genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.188.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  188  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20164292--20164797	159	3.2	157	77	8	540	21	26	29	22	1.99
20164768--20164823	26	2.2	26	87	6	78	30	19	21	28	1.98
20163340--20165349	858	2.4	845	82	5	2454	20	27	28	23	1.99
20165331--20165383	21	2.5	21	96	0	97	20	16	43	18	1.88
20165489--20165541	26	2.0	26	88	0	79	28	30	16	24	1.97
20167069--20167124	26	2.2	26	86	0	76	26	26	21	25	1.99
20173387--20173442	26	2.2	26	87	6	78	30	23	19	26	1.98
20173420--20173807	159	2.4	158	75	7	392	20	26	30	22	1.98
20174260--20174312	26	2.0	26	82	13	65	32	20	18	28	1.97
20174456--20174505	26	1.9	26	91	0	82	26	30	18	26	1.98
20174829--20175371	157	3.4	157	76	3	516	20	26	30	22	1.98
20175661--20175709	26	1.9	26	95	4	91	26	26	20	26	1.99
20176159--20176211	26	2.0	26	82	7	63	32	22	16	28	1.96
20176355--20176407	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
20176677--20176729	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
20178487--20178539	26	2.0	26	85	7	72	30	20	20	28	1.98
20178337--20178698	184	2.0	183	85	3	487	20	25	30	22	1.98
20178987--20179039	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
20179343--20179395	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
20179685--20179737	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
20180210--20180262	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
20180328--20180380	26	2.2	23	71	25	54	11	41	20	26	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20180331--20180385	27	2.1	27	89	3	85	10	40	21	27	1.87
20181123--20181535	159	2.6	156	74	10	381	22	27	30	20	1.98
20181604--20181653	26	1.9	26	88	8	75	24	26	20	30	1.98
20181981--20182033	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
20182695--20182747	26	2.0	26	88	0	79	28	30	16	24	1.97
20183004--20183056	26	2.0	26	86	13	74	30	24	16	28	1.97
20183384--20183436	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
20183479--20183910	159	2.7	157	79	7	412	19	25	29	25	1.99
20183884--20183936	26	2.0	26	85	7	72	26	24	18	30	1.98
20182934--20184838	881	2.2	881	82	3	2289	20	26	28	24	1.99
20184265--20184317	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
20184766--20184818	26	2.0	26	85	7	72	26	24	16	32	1.97
20184973--20185025	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
20185316--20185368	26	2.0	26	86	13	74	30	26	16	26	1.97
20184888--20185682	343	2.3	341	81	5	897	19	27	29	23	1.98
20185342--20185760	156	2.7	156	76	6	434	21	24	30	23	1.99
20185342--20185840	158	3.2	155	74	7	470	20	25	30	24	1.99
20185814--20185866	26	2.0	26	85	0	70	26	22	18	32	1.97
20186472--20186902	160	2.7	159	76	7	433	18	27	29	24	1.98
20186872--20186925	26	2.0	27	89	10	85	29	24	18	27	1.98
20186496--20187506	515	2.0	512	85	3	1370	20	25	29	24	1.99
20187387--20187439	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20188225--20188277	26	2.0	26	82	13	65	28	24	16	30	1.97
20190831--20191390	158	3.5	157	76	5	529	20	27	29	23	1.99
20191364--20191416	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
20192649--20193157	159	3.2	157	77	8	458	20	26	29	23	1.99
20193129--20193181	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
20193509--20193561	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
20193830--20194223	171	2.4	164	76	9	392	21	26	28	23	1.99
20194354--20194404	26	2.0	26	92	7	86	29	25	15	29	1.96
20194549--20194616	26	2.6	26	92	0	118	27	22	17	32	1.96
20194549--20194627	26	3.0	25	83	7	104	29	21	18	30	1.97
20195301--20195351	26	2.0	26	88	7	77	29	23	19	27	1.98
20195803--20195855	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
20196317--20196696	159	2.4	158	78	4	406	20	27	28	23	1.99
20196669--20196721	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
20197401--20197453	26	2.0	26	88	0	79	32	26	15	26	1.95
20197510--20197933	159	2.7	158	76	5	388	19	28	28	24	1.98
20197906--20197958	26	2.0	26	85	7	72	26	20	20	32	1.98
20198300--20199137	159	5.4	157	72	7	499	20	26	30	23	1.98
20198597--20199037	144	3.0	144	72	13	318	20	26	29	22	1.99
20198437--20199037	303	2.0	303	83	1	749	20	26	29	23	1.99
20199408--20199458	26	2.0	26	88	7	77	27	27	17	27	1.98
20199142--20200120	343	2.9	341	84	2	1246	20	26	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20199751--20199802	26	2.0	26	92	0	86	30	25	17	26	1.97
20199899--20200280	158	2.4	159	81	5	468	19	24	30	25	1.98
20200620--20200672	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
20200958--20201010	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
20200391--20201012	338	1.8	343	82	7	796	19	27	29	23	1.98
20201359--20201866	159	3.2	158	76	6	503	20	26	28	25	1.99
20202533--20202585	26	2.0	26	85	7	72	26	22	20	30	1.98
20203033--20203085	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
20203611--20203664	26	2.1	26	96	0	99	25	29	20	24	1.99
20204013--20204065	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
20205247--20205297	26	2.0	26	92	0	84	25	29	17	27	1.98
20211899--20211951	26	2.0	26	88	0	79	30	24	16	28	1.97
20212386--20212698	170	1.8	171	81	4	391	18	25	34	21	1.96
20212754--20212806	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
20212780--20213438	158	4.2	158	74	5	447	20	26	29	23	1.99
20213412--20213464	26	2.0	26	88	0	79	32	28	15	24	1.95
20213257--20213623	184	2.0	184	80	5	411	21	27	28	21	1.99
20213087--20214007	501	1.8	502	82	4	1187	21	26	29	22	1.99
20213914--20213966	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
20214191--20214531	172	2.0	171	80	4	382	20	26	29	23	1.99
20214623--20214675	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
20214819--20214871	26	2.0	26	88	0	79	26	20	24	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20214522--20214894	196	1.9	196	86	3	527	21	27	28	22	1.99
20213309--20215061	709	2.5	700	77	9	1813	20	27	29	22	1.98
20216667--20216718	26	2.0	26	92	0	86	28	28	17	25	1.97
20216365--20216760	196	2.0	196	84	3	512	22	27	27	21	1.99
20216693--20217077	159	2.4	158	75	7	384	21	25	29	23	1.99
20217650--20217702	26	2.0	26	92	0	88	24	24	22	28	2.00
20218027--20218079	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
20218053--20218553	159	3.2	155	75	8	472	19	27	30	22	1.98
20218895--20218949	26	2.1	26	90	6	85	27	29	18	25	1.98
20219191--20219243	26	2.0	26	89	7	81	26	20	22	30	1.98
20219390--20219442	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
20219461--20219514	26	2.0	27	89	3	83	5	31	25	37	1.79
20220309--20221038	159	4.5	158	76	8	580	19	26	29	23	1.98
20220342--20221038	317	2.2	316	80	6	731	20	26	30	23	1.98
20221012--20221064	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
20222077--20222129	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
20222225--20222603	158	2.4	158	75	7	365	19	26	28	25	1.99
20222572--20222627	26	2.2	26	90	6	87	30	21	19	28	1.98
20222479--20222993	196	2.6	194	81	3	611	20	25	29	24	1.99
20223150--20223202	26	2.0	26	88	0	79	24	26	24	24	2.00
20223993--20224045	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
20228581--20228633	26	2.0	26	85	7	72	28	30	16	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20230520--20231014	159	3.1	159	77	7	409	19	26	29	23	1.98
20230990--20231040	26	2.0	26	88	7	77	29	21	19	29	1.98
20231520--20231886	159	2.3	160	79	5	420	19	25	29	25	1.99
20231858--20231910	26	2.0	26	85	7	72	30	20	16	32	1.95
20232055--20232107	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
20231749--20232108	197	1.8	197	87	0	540	21	26	27	23	1.99
20233286--20233338	26	2.0	26	88	0	79	26	30	18	24	1.98
20233526--20233814	159	1.8	159	81	1	364	20	27	29	23	1.99
20233790--20233840	26	2.0	26	92	7	86	27	19	21	31	1.97
20234187--20234574	159	2.4	159	75	5	390	20	27	31	20	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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