genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  3  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
183980--184321	42	8.0	42	83	5	386	43	19	13	24	1.86
183994--184321	85	3.8	84	85	7	396	43	19	13	24	1.86
185311--185374	27	2.5	26	77	7	76	10	14	0	75	1.06
185342--185389	10	4.7	10	89	5	78	10	6	0	83	0.81
185335--185394	11	5.5	11	84	9	79	10	10	1	78	1.04
185326--185386	17	3.8	16	76	22	65	9	9	0	80	0.91
185341--185394	21	2.5	21	93	3	90	11	7	1	79	1.00
185385--185426	19	2.2	19	83	12	50	26	14	11	47	1.78
194755--194785	15	2.1	15	93	0	53	45	6	29	19	1.75
198102--198174	6	12.7	6	85	7	82	76	1	4	17	1.01
198102--198174	17	4.2	16	77	19	76	76	1	4	17	1.01
198200--198237	3	12.7	3	88	0	58	68	5	0	26	1.11
198099--198237	6	23.3	6	77	13	65	69	5	2	23	1.20
198111--198250	12	10.6	13	76	14	78	70	4	2	22	1.15
199090--199270	42	4.2	43	77	12	140	63	1	4	29	1.25
199141--199349	4	54.5	4	70	17	85	65	1	3	29	1.20
199134--199341	14	14.4	14	71	18	135	63	1	3	30	1.21
199453--199738	153	1.9	152	84	5	389	43	8	7	40	1.64
199600--200400	181	4.5	179	76	5	672	40	10	8	40	1.69
200445--201571	180	6.3	181	78	7	947	41	9	7	41	1.66
201690--202201	180	2.9	178	81	2	537	42	9	7	40	1.64
201676--202361	180	3.8	178	77	4	535	41	9	8	40	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202368--203078	179	3.9	179	81	6	771	40	7	10	41	1.67
204474--206243	180	9.9	180	78	5	1555	39	8	10	42	1.69
204473--206245	359	5.0	359	76	7	1558	39	8	10	42	1.69
206282--206314	18	1.9	17	88	11	50	42	6	3	48	1.43
206645--207944	181	7.2	181	76	7	986	42	9	7	40	1.65
208060--208093	13	2.6	14	86	13	54	14	0	0	85	0.60
208088--208220	25	5.4	24	67	23	64	31	3	0	64	1.14
208081--208221	53	2.6	55	79	13	168	30	2	0	65	1.11
208101--208220	49	2.4	49	83	5	136	31	3	0	65	1.09
208062--208219	6	25.8	6	69	17	69	29	2	0	67	1.08
208938--208999	25	2.5	25	82	10	74	20	1	4	72	1.12
208953--208999	13	3.7	13	77	2	51	23	0	4	72	1.02
209682--209706	10	2.5	10	100	0	50	68	0	0	32	0.90
217180--217583	42	9.5	42	82	8	392	23	13	21	41	1.89
217180--217651	84	5.6	83	82	8	409	22	14	22	40	1.90
217185--217653	42	11.0	43	81	10	360	22	14	21	41	1.89
217378--217654	44	6.5	43	82	6	271	23	14	21	40	1.90
217920--218018	45	2.2	45	84	10	123	24	1	2	72	1.01
217915--217986	6	11.5	6	77	16	58	22	0	1	76	0.86
217918--218056	21	6.6	20	70	19	79	27	1	1	69	1.05
217935--218062	8	17.7	7	68	23	54	29	1	0	67	1.05
217939--218065	6	20.8	6	70	13	55	29	1	0	67	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219556--219580	10	2.5	10	100	0	50	68	0	0	32	0.90
220080--220193	57	2.0	57	84	0	147	48	12	7	32	1.67
220186--220990	179	4.5	177	78	9	679	39	10	8	40	1.70
220186--220845	360	1.8	360	81	7	838	40	10	8	41	1.69
220167--220990	181	4.6	177	78	8	740	40	10	8	40	1.70
221034--223794	181	15.4	178	73	10	1011	40	9	8	41	1.69
221582--223842	181	12.5	178	76	8	1537	40	9	9	41	1.69
221016--231138	362	28.1	359	69	13	2307	41	10	8	39	1.69
221016--234799	540	25.6	535	71	12	4750	41	10	8	40	1.69
223841--224880	182	5.8	181	76	7	866	42	11	8	37	1.71
223020--224629	873	1.8	878	81	4	1991	40	10	8	40	1.70
223921--224847	361	2.6	361	79	7	911	42	11	8	37	1.71
224816--224946	67	2.0	67	95	0	235	36	16	5	41	1.72
224896--228032	181	17.6	180	75	7	2109	41	11	8	39	1.70
224925--228038	360	8.7	360	74	9	1877	41	10	8	39	1.70
224925--234799	537	18.4	537	71	12	2415	41	10	8	39	1.69
225217--231098	542	10.9	531	73	12	1632	41	10	8	39	1.69
228591--231125	181	14.1	178	74	10	1528	41	9	7	40	1.67
229600--229993	191	2.0	193	81	6	458	41	8	7	41	1.64
230071--231120	538	1.9	540	81	5	1257	42	10	7	39	1.68
231277--233430	182	12.0	178	73	10	880	41	9	8	39	1.69
231279--234799	181	19.5	179	71	11	1690	41	9	8	40	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233409--233457	18	2.8	17	81	6	55	38	12	6	42	1.67
233434--234800	358	3.8	350	76	9	1097	41	9	8	41	1.68
234802--237425	181	14.6	180	77	7	1997	40	8	9	41	1.67
234802--240270	361	15.2	357	72	12	2855	40	8	9	41	1.68
237756--240270	181	13.7	178	69	14	749	41	8	9	41	1.67
238357--238453	47	2.1	47	96	0	176	26	13	5	54	1.59
238177--238604	229	1.9	227	82	7	537	38	9	9	43	1.69
238426--240270	181	10.2	181	75	7	1341	41	8	9	41	1.66
238432--240208	535	3.3	536	79	7	1597	41	8	9	41	1.67
241975--245163	181	17.9	180	73	10	1846	39	8	10	41	1.70
241975--250855	706	12.6	694	71	14	2503	40	7	10	41	1.68
243865--245162	180	7.2	181	74	9	901	37	8	11	42	1.71
243865--245139	182	7.1	181	74	10	842	38	8	11	42	1.71
245096--245360	133	2.0	129	79	7	275	39	8	9	42	1.68
245246--248073	181	15.9	180	71	10	1279	40	7	9	42	1.67
245223--246483	180	7.0	180	78	6	1104	41	7	8	42	1.65
246350--246650	153	2.0	153	78	9	319	41	7	8	41	1.65
247520--247561	18	2.4	17	84	11	50	45	4	9	40	1.58
246676--247901	358	3.4	350	76	9	815	39	7	10	42	1.68
247397--248073	183	3.7	182	76	8	408	39	8	9	42	1.69
248059--251021	181	16.7	180	75	9	2190	40	7	9	41	1.67
248059--251021	532	5.6	534	76	9	2230	40	7	9	41	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
250567--250887	169	1.9	168	86	1	455	40	5	11	42	1.64
252043--252411	182	2.0	180	80	5	404	39	8	8	43	1.66
252716--252771	18	3.2	18	73	14	55	48	7	7	37	1.58
252420--252894	181	2.6	179	80	5	494	40	6	9	43	1.63
253000--253458	182	2.5	180	81	7	509	41	10	6	41	1.67
253311--253581	146	1.9	144	83	4	357	37	14	8	40	1.76
253157--253784	326	1.9	329	80	6	729	39	11	7	40	1.70
253453--266649	362	36.4	359	70	12	4907	41	10	8	40	1.68
253454--265702	181	67.3	181	70	11	3731	41	10	8	40	1.68
253454--258125	715	6.5	703	75	8	2671	42	10	7	39	1.68
257959--258372	225	1.8	225	83	7	554	40	10	7	41	1.68
258429--258628	94	2.1	95	79	3	215	48	9	8	34	1.65
258526--265702	181	39.7	180	74	9	4358	41	9	8	40	1.68
260348--260399	14	3.5	14	70	14	50	53	5	1	38	1.36
260343--260399	17	3.5	17	69	13	57	54	5	1	38	1.33
260339--260401	31	2.0	31	100	0	126	50	6	3	39	1.44
261254--261278	10	2.5	10	100	0	50	20	0	8	72	1.10
262464--262496	17	2.0	17	88	5	50	39	12	0	48	1.40
263697--264022	169	1.9	171	81	2	388	39	10	8	41	1.70
264959--265013	18	3.1	19	77	17	64	38	10	5	45	1.63
264959--265006	17	2.8	17	81	12	53	39	10	4	45	1.58
265832--266160	182	1.8	181	81	3	410	40	11	8	39	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
265712--266654	181	5.3	177	74	7	594	39	11	9	40	1.73
266534--266775	120	2.0	118	86	4	335	33	10	8	47	1.69
266652--268731	180	11.6	180	77	6	1752	40	10	8	40	1.69
268280--268617	171	2.0	171	81	2	401	39	11	8	40	1.72
269088--270051	176	5.4	175	78	8	858	38	7	10	43	1.69
269575--269607	18	1.9	17	88	11	50	48	12	6	33	1.65
270696--270750	18	2.9	18	80	15	67	20	0	7	72	1.07
271423--271477	27	2.0	27	92	0	92	43	16	5	34	1.71
274628--274658	9	3.6	9	91	8	55	80	0	9	9	0.90
274628--274657	8	3.6	8	95	4	51	80	0	10	10	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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