26	2.0	26	85	0	70	30	24	18	26	1.98
29230868--29231169	158	1.9	157	82	8	382	16	27	31	24	1.96
29231803--29231855	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
29232091--29232143	26	2.0	26	86	13	74	30	20	18	30	1.97
29233881--29233922	12	3.5	12	100	0	84	16	26	50	7	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29234637--29234689	26	2.0	26	88	0	79	32	26	15	26	1.95
29235137--29235189	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
29235086--29235728	354	1.8	355	83	3	866	20	26	29	23	1.99
29235518--29236017	158	3.2	158	78	3	549	18	26	31	24	1.97
29236117--29236152	11	3.3	11	84	0	54	13	25	36	25	1.93
29236115--29236158	22	2.0	22	95	0	79	13	25	36	25	1.92
29236738--29236790	26	2.0	26	92	0	88	32	28	18	20	1.97
29236839--29237017	87	2.0	88	80	3	200	15	30	29	24	1.95
29237072--29237112	21	2.0	21	90	0	64	31	24	39	4	1.76
29237348--29237399	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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