genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.101.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  101  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13854866--13855508	346	1.9	346	82	2	817	20	26	30	23	1.99
13855769--13855820	26	2.0	26	85	7	70	28	23	19	28	1.98
13855963--13856015	26	2.0	26	88	0	79	28	22	20	28	1.99
13857023--13857075	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
13857392--13857444	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
13857460--13857760	159	1.9	158	89	2	469	17	25	31	24	1.97
13858471--13858521	26	2.0	26	96	0	93	27	31	15	25	1.96
13859521--13859573	26	2.0	26	92	0	88	28	16	22	32	1.96
13860547--13860625	26	3.0	26	94	0	131	27	26	18	26	1.98
13860599--13861027	159	2.7	157	79	8	429	19	27	31	22	1.98
13860573--13862327	513	3.4	497	76	8	1547	21	26	28	23	1.99
13862103--13862155	26	2.0	26	82	7	63	30	20	18	30	1.97
13862299--13862352	27	2.0	26	85	3	72	27	24	20	27	1.99
13862367--13862827	159	2.9	159	78	8	427	20	26	29	23	1.99
13862326--13862827	158	3.2	158	77	8	518	20	26	29	23	1.99
13862801--13862853	26	2.0	26	92	7	90	26	24	18	30	1.98
13863524--13863576	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
13862621--13863958	721	1.9	724	81	5	1659	21	26	27	24	1.99
13864404--13864456	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
13863327--13865327	869	2.3	873	81	3	2269	21	26	27	24	1.99
13868796--13868848	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
13868893--13869061	83	2.0	83	91	0	275	15	30	27	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13869259--13869311	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
13869602--13869651	26	2.0	25	92	4	82	30	20	18	32	1.96
13869809--13869861	26	2.0	26	82	7	63	32	22	15	30	1.94
13870549--13870601	26	2.0	26	92	0	88	26	30	18	24	1.98
13871047--13871102	26	2.2	26	87	6	78	30	19	19	30	1.97
13871142--13871485	183	1.9	184	84	3	469	22	28	25	23	1.99
13871142--13871568	183	2.3	182	80	4	448	23	27	25	22	2.00
13871593--13871957	159	2.3	158	78	4	358	20	24	30	24	1.98
13871931--13871983	26	2.0	26	85	7	72	26	22	22	28	1.99
13872326--13872375	26	1.9	26	84	8	66	22	26	24	28	1.99
13873043--13873092	25	2.0	26	88	4	75	32	26	14	28	1.94
13873216--13873567	159	2.2	159	78	2	382	21	26	28	24	1.99
13873752--13873829	26	3.0	26	90	0	120	29	26	17	25	1.98
13874841--13874893	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
13874867--13875505	158	4.1	156	75	8	484	20	28	28	22	1.98
13875672--13875724	26	2.0	26	88	0	79	24	30	22	22	1.99
13875836--13876197	157	2.3	158	80	4	399	21	25	28	24	1.99
13876380--13876432	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
13876295--13876953	356	1.9	356	86	3	952	21	28	25	23	1.99
13876737--13876787	26	2.0	26	88	0	75	31	31	13	23	1.93
13876352--13877033	356	1.9	356	84	3	924	21	28	27	22	1.99
13876817--13877265	159	2.8	159	79	5	458	20	27	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13876763--13877263	158	3.2	158	76	5	519	20	26	28	23	1.99
13879033--13879085	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
13885626--13885678	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
13886326--13886685	183	2.0	184	80	4	415	23	25	26	24	2.00
13886837--13886889	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
13886460--13887445	354	2.8	341	80	5	978	21	25	29	23	1.99
13887182--13887231	26	1.9	26	88	8	75	26	24	22	28	1.99
13886814--13887536	343	2.1	343	83	2	909	20	26	28	24	1.99
13887836--13887888	26	2.0	26	92	0	88	30	28	18	22	1.98
13887924--13888362	156	2.8	157	77	3	461	19	27	29	22	1.98
13888334--13888386	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
13888456--13888488	11	3.0	11	90	0	57	18	24	36	21	1.95
13889094--13889595	158	3.2	156	84	3	576	20	27	28	22	1.99
13889146--13889651	158	3.2	159	81	4	470	20	28	30	21	1.98
13889169--13889660	159	3.1	158	82	4	456	19	29	29	21	1.98
13889807--13890269	159	2.9	158	76	3	430	20	26	30	23	1.98
13890242--13890292	26	2.0	25	92	3	84	29	21	19	29	1.98
13891075--13891489	158	2.6	158	79	5	408	19	26	29	24	1.98
13891673--13891725	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
13892014--13892066	26	2.0	26	86	13	74	26	24	20	28	1.99
13892730--13892781	25	2.0	26	96	3	97	26	23	21	28	1.99
13893170--13893638	159	3.0	158	77	6	423	18	27	31	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13893611--13893663	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
13893978--13894030	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
13893560--13894211	355	1.8	360	82	7	838	18	27	30	23	1.98
13899592--13899939	157	2.2	159	82	3	409	22	27	25	24	2.00
13900319--13900780	159	2.9	158	77	7	434	20	27	29	22	1.99
13900752--13900803	26	2.0	25	92	3	86	28	19	21	30	1.97
13901437--13901968	159	3.4	157	77	6	545	21	26	28	23	1.99
13902160--13902212	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
13903106--13903131	13	2.0	13	100	0	52	7	46	23	23	1.78
13903673--13903723	26	2.0	26	84	7	68	31	23	13	31	1.93
13903514--13903888	191	2.0	184	81	7	432	21	22	28	27	1.99
13904047--13904099	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
13908906--13908959	26	2.1	26	89	6	83	25	24	20	29	1.99
13909287--13909339	26	2.0	26	85	0	70	28	28	18	24	1.98
13909788--13909840	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
13909878--13910168	159	1.8	157	86	2	422	19	28	29	22	1.98
13910142--13910194	26	2.0	26	88	0	79	26	24	18	30	1.98
13910353--13910403	26	2.0	26	88	0	75	31	25	15	27	1.96
13910379--13910720	159	2.2	158	80	5	388	20	27	30	21	1.98
13910694--13910746	26	2.0	26	86	13	74	30	24	16	28	1.97
13911741--13911793	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
13912121--13912173	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13912285--13912650	158	2.3	159	79	6	400	18	27	30	23	1.97
13912622--13912674	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
13912818--13912870	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
13913620--13914035	157	2.6	159	79	4	441	18	27	28	25	1.98
13914010--13914062	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
13914326--13914350	13	1.9	13	100	0	50	4	48	24	24	1.68
13914416--13914920	159	3.2	159	77	5	515	19	26	30	23	1.98
13914892--13914944	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
13920846--13920898	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
13920872--13921371	159	3.2	157	77	4	497	18	26	31	23	1.98
13921345--13921397	26	2.0	26	89	7	81	28	24	16	30	1.97
13921590--13921632	12	3.6	12	87	9	61	25	30	41	2	1.68
13921823--13922580	159	4.8	158	78	4	688	17	27	30	24	1.97
13921988--13922579	314	1.9	314	85	2	812	17	27	30	24	1.97
13922553--13922605	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
13928945--13929408	159	2.9	159	75	4	490	17	28	30	23	1.97
13929530--13929581	26	2.0	26	96	0	95	26	28	19	25	1.98
13929715--13929767	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
13930449--13930500	26	2.0	26	96	0	95	26	28	19	25	1.98
13930634--13930686	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
13931364--13931415	26	2.0	26	96	0	95	26	28	19	25	1.98
13932817--13933308	159	3.1	155	78	7	542	20	27	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13933670--13933724	26	2.1	26	89	0	83	27	29	18	25	1.98
13933974--13934026	26	2.0	26	88	0	79	24	24	22	28	2.00
13934696--13934748	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
13934722--13935224	159	3.2	157	77	5	512	21	27	28	22	1.99
13935934--13935983	26	1.9	26	88	8	75	26	26	18	30	1.98
13935968--13936456	159	3.1	155	72	6	412	21	26	29	23	1.99
13936797--13936849	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
13936191--13937193	367	2.9	349	77	9	896	20	26	28	23	1.99
13936823--13937152	158	2.1	158	80	1	374	20	26	29	23	1.99
13937249--13937301	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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