genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.253.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  253  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24844978--24845462	158	3.1	157	75	3	468	24	29	26	19	1.98
24845444--24845496	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
24846668--24846720	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
24846990--24847041	26	2.0	26	85	10	72	25	17	26	30	1.97
24848186--24848236	26	2.0	26	96	0	93	25	19	27	27	1.99
24849434--24849486	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
24849760--24849810	26	2.0	26	84	0	66	29	13	25	31	1.94
24850410--24850462	26	2.0	26	92	0	88	26	20	28	24	1.99
24850251--24850703	183	2.5	181	84	3	559	25	28	26	18	1.98
24850593--24850645	26	2.0	26	82	7	63	30	20	22	26	1.98
24850802--24851019	115	1.9	116	86	0	312	22	16	16	44	1.86
24851003--24851044	12	3.3	12	93	6	66	30	0	9	59	1.29
24851402--24851461	26	2.4	25	81	10	61	35	18	20	26	1.95
24851440--24851904	159	2.9	157	76	6	454	23	30	26	19	1.98
24852285--24852337	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
24851732--24853107	367	3.8	366	83	2	1561	22	28	27	21	1.99
24852653--24852702	26	1.9	26	95	0	91	28	20	28	24	1.99
24853777--24854320	159	3.4	160	76	7	509	23	30	28	18	1.97
24854632--24855056	159	2.7	159	79	3	455	22	30	27	19	1.98
24855085--24855137	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
24855452--24855503	26	2.0	26	96	0	95	25	19	25	30	1.98
24856432--24856761	170	2.0	168	82	4	405	20	32	29	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24856798--24856850	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
24857725--24858227	159	3.2	157	78	4	499	23	30	27	18	1.98
24858201--24858253	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
24858569--24858621	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
24859791--24859843	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
24860145--24860195	26	2.0	26	88	0	75	27	17	25	29	1.98
24861368--24861418	26	2.0	26	92	0	84	25	13	31	29	1.94
24862420--24862472	26	2.0	26	85	0	70	28	18	26	26	1.98
24863166--24863605	159	2.8	158	75	2	423	24	29	27	18	1.98
24863637--24863696	26	2.3	26	94	0	102	18	20	33	28	1.96
24864504--24865005	158	3.2	158	67	10	376	25	28	25	20	1.99
24864979--24865031	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
24865347--24865399	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
24864797--24866172	367	3.8	363	80	5	1404	23	29	26	19	1.99
24864800--24866158	355	3.8	353	79	7	1304	23	29	26	20	1.99
24867290--24867342	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
24867658--24867710	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
24868406--24868801	159	2.5	159	81	4	469	23	29	28	18	1.98
24869066--24869118	26	2.0	26	88	0	79	28	15	28	28	1.96
24868746--24869460	368	1.9	368	83	1	914	21	28	29	20	1.98
24869675--24870037	158	2.3	157	78	7	385	25	30	25	18	1.98
24870126--24870159	12	2.8	12	100	0	68	26	8	23	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24870764--24870814	26	2.0	26	92	0	84	25	17	27	29	1.98
24870573--24871424	355	2.4	355	83	4	1024	23	29	26	20	1.99
24871161--24871563	171	2.4	171	81	0	475	23	28	27	20	1.99
24871645--24871697	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
24872336--24872386	26	2.0	26	96	0	93	27	15	23	33	1.95
24873558--24873610	26	2.0	26	88	0	79	28	20	26	24	1.99
24874727--24874779	26	2.0	26	82	7	63	28	18	24	28	1.98
24875228--24875280	26	2.0	26	92	7	90	26	16	26	30	1.97
24875591--24875643	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
24876324--24876376	26	2.0	26	82	7	63	28	18	24	28	1.98
24876825--24876877	26	2.0	26	92	7	90	26	16	26	30	1.97
24877188--24877240	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
24877921--24877973	26	2.0	26	85	7	72	28	20	24	26	1.99
24877946--24878364	159	2.6	158	80	7	483	23	30	28	17	1.97
24878423--24878475	26	2.0	26	88	0	79	30	22	20	26	1.98
24878616--24879083	156	3.0	157	73	5	408	22	28	28	20	1.98
24879113--24879165	26	2.0	26	89	7	81	24	20	28	26	1.99
24879481--24879533	26	2.0	26	85	0	70	24	20	26	28	1.99
24880203--24880254	26	2.0	26	85	7	70	26	21	26	25	1.99
24880227--24880591	159	2.3	158	78	7	391	23	30	27	18	1.98
24880704--24880755	26	2.0	26	88	0	77	23	17	30	28	1.97
24881070--24881122	26	2.0	26	88	0	79	26	20	24	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24881809--24882260	160	2.8	160	75	4	446	23	30	27	18	1.98
24882628--24882680	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
24883375--24883731	157	2.3	159	78	5	357	23	31	25	19	1.98
24885699--24885751	26	2.0	26	85	7	72	26	20	26	26	1.99
24886799--24886851	26	2.0	26	85	7	72	26	18	26	28	1.98
24887300--24887352	26	2.0	26	85	7	72	26	18	26	28	1.98
24887484--24887539	26	2.2	26	86	0	76	30	17	23	28	1.97
24887247--24887608	184	2.0	184	83	2	458	24	29	27	19	1.99
24887933--24887983	26	2.0	26	88	0	75	25	15	29	29	1.96
24889168--24889221	26	2.1	26	89	6	83	29	22	24	24	1.99
24889532--24889584	26	2.0	26	89	7	81	22	18	30	28	1.98
24888839--24889635	366	2.2	367	80	5	867	23	28	28	19	1.98
24890254--24890306	26	2.0	26	89	7	81	26	16	26	30	1.97
24891376--24891408	11	3.0	11	95	0	57	15	36	30	18	1.91
24891503--24891865	158	2.3	157	78	9	389	23	29	27	19	1.98
24893584--24893660	26	3.0	26	94	0	127	25	16	29	27	1.97
24893322--24894004	370	1.8	369	81	4	849	22	28	26	21	1.99
24893952--24894004	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
24894856--24894908	26	2.0	26	85	7	72	26	18	26	28	1.98
24895357--24895409	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
24895727--24895779	26	2.0	26	92	0	88	28	15	24	32	1.95
24896450--24896502	26	2.0	26	85	7	72	26	18	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24896951--24897003	26	2.0	26	85	0	70	26	20	26	26	1.99
24897318--24897370	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
24898588--24898640	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
24898864--24898915	26	2.0	26	88	7	79	26	17	26	28	1.97
24898398--24898934	276	1.9	276	83	2	684	24	29	24	20	1.99
24899959--24900507	159	3.5	157	80	2	573	24	32	26	16	1.96
24907116--24907168	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
24906456--24908258	355	5.2	353	75	9	1309	23	28	26	20	1.99
24907459--24907510	25	2.0	26	96	3	97	28	21	23	26	1.99
24909418--24909467	26	1.9	26	87	0	73	26	22	26	26	2.00
24910177--24910749	158	3.6	156	78	4	558	23	28	28	19	1.98
24910176--24910787	317	1.9	317	82	2	764	23	29	27	19	1.98
24911302--24911353	26	2.0	26	88	0	77	26	17	26	28	1.97
24912023--24912075	26	2.0	26	82	7	63	26	20	26	26	1.99
24912505--24912557	26	2.0	26	85	0	70	24	22	26	26	2.00
24912873--24912930	26	2.2	27	93	3	100	24	20	27	27	1.99
24913631--24914132	158	3.2	156	74	6	438	23	29	27	19	1.98
24914106--24914158	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
24913945--24914933	355	2.7	354	83	4	1063	23	28	26	20	1.99
24914855--24915356	159	3.2	159	75	5	395	22	29	27	20	1.99
24915330--24915382	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
24916441--24916805	159	2.3	159	82	2	448	25	28	25	19	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24916441--24916848	159	2.6	158	79	4	437	25	28	26	19	1.99
24917706--24917758	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
24918428--24918480	26	2.0	26	85	7	72	28	15	26	30	1.96
24918743--24919078	171	2.0	170	81	6	403	22	32	26	19	1.97
24919100--24919152	26	2.0	26	85	7	72	26	16	26	30	1.97
24918839--24919553	367	1.9	368	82	1	898	23	29	26	20	1.99
24919467--24919519	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
24920186--24920780	157	3.8	157	82	2	640	24	30	26	18	1.98
24920186--24920831	316	2.1	302	80	6	695	24	30	26	18	1.98
24920805--24920857	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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