genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.320.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  320  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29817422--29817861	159	2.8	159	76	8	439	22	29	27	20	1.99
29818647--29819148	158	3.2	156	78	5	515	22	28	27	21	1.99
29819122--29819174	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
29820039--29820091	26	2.0	26	82	7	63	30	22	24	22	1.99
29820064--29820565	159	3.2	157	76	8	441	21	30	29	18	1.97
29820539--29820591	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
29820901--29820972	26	2.8	26	93	0	117	23	18	29	29	1.97
29821599--29821651	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
29821941--29821993	26	2.0	26	89	7	81	24	18	28	28	1.98
29822150--29822202	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
29822651--29822702	25	2.0	26	85	3	70	26	19	26	26	1.99
29823386--29823437	26	2.0	26	92	7	88	30	19	23	26	1.98
29823727--29823779	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
29824550--29824602	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
29825245--29825297	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
29825644--29826241	159	3.8	157	77	5	549	22	30	26	20	1.98
29825643--29826241	317	1.9	317	81	2	727	22	30	27	20	1.98
29826668--29826720	26	2.0	26	89	7	81	30	18	24	26	1.98
29826693--29827510	317	2.6	316	80	6	857	24	31	25	18	1.98
29826693--29827510	159	5.2	156	73	7	576	24	31	25	18	1.98
29827487--29827536	26	1.9	26	88	8	75	28	22	28	22	1.99
29828045--29828344	159	1.9	158	82	0	375	21	32	30	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29830479--29830539	27	2.3	27	97	0	113	29	31	18	21	1.96
29835021--29835073	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
29835032--29835090	26	2.2	26	81	3	64	35	23	18	22	1.96
29835207--29835257	26	2.0	26	92	0	84	25	17	29	27	1.98
29835419--29835470	25	2.0	26	89	10	81	28	19	25	26	1.98
29835444--29835945	158	3.2	157	76	6	442	24	30	25	20	1.99
29835919--29835969	26	2.0	26	88	0	75	23	17	29	29	1.97
29836266--29836322	26	2.2	26	96	0	105	14	40	24	21	1.90
29836327--29836377	26	2.0	26	92	7	86	31	15	23	29	1.95
29836934--29836986	26	2.0	26	88	0	79	28	18	22	30	1.98
29837433--29837485	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
29839144--29839196	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
29839645--29839697	26	2.0	26	85	0	70	26	18	24	30	1.98
29840380--29840432	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
29840405--29840833	160	2.7	159	77	6	413	23	30	28	17	1.97
29840879--29840930	25	2.1	25	92	0	86	26	17	25	30	1.97
29840569--29841363	341	2.3	342	84	4	989	23	30	27	19	1.98
29841223--29841275	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
29840569--29841532	341	2.8	339	80	5	986	23	29	27	19	1.98
29841419--29841868	200	2.3	199	85	2	566	24	26	27	22	2.00
29841791--29841841	26	2.0	26	84	7	68	35	11	25	27	1.91
29841817--29842318	159	3.2	158	78	5	503	23	31	26	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29842294--29842344	26	2.0	26	88	7	77	25	15	29	29	1.96
29843005--29843057	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
29843569--29844070	160	3.2	158	78	4	510	22	30	27	19	1.98
29844044--29844095	26	2.0	26	85	7	70	25	17	28	28	1.97
29846013--29846064	26	2.0	26	88	7	79	30	19	23	26	1.98
29849336--29849388	26	2.0	26	85	7	72	30	18	24	26	1.98
29849678--29849730	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
29850058--29850110	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
29849333--29850193	367	2.4	341	79	12	904	25	28	25	20	1.99
29850241--29850900	159	4.2	158	75	4	535	23	30	26	19	1.98
29850083--29850900	317	2.6	313	82	3	917	23	30	26	19	1.98
29850083--29850900	159	5.2	157	73	7	417	23	30	26	19	1.98
29850874--29850926	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
29851233--29851282	25	2.0	25	88	0	73	24	18	28	30	1.97
29850689--29851662	354	2.8	352	87	1	1394	24	28	26	20	1.99
29852108--29852158	26	2.0	26	92	0	84	27	15	27	29	1.96
29852488--29852540	26	2.0	26	82	7	63	32	22	20	24	1.98
29852316--29852835	196	2.6	196	83	5	640	26	30	23	20	1.99
29852708--29853066	158	2.3	158	77	7	370	26	30	23	18	1.98
29852708--29853088	159	2.4	158	76	6	385	25	30	24	18	1.98
29853174--29853227	26	2.1	26	92	0	90	25	20	27	25	1.99
29854227--29854279	26	2.0	26	92	0	88	24	16	26	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29854221--29854581	196	1.8	196	84	4	487	24	28	25	22	1.99
29854448--29855074	317	2.0	317	79	5	696	23	30	25	19	1.98
29858119--29858166	23	2.1	23	100	0	96	22	29	22	25	1.99
29861646--29862138	158	3.1	156	77	6	465	24	30	25	19	1.99
29862120--29862172	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
29862330--29862972	158	4.1	158	73	8	420	24	28	26	20	1.99
29863647--29863699	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
29863990--29864042	26	2.0	26	92	0	88	22	20	28	28	1.99
29864226--29864705	158	3.0	157	76	6	466	22	29	27	19	1.98
29865452--29865504	26	2.0	26	100	0	106	30	20	22	26	1.98
29866481--29866535	26	2.1	27	93	3	94	29	16	29	25	1.97
29867198--29867250	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
29867854--29868463	316	1.9	315	87	1	889	23	32	26	18	1.97
29868508--29868560	26	2.0	26	88	0	79	24	16	30	28	1.97
29868888--29868940	26	2.0	26	85	7	72	30	16	24	28	1.97
29869384--29869436	26	2.0	26	92	7	90	24	22	26	26	2.00
29868465--29870313	863	2.2	845	81	5	2081	23	29	25	21	1.99
29870229--29870281	26	2.0	26	92	0	88	24	20	26	28	1.99
29870340--29870882	158	3.4	154	75	7	462	22	29	26	20	1.98
29870354--29870809	159	2.9	155	75	8	407	24	30	26	18	1.98
29870856--29870908	26	2.0	26	85	7	72	24	20	28	26	1.99
29871569--29871619	26	2.0	26	84	0	66	29	17	25	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29870539--29872070	343	4.4	344	77	8	1331	23	28	27	20	1.99
29872424--29872476	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
29872830--29873281	159	2.8	158	79	4	498	21	30	28	18	1.97
29874232--29874523	159	1.8	158	81	2	361	22	29	27	20	1.98
29874538--29874590	26	2.0	26	88	0	79	26	20	24	28	1.99
29875582--29875634	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
29876071--29876122	26	2.0	26	81	7	61	28	15	25	30	1.96
29876536--29876586	26	2.0	26	88	7	77	31	17	21	29	1.96
29876733--29876785	26	2.0	26	85	7	72	30	15	24	30	1.95
29877630--29877679	26	1.9	26	92	8	84	30	20	24	26	1.98
29877656--29878191	154	3.4	154	73	6	463	23	29	27	19	1.98
29878813--29878863	26	2.0	26	92	0	84	27	15	23	33	1.95
29878976--29879296	171	1.9	171	87	1	473	24	28	28	18	1.98
29879369--29879735	158	2.3	158	75	6	353	24	29	25	19	1.98
29880174--29880226	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
29880003--29880440	196	2.2	196	88	1	628	22	26	26	23	2.00
29880370--29880422	26	2.0	26	85	7	72	26	22	24	26	2.00
29881296--29881346	26	2.0	26	88	7	77	33	15	21	29	1.94
29881461--29881783	159	2.0	158	82	4	382	22	30	28	18	1.98
29881662--29881923	134	2.0	134	83	3	330	21	32	27	18	1.97
29882603--29882655	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
29882629--29883130	158	3.2	157	73	6	449	26	29	23	19	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29883104--29883156	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
29884162--29884590	158	2.7	157	76	4	387	24	27	27	20	1.99
29883853--29884621	159	4.9	159	71	7	526	23	29	27	19	1.98
29884969--29885021	26	2.0	26	85	7	72	26	18	24	30	1.98
29885467--29885516	26	1.9	26	95	0	91	28	20	28	24	1.99
29885673--29886158	158	3.1	156	75	6	471	22	29	26	20	1.99
29886372--29886867	158	3.1	155	75	7	453	23	29	27	19	1.98
29886841--29886893	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
29887194--29887246	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
29887536--29887588	26	2.0	26	96	0	97	24	20	26	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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