genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11894541--11894593	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
11894566--11895034	159	3.0	158	81	3	537	22	32	28	16	1.96
11895043--11895095	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
11895753--11895831	26	3.0	24	80	7	77	26	20	22	30	1.98
11896475--11896527	26	2.0	26	85	0	70	28	20	26	24	1.99
11896684--11896739	26	2.2	26	93	6	96	28	16	23	32	1.96
11896228--11896945	392	1.8	391	83	4	944	24	27	25	21	1.99
11897618--11898080	159	2.9	158	82	4	479	23	30	26	19	1.98
11898525--11898577	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
11898550--11899051	159	3.2	158	77	5	397	23	28	26	20	1.99
11899025--11899077	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
11899117--11899141	13	1.9	13	100	0	50	16	16	56	12	1.68
11899859--11899911	26	2.0	26	88	0	79	28	20	26	24	1.99
11900491--11900534	11	4.0	11	87	0	61	20	36	25	18	1.95
11900604--11900655	26	2.0	25	92	3	86	28	19	23	28	1.98
11900603--11901361	342	2.2	341	79	4	811	24	29	26	20	1.99
11901300--11901352	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
11901202--11901613	210	2.0	209	86	0	581	22	28	28	21	1.99
11901656--11902036	159	2.4	158	74	7	360	23	30	25	20	1.98
11902010--11902062	26	2.0	26	85	7	72	26	20	24	28	1.99
11902206--11902258	26	2.0	26	92	0	88	28	20	26	24	1.99
11901984--11902365	196	1.9	196	85	3	527	21	28	28	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11902231--11902733	159	3.2	158	75	6	491	22	29	27	19	1.98
11900972--11902784	695	2.6	699	81	5	2056	22	29	27	20	1.99
11902707--11902759	26	2.0	26	88	0	79	26	20	28	24	1.99
11903774--11904235	159	2.9	156	74	8	425	24	29	27	19	1.98
11903798--11904298	158	3.2	156	75	5	481	24	29	25	19	1.98
11904272--11904324	26	2.0	26	92	0	88	28	22	22	26	1.99
11903440--11905024	672	2.4	677	82	4	1816	24	30	26	19	1.98
11904945--11904995	26	2.0	26	88	0	75	31	21	21	25	1.98
11905852--11905903	26	2.0	26	92	0	86	25	17	28	28	1.97
11905877--11906548	158	4.2	158	76	8	547	22	29	27	20	1.98
11906522--11906574	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
11912807--11912859	27	2.0	27	85	7	74	26	16	28	28	1.97
11912833--11913601	159	4.9	159	79	4	764	23	29	27	19	1.98
11912833--11913601	317	2.4	316	83	2	909	23	29	27	19	1.98
11913637--11913689	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
11913663--11914163	159	3.2	155	77	7	499	23	28	27	19	1.99
11914137--11914189	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
11914552--11914888	158	2.1	157	85	5	457	23	30	26	20	1.98
11915582--11916074	158	3.1	157	77	5	474	23	29	26	20	1.99
11916055--11916107	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
11916803--11917762	159	6.0	159	73	9	653	22	30	27	18	1.97
11917737--11917776	21	1.9	21	100	0	80	15	50	20	15	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11916803--11917916	316	3.4	328	80	5	951	23	30	27	18	1.97
11918702--11919264	157	3.6	158	78	4	571	22	29	29	18	1.97
11919861--11919913	26	2.0	26	96	0	97	28	20	22	28	1.99
11920217--11920269	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
11920058--11920427	184	2.0	184	85	2	492	24	28	27	20	1.99
11921556--11921608	26	2.0	26	85	7	72	26	20	26	26	1.99
11921581--11921949	171	2.2	170	81	4	429	21	30	28	19	1.98
11921923--11921975	26	2.0	26	85	7	72	30	18	24	26	1.98
11921359--11922084	367	2.0	352	81	5	846	21	30	28	19	1.98
11921948--11922363	159	2.6	155	78	6	458	22	29	30	18	1.97
11922424--11922474	26	2.0	26	92	0	84	29	13	27	29	1.94
11923646--11923698	26	2.0	26	88	0	79	28	20	26	24	1.99
11924014--11924066	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
11923855--11924223	184	2.0	184	87	2	526	24	29	26	20	1.99
11926445--11926568	60	2.1	60	93	0	212	41	8	29	20	1.81
11930199--11930251	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
11930919--11930968	26	1.9	26	88	8	75	30	16	24	30	1.96
11931419--11931471	26	2.0	26	85	0	70	26	15	28	30	1.96
11932167--11932602	158	2.8	157	75	5	403	23	30	28	18	1.97
11932167--11932664	157	3.2	157	74	5	448	22	29	27	19	1.98
11932638--11932690	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
11933361--11933413	26	2.0	26	96	0	97	28	20	26	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11933389--11933886	158	3.2	157	74	5	466	23	29	28	18	1.97
11933860--11933912	26	2.0	26	100	0	106	22	16	30	30	1.96
11934654--11934690	11	3.4	11	100	0	74	18	32	29	18	1.96
11934760--11934810	26	2.0	26	88	0	75	31	17	23	27	1.97
11934785--11935237	159	2.9	158	79	3	473	23	29	28	18	1.98
11935298--11935661	157	2.3	157	78	7	405	24	30	26	19	1.98
11935298--11935799	159	3.2	157	76	7	451	22	30	27	19	1.98
11934758--11935895	512	2.2	500	83	5	1364	24	28	27	19	1.99
11935773--11935825	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
11936171--11936223	26	2.0	26	86	13	74	33	16	22	26	1.96
11937237--11937289	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
11938585--11938635	26	2.0	26	84	0	66	27	19	27	25	1.99
11939131--11939428	159	1.9	158	81	3	366	24	28	28	18	1.98
11940200--11940252	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
11940751--11940803	26	2.0	26	85	7	72	32	20	20	26	1.98
11940776--11941134	158	2.3	158	78	5	375	25	28	25	20	1.99
11941974--11942026	26	2.0	26	89	7	81	30	22	20	26	1.98
11941999--11942421	159	2.7	159	77	4	397	24	28	27	18	1.98
11943049--11943341	159	1.9	157	81	4	365	22	30	26	20	1.98
11943357--11943407	26	2.0	26	88	0	75	27	17	27	27	1.98
11944592--11944642	26	2.0	26	84	7	68	29	13	25	31	1.94
11945287--11945696	197	2.1	195	84	4	522	25	29	23	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11945797--11946096	155	1.9	155	93	0	510	26	27	26	20	1.99
11947346--11947398	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
11947688--11947740	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
11947043--11947803	343	2.2	343	82	4	939	24	29	27	18	1.98
11948435--11948885	158	2.8	157	82	4	507	22	30	27	19	1.98
11948923--11948972	26	1.9	26	91	0	82	30	24	24	22	1.99
11948948--11949389	159	2.8	158	79	5	464	22	29	29	18	1.98
11948409--11949396	513	1.9	513	80	5	1131	22	29	28	19	1.98
11949425--11949476	26	2.0	26	88	0	77	23	17	28	30	1.97
11950147--11950198	26	2.0	26	88	7	79	28	17	21	32	1.96
11950174--11950603	159	2.7	159	78	3	447	24	30	27	16	1.97
11950146--11951283	511	2.2	510	83	6	1386	24	29	26	18	1.98
11950686--11951185	157	3.2	156	75	5	450	25	30	25	19	1.98
11951159--11951211	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
11951930--11952401	159	3.0	158	78	7	524	22	30	27	19	1.98
11952383--11952435	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
11953239--11953291	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
11953989--11954358	185	2.0	183	84	4	476	23	30	27	19	1.98
11954174--11954675	159	3.2	156	80	4	519	22	31	28	18	1.97
11954649--11954701	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
11961184--11961608	159	2.7	157	79	5	455	24	29	28	17	1.97
11961656--11961708	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11962367--11962419	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
11963095--11963522	158	2.7	158	80	4	452	25	28	26	18	1.98
11964291--11964342	26	2.0	26	88	7	79	32	17	23	26	1.96
11964645--11964694	26	1.9	26	88	8	75	28	20	26	26	1.99
11964670--11965168	159	3.1	158	80	6	528	22	31	27	18	1.97
11966148--11966200	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
11966656--11966707	26	2.0	26	96	0	95	25	19	25	30	1.98
11967991--11968043	26	2.0	26	85	7	72	26	18	24	30	1.98
11968359--11968409	26	2.0	26	84	7	68	33	13	21	31	1.92
11968858--11968913	26	2.2	26	93	0	94	25	19	25	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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