genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.156.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  156  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17804362--17804856	160	3.1	157	73	4	436	19	28	29	22	1.98
17805195--17805245	26	2.0	26	88	0	75	31	31	11	25	1.92
17804558--17805428	355	2.5	344	78	9	810	19	27	29	22	1.98
17804557--17805477	345	2.6	345	77	8	914	19	27	30	22	1.98
17805494--17805894	158	2.5	159	75	7	384	18	27	29	24	1.98
17805867--17805919	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
17806614--17807433	159	5.2	159	75	6	680	19	27	30	22	1.98
17806614--17807432	317	2.6	314	80	3	861	19	27	30	22	1.98
17807405--17807457	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
17807786--17807838	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
17807750--17808379	184	3.4	179	73	13	514	21	25	28	24	1.99
17807970--17808019	26	1.9	26	88	8	75	26	24	18	32	1.97
17808168--17808220	26	2.0	26	92	0	88	24	28	22	24	2.00
17808194--17808538	159	2.2	157	79	4	379	18	27	31	22	1.97
17808091--17809097	343	2.9	344	85	1	1322	20	27	29	23	1.98
17808854--17808906	26	2.0	26	82	7	63	32	26	16	24	1.97
17808966--17809222	138	1.9	138	79	4	295	19	28	26	25	1.98
17809334--17809386	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
17809544--17809596	26	2.0	26	92	0	88	26	30	18	24	1.98
17809889--17809938	26	1.9	26	88	8	75	28	24	20	28	1.99
17810607--17810659	26	2.0	26	85	7	72	32	28	16	22	1.96
17810633--17811125	158	3.1	157	77	5	508	20	27	29	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17811108--17811160	26	2.0	26	88	0	79	26	26	18	28	1.98
17811303--17811355	26	2.0	26	92	0	88	30	22	16	30	1.96
17811000--17811359	195	1.8	196	82	5	469	21	27	26	24	1.99
17812324--17812376	26	2.0	26	85	7	72	32	28	15	24	1.95
17812437--17812853	159	2.6	159	79	3	446	19	27	28	24	1.99
17812825--17812877	26	2.0	26	85	0	70	26	24	18	30	1.98
17813020--17813072	26	2.0	26	85	7	72	24	26	20	28	1.99
17812721--17813229	195	2.7	196	79	6	490	21	26	28	23	1.99
17814040--17814092	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
17814162--17814555	157	2.5	159	82	4	449	18	27	29	24	1.98
17814712--17814764	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
17815212--17815264	26	2.0	26	85	7	72	28	20	20	30	1.98
17817175--17817227	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
17817297--17817340	11	4.0	11	78	0	52	27	31	27	13	1.94
17817920--17817972	26	2.0	26	88	0	79	28	22	18	30	1.98
17817978--17818329	159	2.2	158	81	0	425	19	28	30	21	1.98
17818153--17818461	171	1.8	171	81	1	386	20	29	30	20	1.97
17818434--17818486	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
17817894--17818829	514	1.8	514	79	2	1083	21	27	28	22	1.99
17819124--17819176	26	2.0	26	92	0	88	30	24	18	26	1.98
17819843--17819895	26	2.0	26	85	7	72	32	28	15	24	1.95
17820345--17820395	26	2.0	26	88	7	77	31	25	9	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17820724--17820776	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
17820791--17821119	159	2.1	158	88	1	489	17	26	32	23	1.97
17820883--17821253	159	2.3	158	81	3	415	17	28	30	23	1.97
17821226--17821278	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
17821409--17821461	26	2.0	26	89	7	81	28	20	20	30	1.98
17822130--17822182	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
17822658--17823056	171	2.3	171	76	4	408	21	25	31	22	1.98
17822918--17823504	159	3.7	158	74	6	499	19	28	29	22	1.98
17823478--17823530	26	2.0	26	89	7	81	28	20	18	32	1.97
17824249--17824715	159	2.9	159	80	4	532	19	25	29	24	1.98
17824689--17824740	26	2.0	26	85	7	70	30	23	17	28	1.97
17824529--17824900	185	2.0	185	83	2	469	22	25	27	24	2.00
17825945--17825997	26	2.0	26	88	0	79	32	26	15	26	1.95
17826100--17826473	158	2.4	158	77	8	357	18	28	29	24	1.98
17826781--17826833	26	2.0	26	88	0	79	28	26	20	24	1.99
17826807--17827310	159	3.2	158	78	5	548	19	27	30	22	1.98
17828052--17828521	159	3.0	159	81	4	538	19	27	30	23	1.98
17828335--17829090	184	4.0	184	77	8	676	22	26	28	23	1.99
17828675--17828730	26	2.2	26	90	6	87	28	21	19	30	1.98
17828913--17829319	159	2.6	158	77	7	423	21	27	30	21	1.98
17829379--17829431	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
17829769--17829821	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17829949--17830298	158	2.2	159	78	8	363	19	27	28	24	1.99
17830270--17830321	26	2.0	26	85	7	70	26	25	19	28	1.98
17830637--17830689	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
17830663--17831165	159	3.2	158	77	4	465	19	27	30	22	1.98
17831139--17831192	26	2.1	26	93	6	92	29	25	16	27	1.97
17831215--17831258	12	3.7	12	81	0	61	29	27	38	4	1.76
17832026--17832078	26	2.0	26	88	0	79	24	22	22	30	1.99
17832737--17832787	26	2.0	26	88	0	75	27	29	17	25	1.98
17832919--17832971	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
17833699--17834147	159	2.8	156	73	9	404	20	27	27	24	1.99
17833623--17834062	159	2.8	158	77	7	399	21	25	28	24	1.99
17834384--17835097	158	4.6	159	72	10	467	18	24	31	24	1.97
17835524--17835574	26	2.0	27	88	7	79	25	29	17	27	1.98
17835606--17836210	159	3.8	158	75	6	501	19	27	29	23	1.98
17835589--17836071	158	3.1	157	75	6	499	19	26	30	22	1.98
17835556--17836682	317	3.6	316	74	10	848	20	27	29	22	1.99
17836183--17836235	26	2.0	26	92	0	88	26	24	22	26	2.00
17837024--17837076	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
17837366--17837418	26	2.0	26	89	7	81	24	24	22	28	2.00
17837746--17837798	26	2.0	26	92	7	90	30	26	16	26	1.97
17836585--17838105	722	2.1	708	81	5	1664	21	28	27	22	1.99
17838939--17838991	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17838965--17839466	158	3.2	156	76	6	472	20	28	29	22	1.98
17839440--17839492	26	2.0	26	92	0	88	24	22	20	32	1.98
17840232--17840817	158	3.7	159	76	6	528	18	28	29	23	1.98
17840232--17840817	317	1.8	317	86	2	854	18	28	29	23	1.98
17841480--17841531	26	2.0	26	85	14	72	30	25	15	28	1.96
17840750--17842117	703	2.0	690	88	3	2060	27	22	23	27	1.99
17842229--17842598	158	2.3	157	75	7	345	19	27	30	22	1.98
17842683--17842735	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
17843429--17843807	159	2.4	157	75	9	381	20	27	30	21	1.98
17843884--17843936	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
17845641--17845693	26	2.0	26	92	7	90	26	20	20	32	1.98
17845849--17845901	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
17845047--17846245	550	2.2	551	81	3	1365	21	26	28	23	1.99
17846134--17847838	874	2.0	862	89	2	2648	25	23	23	27	2.00
17847787--17847839	26	2.0	26	89	7	81	24	22	20	32	1.98
17848504--17848556	26	2.0	26	85	0	70	26	26	20	26	1.99
17848594--17849033	159	2.8	158	75	5	404	22	27	28	22	1.99
17849005--17849057	26	2.0	26	86	13	74	30	22	16	30	1.96
17848968--17849645	356	1.9	357	86	1	975	18	26	31	23	1.97
17849705--17849757	26	2.0	26	86	13	74	24	22	20	32	1.98
17850429--17850481	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
17850588--17850640	26	2.0	26	89	7	81	26	26	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17850795--17850847	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
17851138--17851190	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
17851822--17852215	159	2.5	158	79	4	407	18	24	31	24	1.97
17851991--17852352	159	2.3	159	79	5	383	18	24	30	26	1.98
17853391--17853441	26	2.0	26	92	7	86	27	27	15	29	1.96
17854302--17854980	158	4.3	159	71	9	456	20	26	29	23	1.98
17854261--17854713	159	2.9	156	75	7	441	18	27	31	22	1.97
17854197--17854749	158	3.5	157	74	7	460	18	26	31	22	1.97
17854169--17854967	316	2.5	317	82	5	906	19	26	30	23	1.98
17854479--17856009	501	3.1	498	80	4	1600	20	26	28	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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