genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.358.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  358  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32740941--32741433	158	3.1	159	79	4	557	19	27	29	23	1.98
32741795--32741847	26	2.0	26	82	7	63	32	24	18	24	1.97
32741939--32742295	159	2.2	159	79	2	387	21	26	29	23	1.99
32742285--32742337	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
32742996--32743047	26	2.0	26	85	7	70	32	25	17	25	1.97
32743339--32743392	27	2.0	26	86	10	74	29	25	18	25	1.98
32742971--32743700	344	2.1	344	83	2	903	19	25	29	25	1.99
32743366--32743867	158	3.2	157	77	6	528	19	26	29	24	1.98
32743410--32744017	159	3.8	158	76	5	555	17	26	30	24	1.97
32743366--32744516	317	3.5	316	77	8	1108	19	27	29	23	1.98
32743070--32744516	661	2.2	661	83	2	1812	19	27	29	23	1.98
32743684--32744370	344	2.0	343	83	2	878	20	27	28	22	1.98
32744027--32744526	158	3.2	158	78	2	495	20	28	29	22	1.98
32744499--32744552	26	2.1	26	92	0	90	24	25	22	27	2.00
32745028--32746336	368	3.6	364	80	4	1290	20	25	28	25	1.99
32746091--32746143	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
32746363--32746642	141	2.0	141	80	2	321	20	26	25	27	1.99
32746734--32746785	26	2.0	26	85	7	70	28	23	17	30	1.97
32747540--32748135	159	3.9	155	76	8	518	18	29	28	23	1.98
32747847--32748285	159	2.7	165	81	5	500	17	28	30	23	1.97
32755650--32755702	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
32755845--32755897	26	2.0	26	85	7	72	24	26	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32755582--32756438	184	4.7	184	74	7	724	19	26	29	24	1.99
32756199--32756250	26	2.0	26	88	0	77	32	26	13	26	1.94
32757459--32757511	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
32757643--32757695	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
32757446--32757853	184	2.2	184	82	4	457	21	25	28	25	1.99
32757809--32758169	158	2.3	158	78	6	381	19	25	30	24	1.98
32757992--32758352	183	2.0	184	87	1	528	21	26	28	24	1.99
32757876--32758719	367	2.4	351	79	9	810	20	26	29	23	1.99
32759009--32759061	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
32759654--32760188	158	3.4	158	76	6	429	20	27	28	23	1.99
32759112--32763533	841	5.3	837	75	10	3491	20	26	28	24	1.99
32760164--32760213	26	1.9	26	92	8	84	26	24	20	30	1.98
32760613--32761061	157	2.8	157	74	6	354	20	25	26	27	1.99
32761355--32761752	158	2.5	157	76	7	401	21	26	30	21	1.98
32761824--32761876	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
32762262--32762948	159	4.3	158	74	7	461	19	24	29	26	1.99
32762989--32763040	26	2.0	26	88	0	77	30	26	13	28	1.94
32763085--32763375	156	1.9	159	81	7	362	18	28	29	22	1.97
32762731--32763352	338	1.8	338	82	4	788	20	27	28	24	1.99
32763014--32763407	156	2.5	156	72	13	358	21	27	30	21	1.98
32763479--32763531	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
32764208--32764257	26	1.9	26	88	8	75	28	26	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32765412--32766414	502	2.0	499	83	4	1241	20	26	29	23	1.99
32765975--32766563	159	3.7	159	76	5	539	18	26	31	23	1.98
32766704--32766756	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
32767436--32767488	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
32768522--32768864	158	2.2	158	81	3	386	20	25	29	24	1.99
32768838--32768890	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
32769715--32770143	159	2.7	156	76	7	425	20	27	27	24	1.99
32769423--32770278	158	5.4	157	74	8	504	20	26	28	24	1.99
32770252--32770304	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
32770619--32770671	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
32770645--32771043	159	2.5	158	75	8	358	21	27	29	21	1.98
32771122--32771174	26	2.0	26	81	0	61	22	26	18	32	1.97
32771598--32771654	25	2.2	26	81	6	62	57	8	8	24	1.57
32771854--32771906	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
32773237--32773289	26	2.0	26	85	0	70	28	22	22	26	1.99
32772795--32773483	355	1.9	361	81	5	829	20	27	28	23	1.99
32773263--32773764	158	3.2	158	72	3	463	21	28	28	22	1.99
32774299--32774349	26	2.0	26	100	0	102	27	33	15	23	1.95
32773581--32774508	377	2.5	365	75	7	898	21	26	28	23	1.99
32774852--32774904	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
32775216--32775266	26	2.0	26	96	0	93	23	29	19	27	1.98
32776156--32776206	26	2.0	26	84	7	68	29	21	17	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32776876--32776928	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
32777376--32777428	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
32777573--32777625	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
32778073--32778125	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
32776863--32778297	697	2.1	697	93	0	2471	21	26	28	23	1.99
32778455--32778505	26	2.0	26	92	0	84	31	29	13	25	1.94
32779005--32779029	11	2.3	11	100	0	50	68	0	0	32	0.90
32780759--32780811	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
32781455--32781507	26	2.0	26	89	7	81	26	24	18	30	1.98
32782258--32782707	159	2.8	157	74	6	424	26	28	25	19	1.99
32783101--32783153	26	2.0	26	85	0	70	24	16	26	32	1.97
32783818--32783868	26	2.0	26	85	11	70	35	19	19	25	1.95
32784323--32784375	26	2.0	26	85	7	72	26	18	28	26	1.98
32786099--32786151	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
32786599--32786649	26	2.0	26	84	0	66	27	17	25	29	1.98
32787652--32787702	26	2.0	26	88	0	75	25	11	29	33	1.91
32788698--32788994	159	1.9	159	86	0	423	23	28	28	19	1.98
32789040--32789092	26	2.0	26	88	0	79	24	13	28	33	1.93
32790025--32790077	26	2.0	26	88	0	79	26	16	28	28	1.97
32790052--32790346	159	1.9	159	82	2	378	22	30	29	17	1.97
32790050--32790380	159	2.1	158	79	5	353	22	29	29	18	1.97
32790675--32790707	15	2.1	17	88	11	52	24	0	12	63	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32792774--32792826	26	2.0	26	82	13	65	32	18	24	24	1.97
32799088--32799140	26	2.0	26	88	0	79	26	15	28	30	1.96
32800484--32801015	159	3.4	155	77	9	516	24	29	27	18	1.98
32801852--32801904	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
32802352--32802404	26	2.0	26	85	0	70	24	18	28	28	1.98
32802720--32802772	26	2.0	26	88	0	79	32	20	22	24	1.98
32802561--32803128	197	3.0	184	80	7	645	23	28	26	20	1.99
32802917--32802967	26	2.0	26	92	7	86	29	19	23	27	1.98
32802943--32803442	159	3.2	157	76	5	461	24	27	27	20	1.99
32803419--32803469	26	2.0	26	88	7	77	27	13	27	31	1.94
32803967--32804496	159	3.4	155	73	7	449	24	30	25	19	1.98
32804603--32804653	26	2.0	26	84	7	68	25	17	29	27	1.98
32804956--32805008	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
32804437--32805082	355	1.8	355	86	0	952	24	28	27	19	1.99
32805864--32805916	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
32807532--32807584	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
32808045--32808095	26	2.0	26	96	0	93	25	19	27	27	1.99
32809147--32809196	26	1.9	26	88	8	75	30	16	24	30	1.96
32809645--32809697	26	2.0	26	89	7	81	30	18	24	26	1.98
32809486--32809955	184	2.6	183	80	2	480	25	27	26	20	1.99
32810588--32811031	158	2.8	158	84	2	496	23	29	27	19	1.98
32811380--32811676	159	1.9	159	84	1	407	24	30	27	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32811737--32811789	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
32818534--32818586	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
32821531--32821582	26	2.0	26	88	0	77	26	17	28	26	1.97
32822251--32822303	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
32823060--32823112	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
32822900--32823327	185	2.2	192	82	7	509	26	28	24	21	1.99
32822493--32823162	368	1.8	368	82	4	877	24	28	26	20	1.99
32823718--32823770	26	2.1	26	96	3	99	22	16	26	33	1.96
32823857--32824205	159	2.2	159	82	3	434	21	31	27	19	1.97
32825295--32825347	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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