genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.364.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  364  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33264931--33264983	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
33264939--33265802	447	1.9	447	82	4	1080	26	28	26	18	1.98
33265404--33266273	159	5.5	156	72	9	516	25	29	25	19	1.99
33265505--33266273	318	2.4	317	80	5	838	24	30	24	19	1.98
33266551--33266603	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
33267789--33268292	159	3.2	157	75	8	475	23	29	27	19	1.98
33268069--33268747	355	1.9	355	81	2	826	23	28	27	20	1.99
33269251--33269275	11	2.3	11	100	0	50	16	40	24	20	1.91
33269851--33269955	26	4.0	26	93	0	174	25	17	27	29	1.97
33269851--33269955	52	2.0	52	96	0	192	25	17	27	29	1.97
33270806--33270865	26	2.4	26	83	5	79	26	18	26	28	1.98
33271866--33271918	26	2.0	26	85	7	72	28	16	24	30	1.97
33272365--33272417	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
33273402--33273454	26	2.0	26	96	0	97	20	20	30	28	1.98
33273755--33273807	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
33274122--33274174	26	2.0	26	85	0	70	28	20	22	28	1.99
33273217--33274226	353	2.8	359	82	6	1186	22	29	27	20	1.98
33278019--33278328	160	1.9	159	81	2	372	21	29	28	20	1.99
33281028--33281087	26	2.4	26	72	10	63	31	16	21	30	1.96
33282536--33282588	26	2.0	26	85	7	72	30	18	18	32	1.96
33283416--33283468	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
33284141--33284192	26	2.0	26	92	0	86	26	26	19	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33284325--33284377	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
33285461--33285838	159	2.4	158	80	4	454	19	24	30	25	1.98
33285747--33286134	171	2.3	171	78	5	374	20	26	28	24	1.99
33286636--33287588	343	2.8	339	81	4	970	21	27	27	24	1.99
33288495--33288547	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
33288995--33289047	26	2.0	26	89	7	81	30	22	18	28	1.98
33289054--33289388	170	2.0	170	81	5	392	20	27	30	22	1.98
33290241--33290293	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
33290405--33290769	158	2.3	158	78	4	385	18	25	30	25	1.98
33290742--33290794	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
33291109--33291161	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
33288255--33291665	868	3.9	868	79	5	3416	20	25	29	24	1.99
33291135--33291637	159	3.2	158	74	4	382	19	25	31	23	1.98
33291611--33291663	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
33293341--33293393	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
33293367--33293886	158	3.3	154	74	8	449	20	26	30	23	1.98
33293367--33293951	157	3.7	156	73	8	468	20	27	30	22	1.98
33295953--33296049	26	3.7	26	86	5	135	27	27	16	27	1.97
33296342--33296394	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
33297625--33297676	25	2.0	26	85	3	70	25	21	23	30	1.99
33297222--33298176	341	2.8	341	80	5	861	20	26	28	24	1.99
33297650--33297992	158	2.2	158	82	3	404	23	27	27	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33297550--33298176	342	1.8	341	83	1	817	20	26	27	24	1.99
33299125--33299177	26	2.0	26	92	7	90	30	24	16	28	1.97
33299626--33299678	26	2.0	26	86	13	74	30	20	16	32	1.95
33299992--33300044	26	2.0	26	88	0	79	28	22	18	30	1.98
33300869--33300921	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
33298889--33302291	867	3.9	874	80	5	3410	20	26	29	23	1.99
33301370--33301422	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
33301396--33301764	171	2.2	169	79	2	387	20	26	29	23	1.99
33301737--33301789	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
33302237--33302289	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
33303089--33303643	159	3.5	159	76	6	572	18	27	30	23	1.97
33302983--33303664	159	4.3	159	73	8	546	19	26	30	23	1.98
33302983--33303669	317	2.2	317	82	5	866	19	26	30	23	1.98
33304130--33304182	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
33305095--33305147	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
33306385--33306437	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
33306892--33306944	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
33313134--33313186	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
33313635--33313687	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
33313977--33314029	26	2.0	26	89	7	81	30	18	18	32	1.96
33314702--33314754	26	2.0	26	88	0	79	28	28	16	26	1.97
33314828--33315231	159	2.5	159	82	4	458	18	27	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33315203--33315255	26	2.0	26	89	7	81	30	22	18	28	1.98
33317290--33317342	26	2.0	26	92	7	90	26	20	20	32	1.98
33324222--33324274	26	2.0	26	86	13	74	26	26	18	28	1.98
33324590--33324642	26	2.0	26	88	0	79	30	26	18	24	1.98
33324616--33325117	158	3.2	156	75	7	499	19	26	30	23	1.98
33325091--33325143	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
33326302--33326354	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
33327032--33327087	26	2.2	26	87	6	78	30	21	16	32	1.95
33327540--33327932	158	2.5	157	80	5	434	20	24	30	25	1.98
33328255--33328496	112	2.2	112	81	0	286	18	28	25	28	1.98
33328479--33328531	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
33329197--33329249	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
33329355--33329726	158	2.3	159	78	5	385	20	25	29	24	1.99
33329698--33329750	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
33329731--33330068	159	2.1	158	78	5	367	20	25	29	25	1.99
33329123--33330252	501	2.3	501	80	2	1232	21	26	27	24	1.99
33330199--33330251	26	2.0	26	85	7	72	28	24	20	26	1.99
33330919--33330971	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
33331629--33331681	26	2.0	26	89	7	81	28	20	18	32	1.97
33331411--33331840	184	2.3	184	80	3	463	21	25	27	25	2.00
33331655--33332304	158	4.1	159	78	1	624	19	27	29	23	1.98
33333549--33333627	26	3.0	26	94	0	140	27	29	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33333601--33333967	159	2.3	158	75	10	354	18	27	31	23	1.97
33333601--33334102	158	3.2	158	74	6	478	19	27	29	23	1.98
33333925--33334264	184	1.8	184	81	6	429	22	28	26	21	1.99
33334419--33334471	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
33334046--33334782	342	2.2	343	81	2	872	20	26	28	24	1.99
33334482--33334948	159	2.9	159	77	6	444	18	25	31	24	1.98
33334920--33334972	26	2.0	26	85	7	72	24	24	22	28	2.00
33335373--33335404	11	2.6	13	85	14	50	53	9	0	37	1.34
33336281--33336330	26	1.9	26	95	0	91	24	30	20	26	1.98
33336647--33336699	26	2.0	26	88	0	79	32	26	15	26	1.95
33337148--33337199	26	2.0	25	85	3	68	30	21	21	26	1.98
33337931--33338397	159	2.9	157	79	5	501	19	28	30	22	1.98
33337903--33338396	158	3.1	158	77	7	525	19	27	29	22	1.98
33338370--33338422	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
33338786--33338838	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
33339700--33340000	157	1.9	158	83	4	394	18	27	30	23	1.98
33339606--33340589	354	2.8	349	77	10	978	21	26	28	23	1.99
33340682--33340734	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
33342677--33342720	12	3.7	12	87	0	61	20	20	47	11	1.80
33344769--33344819	26	2.0	26	96	0	93	25	29	19	25	1.99
33344934--33345296	159	2.3	159	80	4	392	17	25	31	24	1.97
33345989--33346041	26	2.0	26	96	0	97	28	32	16	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33346477--33346529	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
33347356--33347408	26	2.0	26	89	7	81	24	22	22	30	1.99
33347936--33348415	158	3.0	158	75	5	450	20	26	29	23	1.99
33349154--33349657	158	3.2	158	78	7	488	19	25	30	25	1.98
33351598--33351651	25	2.2	25	86	6	74	25	22	25	25	2.00
33352676--33352728	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
33352701--33353362	159	4.2	157	77	4	553	22	28	27	21	1.99
33353336--33353387	26	2.0	26	88	0	77	23	21	26	28	1.99
33354611--33354663	26	2.0	26	82	13	65	30	16	20	32	1.95
33354636--33355082	159	2.8	158	78	7	449	24	30	26	18	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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