genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.231.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  231  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23342952--23343002	26	2.0	26	84	0	66	29	11	27	31	1.92
23343688--23343740	26	2.0	26	85	7	72	32	16	22	28	1.96
23344239--23344290	26	2.0	25	92	3	86	30	21	21	26	1.98
23344738--23344790	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
23345104--23345156	26	2.0	26	85	7	72	30	18	24	26	1.98
23345301--23345353	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
23344936--23345576	196	3.3	194	85	6	789	23	27	27	21	1.99
23345484--23345536	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
23346204--23346256	26	2.0	26	92	7	90	32	20	20	26	1.98
23346231--23346533	158	1.9	158	81	1	365	23	31	26	18	1.97
23346230--23346572	158	2.2	158	78	4	352	23	30	26	19	1.98
23346546--23346598	26	2.0	26	88	0	79	24	22	26	26	2.00
23347610--23347662	26	2.0	26	88	0	79	28	20	26	24	1.99
23348342--23348394	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
23348489--23348856	183	2.0	183	85	2	497	22	29	27	20	1.99
23348672--23349099	159	2.7	157	74	5	398	24	29	27	18	1.98
23349147--23349199	26	2.0	26	96	0	97	22	18	30	28	1.98
23349832--23349883	25	2.0	26	96	3	97	25	21	26	26	1.99
23348962--23350237	685	1.9	686	88	2	1940	23	28	26	21	1.99
23350698--23350750	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
23351222--23351596	172	2.2	171	79	3	387	22	28	27	21	1.99
23351566--23351632	26	2.6	26	90	0	107	28	16	26	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23352487--23353139	343	1.9	343	79	4	735	23	30	25	20	1.99
23352900--23353193	159	1.9	158	82	7	373	23	30	25	20	1.99
23352841--23353229	158	2.5	158	80	5	385	23	29	26	20	1.99
23352969--23353258	159	1.8	159	81	4	361	23	30	28	17	1.97
23353304--23353356	26	2.0	26	85	0	70	24	18	26	30	1.98
23353514--23353566	26	2.0	26	85	7	72	30	20	22	26	1.98
23353698--23353750	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
23354424--23354475	26	2.0	26	92	7	88	28	15	25	30	1.96
23354448--23354915	158	3.0	158	84	0	578	22	32	28	16	1.96
23354923--23354975	26	2.0	26	92	7	90	24	20	30	24	1.99
23356234--23356287	26	2.1	26	89	6	83	29	20	24	25	1.99
23356333--23356755	159	2.7	155	75	8	375	22	28	27	20	1.99
23356737--23356789	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
23357646--23357696	26	2.0	26	84	7	68	31	19	23	25	1.98
23358108--23358612	158	3.2	158	74	6	455	21	30	27	20	1.98
23358622--23358673	26	2.0	26	88	0	77	23	17	30	28	1.97
23364865--23364917	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
23364903--23365552	159	4.1	158	78	2	604	22	30	28	18	1.98
23364891--23365552	317	2.1	318	84	2	864	22	29	28	19	1.98
23365526--23365578	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
23365052--23366152	502	2.2	501	83	2	1404	23	29	27	19	1.98
23365208--23365852	343	1.9	344	79	1	747	22	30	27	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23365551--23366053	158	3.2	158	79	5	489	22	30	26	19	1.98
23366027--23366079	26	2.0	26	85	0	70	28	24	20	26	1.99
23371415--23371467	26	2.0	26	85	7	72	35	20	18	24	1.95
23371440--23371939	157	3.2	157	75	8	458	24	30	25	19	1.98
23371913--23371965	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
23372207--23372485	147	1.9	147	90	2	445	32	12	18	37	1.88
23373434--23373729	159	1.9	158	80	4	344	24	31	25	19	1.98
23375122--23375173	26	2.0	26	96	0	95	28	19	25	26	1.98
23375146--23375769	159	3.9	159	75	4	499	23	29	25	20	1.99
23375159--23375769	318	1.9	318	81	2	735	23	29	25	20	1.99
23376507--23376559	26	2.0	26	89	7	81	28	18	22	30	1.98
23383651--23383702	26	2.0	26	92	0	86	23	19	30	26	1.98
23383860--23383912	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
23385250--23385328	26	3.0	26	90	0	131	26	17	27	27	1.98
23385301--23385670	171	2.2	171	80	5	408	21	30	28	20	1.98
23386156--23386208	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
23386654--23386706	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
23386568--23387237	184	3.6	183	76	10	650	21	28	28	21	1.99
23386838--23386890	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
23387060--23387561	158	3.2	158	76	4	528	22	29	27	19	1.98
23387535--23387587	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
23388390--23388442	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23389110--23389162	26	2.0	26	92	0	88	28	22	22	26	1.99
23389681--23389717	17	2.2	17	95	0	65	40	32	18	8	1.80
23390144--23390196	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
23389849--23390513	343	1.9	343	81	3	802	22	29	27	20	1.99
23390247--23390793	158	3.5	159	71	8	382	20	31	28	19	1.97
23390250--23390829	316	1.8	317	84	1	806	20	31	28	19	1.97
23391538--23391589	26	2.0	26	88	7	79	30	15	23	30	1.95
23391878--23391929	26	2.0	26	92	0	86	26	19	26	26	1.99
23392969--23393021	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
23391988--23393647	888	1.9	879	82	3	2087	23	29	26	20	1.99
23393475--23393527	26	2.0	26	89	7	81	26	22	26	24	2.00
23393672--23393724	26	2.0	26	88	0	79	24	20	28	26	1.99
23393816--23393858	12	3.6	12	87	9	61	13	41	18	25	1.88
23394030--23394448	184	2.3	184	89	2	637	23	28	24	22	1.99
23394261--23394761	158	3.2	156	77	5	515	22	30	26	20	1.98
23395415--23395467	26	2.0	26	100	0	106	30	20	22	26	1.98
23395965--23396017	26	2.0	26	82	7	63	30	18	24	26	1.98
23395990--23397080	158	6.9	158	72	7	689	24	31	26	18	1.98
23395990--23397113	470	2.4	470	76	5	1142	24	30	25	19	1.98
23397815--23397866	26	2.0	26	88	7	79	30	17	25	26	1.97
23398154--23398205	26	2.0	25	92	3	86	28	19	25	26	1.98
23400374--23400426	26	2.0	26	85	7	72	30	16	24	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23400463--23400490	13	2.2	13	100	0	56	14	17	53	14	1.73
23400583--23400665	26	3.2	26	89	3	123	28	18	22	30	1.97
23401111--23401163	26	2.0	26	88	0	79	28	20	26	24	1.99
23400965--23401701	184	3.9	183	76	7	600	22	28	27	21	1.99
23401980--23402030	27	1.9	26	88	4	75	29	19	25	25	1.99
23402189--23402556	183	2.0	183	83	2	470	25	28	25	19	1.99
23402347--23402399	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
23402346--23402970	330	1.9	331	83	2	808	25	27	26	20	1.99
23403180--23403230	26	2.0	26	88	0	75	27	17	27	27	1.98
23403594--23404282	158	4.4	158	79	3	589	24	30	26	19	1.98
23403901--23404316	157	2.6	156	78	5	406	25	29	26	18	1.98
23403594--23404315	316	2.3	316	78	3	704	24	29	27	18	1.98
23404915--23404967	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
23405769--23405824	26	2.2	26	83	6	69	33	16	21	28	1.95
23405795--23406289	159	3.1	158	78	4	521	21	29	29	19	1.98
23407676--23407727	26	2.0	26	88	7	79	28	17	25	28	1.97
23407702--23408195	158	3.1	157	76	8	455	23	29	26	19	1.98
23408177--23408229	26	2.0	26	88	0	79	26	16	28	28	1.97
23409617--23409669	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
23409650--23410144	158	3.1	153	77	9	465	21	31	28	18	1.97
23411550--23411598	26	1.9	25	88	12	73	32	20	22	24	1.98
23411576--23411868	160	1.8	159	81	5	367	24	29	27	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23411894--23412256	184	2.0	184	80	3	417	24	28	25	21	1.99
23413965--23414329	159	2.3	159	77	8	384	22	29	27	20	1.99
23414303--23414355	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
23415536--23415588	26	2.0	26	85	7	72	28	18	22	30	1.98
23414859--23415688	362	2.4	348	79	7	883	23	28	27	20	1.99
23415561--23415935	158	2.4	157	78	5	398	23	30	27	19	1.98
23413799--23416138	871	2.7	859	79	6	2472	23	28	27	20	1.99
23415561--23415969	159	2.6	157	77	6	430	23	29	28	18	1.98
23416037--23416089	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
23423226--23423278	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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