genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.285.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  285  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27243092--27243472	159	2.4	159	77	6	353	26	30	22	19	1.98
27243610--27243661	26	2.0	26	88	7	79	28	17	25	28	1.97
27243636--27244135	158	3.2	156	75	7	458	25	28	25	21	1.99
27244319--27244369	26	2.0	26	84	7	68	31	9	23	35	1.87
27244761--27244811	26	2.0	26	88	0	75	25	19	25	29	1.99
27245474--27245525	26	2.0	26	92	3	88	26	17	25	30	1.97
27245808--27246342	159	3.4	157	79	5	531	23	30	25	20	1.98
27246316--27246367	26	2.0	26	92	0	86	25	17	28	28	1.97
27247597--27247649	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
27247942--27247994	26	2.0	26	85	7	72	30	20	20	28	1.98
27249477--27249529	26	2.0	26	92	7	90	26	16	26	30	1.97
27250358--27250410	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
27250550--27250628	26	3.0	26	94	3	133	29	18	24	27	1.98
27251408--27251802	158	2.5	158	77	5	393	24	29	26	20	1.99
27251408--27251846	159	2.8	158	76	4	418	23	29	27	19	1.98
27251885--27251936	26	2.0	26	88	0	77	26	17	26	28	1.97
27252606--27252965	197	1.8	197	85	4	512	23	27	26	21	1.99
27253299--27253351	26	2.0	26	92	0	88	24	20	26	28	1.99
27253324--27253692	171	2.2	170	83	5	449	22	28	27	21	1.99
27254225--27254277	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
27254421--27254473	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
27254446--27255007	159	3.5	159	78	2	459	22	28	28	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27255082--27255134	26	2.0	26	85	0	70	30	22	20	26	1.98
27255974--27256324	157	2.2	158	83	5	433	24	31	27	17	1.97
27256035--27256389	157	2.3	155	82	6	462	21	31	29	17	1.96
27255817--27256462	158	4.1	157	78	2	560	22	30	27	19	1.98
27256436--27256488	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
27256610--27257018	160	2.6	157	75	7	403	23	29	26	20	1.99
27258053--27258105	26	2.0	26	92	0	88	24	20	26	28	1.99
27258889--27258914	11	2.4	11	100	0	52	11	30	38	19	1.87
27258984--27259036	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
27259180--27259232	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
27258982--27259341	196	1.8	197	86	3	519	25	26	24	23	2.00
27259436--27259727	159	1.8	159	84	0	404	20	31	28	19	1.97
27259436--27259766	159	2.1	159	83	0	401	20	30	30	19	1.97
27259841--27259893	26	2.0	26	85	0	70	30	22	20	26	1.98
27260732--27261087	160	2.2	162	80	11	396	23	30	27	17	1.97
27260852--27261225	160	2.4	158	81	7	402	22	30	27	19	1.98
27261199--27261251	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
27261417--27261911	159	3.1	159	76	6	520	23	28	27	21	1.99
27261885--27261937	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
27262900--27262949	24	2.1	24	100	0	100	8	24	30	38	1.84
27268461--27268511	26	2.0	26	88	7	77	33	15	23	27	1.95
27269179--27269257	26	3.0	26	88	3	115	34	18	18	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27269230--27269659	159	2.7	158	75	8	392	25	28	26	19	1.99
27269710--27269757	25	1.9	25	91	0	78	27	22	27	22	1.99
27269743--27270471	321	2.3	320	81	7	824	25	29	25	19	1.99
27269743--27270554	321	2.5	320	80	6	794	24	29	25	20	1.99
27269743--27270554	159	5.1	156	70	8	481	24	29	25	20	1.99
27270528--27270580	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
27271260--27271699	159	2.8	160	74	8	423	24	29	27	18	1.98
27271738--27271788	26	2.0	26	88	7	77	29	19	25	25	1.99
27272622--27272674	26	2.0	26	89	7	81	26	15	26	32	1.95
27273893--27273945	26	2.0	26	85	7	72	32	20	20	26	1.98
27274393--27274445	26	2.0	26	85	7	72	26	16	26	30	1.97
27275029--27275057	11	2.6	11	100	0	58	20	31	31	17	1.96
27275126--27275179	26	2.1	26	89	6	83	27	18	25	27	1.98
27275152--27275654	159	3.2	158	73	9	416	24	29	25	19	1.98
27275628--27275679	25	2.0	26	88	3	79	26	21	23	28	1.99
27276007--27276059	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
27275443--27276125	366	1.9	357	80	8	764	24	29	26	19	1.98
27276508--27276560	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
27276850--27276902	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
27277571--27277621	26	2.0	26	92	7	86	29	19	23	27	1.98
27277601--27277981	159	2.4	158	78	8	389	22	31	28	18	1.97
27277601--27277990	158	2.5	157	78	7	387	22	31	28	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27278098--27278150	26	2.0	26	85	7	72	26	15	24	33	1.95
27278282--27278334	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
27278920--27278972	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
27279661--27279713	26	2.0	26	92	0	88	28	16	26	28	1.97
27280041--27280145	26	4.0	26	97	2	194	29	20	23	26	1.99
27280592--27280644	26	2.0	26	86	13	74	26	18	24	30	1.98
27281876--27282302	196	2.2	195	81	2	482	25	28	24	21	1.99
27281947--27282380	196	2.2	196	79	3	451	23	29	26	20	1.99
27282267--27282761	158	3.1	158	78	5	487	23	30	26	18	1.98
27285501--27285553	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
27285989--27286041	26	2.0	26	85	7	72	26	20	24	28	1.99
27286489--27286540	26	2.0	26	92	0	86	25	19	26	28	1.98
27286892--27287385	159	3.1	158	78	3	517	22	30	27	19	1.98
27287359--27287411	26	2.0	26	85	0	70	26	20	26	26	1.99
27288110--27288431	158	2.0	158	85	3	425	22	29	27	21	1.99
27288405--27288457	26	2.0	26	85	7	72	26	18	24	30	1.98
27288247--27288615	184	2.0	184	80	5	415	24	28	25	21	1.99
27288031--27288664	342	1.9	342	84	3	864	24	28	25	21	1.99
27291376--27291427	26	2.0	26	85	7	70	32	21	23	23	1.98
27292599--27292648	25	2.0	25	92	0	82	26	14	30	30	1.94
27292635--27293232	159	3.8	157	76	4	581	22	30	27	18	1.97
27293303--27293792	159	3.1	159	74	7	417	23	30	26	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27292781--27293745	513	1.9	512	82	1	1209	23	29	26	19	1.98
27293293--27293710	159	2.6	156	76	6	419	25	28	27	18	1.98
27294477--27294529	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
27294502--27294968	159	2.9	158	78	5	406	23	30	27	18	1.97
27295155--27295648	159	3.1	152	75	12	426	23	31	27	18	1.97
27294502--27296152	683	2.4	683	87	1	2331	23	29	27	19	1.99
27296040--27296843	317	2.5	317	81	2	844	24	29	25	20	1.99
27295848--27296785	159	5.9	157	72	7	513	24	30	26	19	1.98
27296823--27296873	26	2.0	26	84	0	66	29	19	23	27	1.98
27297555--27298133	159	3.7	158	76	4	556	22	29	28	19	1.98
27299080--27299146	26	2.6	26	95	0	116	23	17	28	29	1.97
27299613--27299662	26	1.9	26	91	0	82	30	20	26	24	1.98
27299956--27300008	26	2.0	26	88	0	79	24	16	30	28	1.97
27299476--27300236	341	2.2	344	84	4	996	24	27	26	20	1.99
27300274--27300624	170	2.1	170	84	4	458	22	31	27	18	1.97
27300274--27300664	170	2.3	170	82	6	445	22	31	26	19	1.98
27300981--27301033	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
27301360--27301801	169	2.7	165	78	7	474	23	30	27	18	1.98
27302191--27302243	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
27302570--27303011	169	2.7	165	78	7	474	23	30	27	18	1.98
27303401--27303453	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
27303571--27304026	159	2.9	159	73	5	454	22	28	28	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27304087--27304139	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
27304945--27304997	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
27305515--27305905	158	2.5	158	80	5	448	23	30	26	20	1.98
27305515--27305972	159	2.9	158	78	5	474	22	29	28	20	1.98
27306777--27307067	158	1.8	158	81	2	361	21	30	27	19	1.98
27307272--27307794	159	3.3	158	75	5	500	23	29	27	20	1.99
27307768--27307820	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
27308339--27308729	158	2.5	158	80	5	448	23	30	26	20	1.98
27308339--27308796	159	2.9	158	78	5	474	22	29	28	20	1.98
27309603--27309893	158	1.8	158	81	2	361	21	30	27	19	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402