genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.361.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  361  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33006008--33006060	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
33012128--33012180	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
33012496--33012548	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
33011968--33012655	368	1.9	354	83	5	869	23	27	27	21	1.99
33012521--33013023	158	3.2	157	78	3	528	23	29	27	20	1.99
33012997--33013049	26	2.0	26	85	0	70	26	20	26	26	1.99
33013744--33014134	159	2.5	158	78	6	407	23	29	27	18	1.98
33014189--33014245	26	2.2	26	90	0	87	28	17	26	28	1.98
33014836--33014907	36	2.0	36	100	0	144	27	25	25	22	2.00
33014886--33014938	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
33015376--33015430	26	2.1	26	82	0	65	27	20	23	29	1.99
33015764--33015816	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
33016377--33016428	26	2.0	25	92	3	86	28	23	21	26	1.99
33016560--33016612	26	2.0	26	85	0	70	24	18	30	26	1.98
33017288--33017340	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
33018902--33018954	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
33018928--33019327	171	2.3	170	76	3	408	24	26	27	21	1.99
33019427--33019478	26	2.0	26	88	7	79	26	21	21	30	1.98
33019933--33020495	159	3.6	157	77	3	565	18	27	29	24	1.98
33025538--33025802	132	2.0	132	94	0	467	22	30	21	25	1.99
33027227--33027276	26	1.9	26	91	0	82	26	30	18	26	1.98
33027728--33027780	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33028952--33029305	158	2.2	159	81	3	401	18	25	30	25	1.98
33028883--33029305	159	2.7	160	79	4	464	17	27	30	24	1.97
33029554--33029624	26	2.7	26	93	4	117	28	23	15	32	1.95
33029290--33029832	284	1.9	284	81	3	653	23	27	27	21	1.99
33029951--33030003	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
33030293--33030344	25	2.0	26	88	3	79	28	21	19	30	1.97
33030282--33030698	195	2.2	191	80	7	460	23	26	26	23	2.00
33030855--33030907	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
33031356--33031408	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
33032593--33032645	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
33033094--33033146	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
33033489--33033541	26	2.0	26	92	0	88	28	28	20	22	1.99
33033515--33034008	159	3.1	158	75	5	460	20	26	29	23	1.99
33035215--33035267	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
33036433--33036488	26	2.2	26	90	6	87	26	25	19	28	1.99
33037642--33037694	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
33038081--33038123	22	2.0	22	90	0	68	11	39	16	32	1.84
33038166--33038218	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
33038103--33038586	197	2.5	197	82	4	555	20	26	28	24	1.99
33038363--33038415	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
33038715--33038768	26	2.1	26	92	0	90	22	24	22	31	1.98
33039710--33040097	197	2.0	197	81	4	460	21	26	26	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33040801--33040851	26	2.0	26	88	7	77	27	25	19	27	1.99
33041169--33041221	26	2.0	26	88	0	79	28	28	20	22	1.99
33049441--33049491	25	2.0	25	92	0	84	29	25	19	25	1.99
33049807--33049859	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
33050307--33050362	26	2.2	26	93	6	96	30	25	17	26	1.97
33051542--33051594	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
33052266--33052318	26	2.0	26	88	0	79	30	26	16	26	1.97
33052617--33052667	26	2.0	26	96	0	93	27	31	15	25	1.96
33052789--33053440	159	4.1	156	72	8	456	18	26	29	25	1.98
33052789--33053440	318	2.1	317	83	2	817	18	26	29	25	1.98
33053420--33053471	26	2.0	26	92	7	88	26	17	19	36	1.94
33054114--33054166	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
33054616--33054668	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
33055122--33055176	26	2.1	26	83	12	69	32	23	14	29	1.94
33054967--33055336	184	2.0	184	80	2	411	22	24	27	25	2.00
33055625--33055677	26	2.0	26	92	7	90	26	20	20	32	1.98
33056528--33056873	158	2.2	159	80	6	398	22	23	28	26	1.99
33056847--33056899	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
33057213--33057265	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
33057944--33058280	158	2.1	158	79	3	374	20	27	28	24	1.99
33059118--33059170	26	2.0	26	92	0	88	28	28	20	22	1.99
33059616--33059668	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33059932--33059965	13	2.6	13	100	0	68	17	50	8	23	1.74
33060009--33060061	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
33061534--33061586	26	2.0	26	92	7	90	28	20	20	30	1.98
33063065--33063117	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
33063069--33063570	258	1.9	258	81	5	604	22	27	28	22	1.99
33063702--33063754	26	2.0	26	88	0	79	28	28	16	26	1.97
33064044--33064095	25	2.0	26	88	3	79	28	21	19	30	1.97
33064033--33064450	196	2.2	191	79	7	453	23	26	26	23	2.00
33064607--33064659	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
33065108--33065160	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
33066859--33066911	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
33067351--33067777	159	2.7	159	78	4	400	18	27	29	25	1.98
33068975--33069027	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
33069001--33069369	171	2.2	171	79	5	397	21	27	28	21	1.99
33070193--33070248	26	2.2	26	93	0	94	26	26	19	26	1.99
33070304--33070705	157	2.5	159	76	2	423	20	29	27	22	1.98
33072955--33073005	26	2.0	26	88	7	77	29	23	17	29	1.97
33074171--33074223	26	2.0	26	85	7	72	32	26	16	24	1.97
33074197--33074629	159	2.7	157	75	5	377	20	26	30	23	1.98
33081153--33081205	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
33081520--33081572	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
33081546--33081929	158	2.4	158	76	6	400	22	26	28	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33082018--33082073	26	2.2	26	90	6	87	30	23	17	28	1.97
33082742--33082793	26	2.0	26	88	0	77	26	28	17	26	1.97
33083095--33083147	26	2.0	26	89	7	81	28	24	20	26	1.99
33083178--33083550	159	2.4	158	78	7	380	20	26	29	23	1.99
33082707--33083464	354	2.2	343	81	7	834	20	26	28	24	1.99
33083128--33083622	158	3.1	156	74	9	457	20	26	29	24	1.99
33083596--33083648	26	2.0	26	92	7	90	30	20	16	32	1.95
33084307--33084359	26	2.0	26	85	0	70	30	24	18	26	1.98
33084490--33084542	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
33086644--33087000	184	1.9	184	86	3	504	21	27	27	24	1.99
33087339--33088001	368	1.8	367	86	2	963	20	25	29	24	1.99
33087904--33087956	26	2.0	26	92	0	88	24	30	20	24	1.99
33089752--33089801	26	1.9	26	88	8	75	26	24	18	32	1.97
33090570--33090622	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
33091194--33091219	11	2.4	11	100	0	52	19	38	23	19	1.93
33091807--33091859	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
33092706--33092960	134	1.9	134	85	1	350	24	24	27	23	2.00
33092911--33093357	160	2.8	158	75	8	348	18	27	29	23	1.98
33093995--33094045	26	2.0	26	84	7	68	27	23	15	33	1.95
33094360--33094409	26	1.9	26	88	8	75	30	28	14	28	1.95
33094657--33094709	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
33095876--33095928	26	2.0	26	92	7	90	26	18	20	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33096560--33096612	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
33096929--33096979	26	2.0	26	96	0	93	27	31	15	25	1.96
33097086--33097773	159	4.3	157	76	3	581	18	27	29	24	1.98
33096955--33097773	318	2.6	317	81	1	843	19	27	29	23	1.98
33097746--33097804	26	2.3	26	91	5	93	27	18	20	33	1.96
33098447--33098499	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
33098887--33098939	26	2.0	26	92	0	88	30	24	18	26	1.98
33099394--33099448	26	2.1	26	90	6	85	32	27	14	25	1.95
33099897--33099949	26	2.0	26	92	7	90	26	20	20	32	1.98
33100619--33100671	26	2.0	26	88	0	79	28	18	18	33	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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