genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.110.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  110  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14493229--14493281	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
14494095--14494147	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
14494447--14494498	26	2.0	25	85	10	70	23	19	19	38	1.93
14494963--14495365	170	2.3	173	82	5	474	20	27	30	21	1.98
14495432--14495482	26	2.0	26	88	7	77	27	27	17	27	1.98
14495933--14495985	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
14496228--14496801	158	3.6	155	76	5	519	19	28	28	24	1.98
14496205--14496801	316	1.9	317	83	5	787	19	27	29	23	1.98
14496774--14496826	26	2.0	26	86	13	74	30	24	16	28	1.97
14497439--14497491	26	2.0	26	88	0	79	32	26	16	24	1.97
14498319--14498371	26	2.0	26	88	0	79	26	24	22	26	2.00
14498345--14498844	158	3.2	156	77	6	529	19	27	30	22	1.98
14499568--14500066	158	3.2	158	77	4	484	21	26	28	24	1.99
14500251--14500303	26	2.0	26	88	0	79	30	26	18	24	1.98
14500338--14500683	158	2.2	159	83	3	446	18	28	33	19	1.96
14500277--14500936	159	4.2	158	79	4	618	19	28	31	21	1.97
14500909--14500961	26	2.0	26	92	7	90	26	24	18	30	1.98
14501280--14501330	26	2.0	26	84	0	66	27	25	17	29	1.98
14502500--14502552	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
14502754--14502879	65	1.9	65	95	3	227	11	30	32	25	1.92
14502920--14502972	26	2.0	26	85	0	70	30	22	20	26	1.98
14503252--14503304	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14504337--14504389	26	2.0	26	89	7	81	26	30	18	24	1.98
14505467--14505917	159	2.8	158	79	5	475	18	28	31	21	1.97
14505415--14505916	158	3.2	155	77	7	499	19	27	30	22	1.98
14505890--14505942	26	2.0	26	89	7	81	28	20	20	30	1.98
14506258--14506310	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
14506284--14506776	158	3.1	156	74	6	463	19	27	29	22	1.98
14507479--14507557	26	3.0	25	75	14	79	32	26	12	27	1.93
14508229--14508281	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
14508802--14509126	171	1.9	170	83	3	420	20	27	30	21	1.98
14509094--14509149	26	2.1	27	87	9	80	28	26	17	26	1.98
14509600--14509652	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
14510323--14510375	26	2.0	26	88	0	79	30	24	16	28	1.97
14510475--14510852	159	2.4	157	79	9	401	20	27	28	24	1.99
14511606--14511900	159	1.9	158	84	3	396	17	28	30	22	1.97
14512573--14512625	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
14512686--14513135	159	2.8	159	76	6	448	19	27	29	23	1.98
14513258--14513310	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
14513284--14513785	159	3.2	159	74	8	405	19	26	30	23	1.98
14514547--14515014	159	2.9	159	78	3	503	17	27	30	24	1.97
14515070--14515097	13	2.2	13	100	0	56	7	53	25	14	1.66
14519317--14519351	11	3.2	11	100	0	70	8	54	8	28	1.60
14520162--14520214	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14520243--14520847	158	3.8	156	79	4	545	20	28	29	21	1.98
14520817--14520872	26	2.2	26	90	0	85	33	21	16	28	1.95
14521541--14521593	26	2.0	26	88	0	79	28	28	16	26	1.97
14521896--14521948	26	2.0	26	85	7	72	32	28	16	22	1.96
14521922--14522576	158	4.2	158	78	6	562	20	28	29	21	1.98
14522550--14522602	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
14523827--14523879	26	2.0	26	92	7	90	30	24	16	28	1.97
14528100--14528152	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
14528234--14528794	158	3.6	156	75	8	422	19	28	28	23	1.99
14528769--14528820	26	2.0	25	89	10	79	26	23	21	28	1.99
14530201--14530253	26	2.0	26	88	0	79	28	22	20	28	1.99
14530227--14530728	158	3.2	158	77	6	521	20	27	29	22	1.99
14530702--14530754	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
14530544--14530914	185	2.0	184	86	2	521	20	26	29	23	1.99
14531075--14531943	157	5.5	157	78	3	772	18	27	31	22	1.97
14531038--14532014	159	6.2	159	78	4	800	18	27	30	22	1.98
14531038--14532013	317	3.1	313	80	4	1041	18	27	30	22	1.98
14531987--14532039	26	2.0	26	92	7	90	28	26	20	24	1.99
14538237--14538288	26	2.0	26	88	0	77	28	30	17	23	1.97
14538347--14538767	159	2.7	158	75	8	417	18	28	28	25	1.98
14538347--14538794	157	2.8	156	73	11	419	18	27	29	24	1.98
14538033--14539499	671	2.2	668	82	3	1818	19	26	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14539528--14539578	26	2.0	26	84	7	68	25	23	21	29	1.99
14540436--14540488	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
14540462--14540826	159	2.3	158	75	5	367	18	26	31	24	1.98
14540938--14540991	26	2.1	26	89	6	83	25	24	20	29	1.99
14542255--14542307	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
14542352--14542783	159	2.7	159	86	0	567	16	29	31	22	1.96
14542756--14542808	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
14543443--14543495	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
14543627--14543679	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
14545423--14545475	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
14546292--14546344	26	2.0	26	85	7	72	30	20	16	32	1.95
14545871--14547050	513	2.3	512	82	3	1356	20	26	29	23	1.99
14546394--14546737	159	2.2	159	79	7	353	19	26	32	21	1.97
14546805--14546857	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
14547185--14547237	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
14547870--14547922	26	2.0	26	85	0	70	32	30	13	24	1.93
14548418--14548470	26	2.0	26	88	0	79	24	26	20	28	1.99
14548758--14548812	26	2.2	26	87	9	78	29	23	20	27	1.99
14549483--14549535	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
14549824--14549876	26	2.0	26	92	7	90	26	20	20	32	1.98
14550546--14550598	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
14550730--14550782	26	2.0	26	88	0	79	30	20	18	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14550643--14551148	197	2.6	195	85	2	663	20	26	27	25	1.99
14551294--14551346	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
14552013--14552065	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
14559756--14559805	26	1.9	26	95	0	91	24	30	20	26	1.98
14559782--14560274	159	3.1	158	76	5	492	17	27	30	23	1.97
14561274--14561326	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
14561777--14561829	26	2.0	26	85	7	72	28	24	16	30	1.97
14562371--14562423	26	2.0	26	85	7	72	32	22	16	28	1.96
14563095--14563147	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
14563241--14563623	159	2.4	159	84	1	464	18	28	30	23	1.97
14563596--14563648	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
14564319--14564371	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
14564503--14564555	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
14564738--14565237	159	3.2	157	79	5	476	21	26	28	23	1.99
14564869--14565238	158	2.3	159	81	4	408	21	25	28	23	1.99
14565271--14565741	159	3.0	159	77	7	436	18	26	31	23	1.97
14566436--14566488	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
14567304--14567356	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
14566908--14568044	514	2.2	512	82	3	1370	20	27	28	23	1.99
14567406--14567749	159	2.2	158	80	5	381	20	26	31	21	1.97
14567817--14567869	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
14566908--14568062	513	2.2	513	82	2	1363	20	27	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14568197--14568249	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
14567799--14569116	685	1.9	685	90	0	2078	20	26	28	23	1.99
14568882--14568934	26	2.0	26	96	0	97	28	30	18	22	1.98
14567812--14569410	685	2.3	680	83	4	1912	20	26	28	23	1.99
14569225--14569593	184	2.0	183	84	4	485	20	28	27	23	1.99
14569687--14569739	26	2.0	26	92	7	90	26	22	22	28	1.99
14570421--14570473	26	2.0	26	88	0	79	26	24	18	30	1.98
14570759--14570814	26	2.2	26	90	6	87	30	21	19	28	1.98
14571481--14571533	25	2.1	26	96	3	99	24	26	24	24	2.00
14571826--14571878	26	2.0	26	89	7	81	26	22	18	32	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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