genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.301.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  301  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28437918--28437970	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
28438982--28439034	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
28438942--28439449	195	2.7	182	77	10	495	22	25	29	23	1.99
28439361--28439413	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
28439704--28439755	26	2.0	25	88	3	77	30	23	19	26	1.98
28440426--28440478	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
28440459--28440853	159	2.5	157	77	6	400	20	27	31	20	1.97
28440590--28440955	158	2.3	159	76	7	359	19	26	29	24	1.99
28440989--28441039	26	2.0	26	96	0	93	25	29	35	9	1.88
28441940--28441992	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
28441966--28442363	159	2.5	156	77	4	404	22	26	29	21	1.99
28442442--28442492	26	2.0	26	88	7	77	29	23	15	31	1.95
28442809--28442861	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
28444020--28444071	26	2.0	26	85	7	70	32	28	13	25	1.93
28444519--28444574	26	2.2	26	87	12	80	32	23	16	28	1.96
28444904--28444953	26	1.9	26	91	0	82	26	22	20	32	1.98
28445085--28445136	26	2.0	26	92	7	88	26	23	19	30	1.98
28445805--28445856	26	2.0	26	92	0	86	28	26	19	25	1.98
28445978--28446336	158	2.3	159	80	7	417	20	26	29	23	1.99
28446433--28447008	159	3.6	159	75	9	406	18	27	30	23	1.98
28446442--28447029	319	1.8	318	86	4	844	18	27	30	23	1.98
28446545--28447199	159	4.1	158	76	6	581	19	27	31	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28447691--28447743	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
28447472--28447913	195	2.3	196	85	2	584	21	26	28	23	1.99
28449337--28449829	158	3.1	156	76	8	505	19	26	30	24	1.98
28449803--28449854	26	2.0	26	85	7	70	26	21	19	32	1.97
28450269--28450337	26	2.7	26	97	0	129	28	23	14	33	1.94
28450313--28450814	158	3.2	157	79	6	564	19	28	30	22	1.98
28450788--28450839	26	2.0	26	84	0	68	26	23	17	32	1.96
28451544--28452037	158	3.1	156	74	6	442	20	26	28	23	1.99
28452377--28452429	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
28452476--28452898	154	2.7	155	77	5	433	18	27	28	25	1.98
28452873--28452925	26	2.0	26	88	0	79	30	26	18	24	1.98
28453016--28453398	158	2.4	158	76	3	358	19	27	28	24	1.99
28452271--28453250	496	2.0	495	89	2	1511	21	26	28	23	1.99
28454179--28454596	159	2.6	160	78	4	452	17	26	30	25	1.97
28454933--28454986	26	2.1	26	89	0	81	25	24	22	27	2.00
28455279--28455331	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
28454917--28455647	343	2.1	342	85	1	980	20	26	28	24	1.99
28455305--28455807	158	3.2	157	74	5	458	21	26	28	24	1.99
28458532--28458581	26	1.9	26	87	0	73	26	32	18	24	1.97
28458619--28459058	159	2.8	159	76	5	388	20	26	29	22	1.99
28458558--28459056	158	3.2	156	75	6	457	22	26	29	22	1.99
28459030--28459081	26	2.0	26	82	14	63	32	21	13	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28459782--28459833	25	2.0	26	85	3	70	28	26	17	26	1.97
28459807--28460309	159	3.2	157	79	5	505	20	27	30	22	1.98
28460283--28460334	26	2.0	25	92	3	86	30	21	17	30	1.96
28461544--28461596	26	2.0	26	92	7	90	30	24	16	28	1.97
28461909--28461990	26	3.2	26	98	0	155	28	28	19	24	1.99
28460627--28462298	723	2.3	718	79	7	1723	20	27	28	23	1.99
28462471--28462521	26	2.0	26	92	7	86	27	15	21	35	1.94
28463208--28463709	158	3.2	158	72	7	428	21	27	27	23	1.99
28463684--28463735	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
28464255--28464307	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
28470818--28470867	25	2.0	25	88	7	75	28	26	18	28	1.98
28470902--28471344	159	2.8	159	83	3	534	19	28	30	21	1.97
28471702--28471754	26	2.0	26	88	0	79	32	30	13	24	1.93
28472552--28472604	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
28472756--28472812	25	2.2	26	84	6	71	29	26	17	26	1.97
28473295--28473641	170	2.0	170	81	4	396	19	26	31	23	1.98
28473523--28473972	159	2.8	157	78	4	472	18	26	31	24	1.97
28474667--28474718	26	2.0	26	85	7	70	26	21	19	32	1.97
28474692--28475199	158	3.2	156	75	9	459	20	28	28	22	1.98
28475173--28475225	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
28475541--28475593	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
28475731--28475787	26	2.2	26	96	0	105	22	15	21	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28475731--28475802	26	2.8	26	89	4	92	22	19	20	37	1.94
28476458--28476510	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
28477598--28478010	159	2.6	159	77	3	447	16	26	31	25	1.97
28478354--28478403	26	1.9	26	87	0	73	26	32	14	28	1.94
28478452--28478880	159	2.7	158	76	6	391	18	28	29	23	1.98
28478856--28478905	26	1.9	26	88	8	75	26	22	22	30	1.99
28479574--28479626	26	2.0	26	88	0	79	26	30	18	24	1.98
28479654--28480101	158	2.8	158	79	4	481	18	27	29	24	1.98
28480074--28480126	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
28481579--28482044	159	2.9	158	77	3	393	18	27	30	23	1.97
28482396--28482448	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
28483602--28483654	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
28488082--28488134	26	2.0	26	89	7	81	30	26	18	24	1.98
28488410--28488462	26	2.0	26	85	7	72	26	24	18	30	1.98
28488253--28489465	670	1.8	673	81	3	1523	20	26	28	24	1.99
28489240--28489539	159	1.9	159	84	4	399	18	27	32	21	1.97
28489891--28489943	26	2.0	26	85	0	70	30	30	16	22	1.96
28491145--28491196	25	2.0	26	88	3	79	26	26	19	26	1.99
28491645--28491696	26	2.0	25	82	10	61	32	19	17	30	1.95
28491468--28492585	539	2.1	537	79	3	1176	21	26	28	23	1.99
28493068--28493120	26	2.0	26	89	7	81	32	24	15	28	1.95
28493421--28493476	26	2.2	26	90	6	87	30	25	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28494666--28494717	26	2.0	26	92	0	86	26	28	21	23	1.99
28501418--28501918	159	3.2	158	79	5	548	19	27	30	22	1.98
28502270--28502322	26	2.0	26	85	0	70	33	30	11	24	1.90
28503120--28503172	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
28504015--28504067	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
28503762--28504238	196	2.4	196	83	2	573	21	26	27	24	1.99
28502928--28504579	709	2.4	690	81	5	1899	20	27	28	23	1.99
28504140--28504554	159	2.6	158	80	3	458	17	27	30	24	1.97
28505251--28505302	26	2.0	26	88	7	79	26	23	19	30	1.98
28505284--28505767	159	3.1	158	76	5	402	19	28	29	22	1.98
28506319--28506373	27	2.0	28	86	6	78	27	18	16	38	1.92
28507049--28507101	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
28508194--28508601	159	2.6	159	79	6	434	16	26	31	24	1.96
28508578--28508627	26	1.9	26	84	8	66	32	24	14	30	1.94
28508941--28508994	26	2.1	26	89	0	81	25	27	18	27	1.98
28508967--28509471	158	3.2	156	77	4	521	20	26	29	23	1.99
28509448--28509497	26	1.9	26	88	8	75	26	20	22	32	1.98
28510234--28510694	158	2.9	157	76	6	444	19	26	29	24	1.98
28510666--28510718	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
28511044--28511096	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
28512976--28513028	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
28520989--28521411	159	2.7	158	80	5	442	18	27	28	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28521764--28521816	26	2.0	26	85	7	72	30	22	18	28	1.98
28522118--28522170	26	2.0	26	82	7	63	30	24	18	26	1.98
28522487--28522538	26	2.0	26	92	0	86	32	25	17	25	1.97
28522828--28522880	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
28521587--28523200	355	4.5	353	77	9	1433	20	26	29	23	1.99
28523004--28523367	158	2.3	159	81	3	419	19	25	30	25	1.98
28523341--28523393	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
28523627--28524067	159	2.8	158	77	5	460	18	29	30	21	1.97
28524039--28524091	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
28524970--28525022	26	2.0	26	85	7	72	28	28	18	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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