genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.196.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  196  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20743718--20744082	159	2.3	159	80	5	389	18	25	30	25	1.98
20744052--20744106	26	2.1	26	86	6	76	30	21	18	29	1.97
20744460--20744512	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
20745544--20746190	157	4.1	156	78	5	624	21	26	28	23	1.99
20746348--20746400	26	2.0	26	89	7	81	24	26	22	26	2.00
20746514--20746878	159	2.3	160	79	4	405	21	26	28	24	1.99
20746850--20746902	26	2.0	26	85	7	72	28	24	20	26	1.99
20747209--20747261	26	2.0	26	89	7	81	33	28	15	22	1.94
20748174--20748590	159	2.6	155	81	6	437	18	28	29	23	1.98
20748242--20748590	158	2.2	159	81	6	395	20	26	29	23	1.99
20748534--20748925	210	1.9	210	84	2	536	22	23	27	26	1.99
20748862--20749313	157	2.9	158	76	6	371	18	27	31	23	1.97
20749997--20750049	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
20750023--20750523	159	3.2	155	72	7	443	21	24	28	25	1.99
20750931--20751017	26	3.3	26	96	0	165	28	26	18	26	1.98
20752245--20752297	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
20752345--20752981	158	3.9	159	78	6	613	18	27	31	23	1.97
20752271--20752933	316	2.1	316	81	7	735	19	26	30	22	1.98
20752652--20753112	171	2.7	170	81	4	498	19	27	30	22	1.98
20752308--20752977	329	2.1	316	80	7	724	19	26	31	22	1.98
20753112--20753612	159	3.2	158	75	7	496	20	27	28	23	1.99
20754297--20754349	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20753068--20754521	710	2.0	710	80	4	1651	21	26	28	24	1.99
20754760--20755192	170	2.5	170	82	4	530	16	27	31	24	1.97
20755166--20755270	26	4.0	26	91	4	167	28	29	17	24	1.97
20755413--20755465	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
20756200--20756661	159	2.9	158	79	5	423	20	26	29	23	1.99
20756634--20756712	26	3.0	25	90	7	115	30	21	17	30	1.96
20757039--20757091	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
20757065--20757564	159	3.2	158	79	4	535	20	26	30	23	1.98
20757276--20757564	157	1.8	157	85	2	411	21	27	28	22	1.99
20757538--20757590	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
20757906--20757958	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
20756660--20759094	881	2.8	870	79	4	2619	20	26	29	23	1.99
20759855--20759907	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
20762423--20762474	25	2.0	26	92	3	88	26	25	21	26	1.99
20762901--20762953	26	2.0	26	92	7	90	28	26	18	26	1.98
20763184--20763617	158	2.7	156	75	6	415	20	27	29	23	1.98
20764210--20764262	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
20764286--20764339	24	2.2	24	96	0	99	35	29	31	3	1.75
20764286--20764330	12	3.8	12	93	0	81	33	28	35	2	1.70
20765930--20765982	26	2.0	26	88	0	79	26	28	16	28	1.97
20766044--20766443	159	2.5	160	79	6	420	17	27	30	24	1.97
20766044--20766484	158	2.8	158	75	7	419	18	27	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20767070--20767122	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
20767476--20767903	159	2.7	158	77	7	438	22	25	29	22	1.99
20767952--20768002	26	2.0	26	92	0	84	33	31	9	25	1.88
20767422--20768536	501	2.2	501	80	3	1215	21	26	28	23	1.99
20767978--20768469	159	3.1	157	74	6	472	18	27	30	23	1.98
20769615--20770105	158	3.1	156	74	8	438	19	26	29	24	1.98
20769897--20771192	368	3.6	363	76	10	1237	21	26	28	23	1.99
20770989--20771505	159	3.3	159	76	7	402	21	27	28	22	1.99
20771264--20771643	158	2.4	158	83	1	429	21	25	28	24	1.99
20772311--20772363	26	2.0	26	85	7	72	28	28	18	24	1.98
20778409--20778461	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
20778611--20778664	26	2.1	26	86	6	74	27	25	20	25	1.99
20778637--20779138	159	3.2	157	77	7	532	17	28	31	22	1.96
20779111--20779163	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
20779233--20779265	11	3.0	11	95	0	57	21	27	33	18	1.96
20781732--20781784	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
20787837--20787889	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
20788032--20788085	26	2.1	26	86	6	74	27	25	20	25	1.99
20787731--20788084	195	1.8	195	84	5	482	21	25	27	25	1.99
20788144--20788561	159	2.6	159	77	5	396	17	27	29	24	1.97
20788058--20788560	158	3.2	156	75	6	492	18	27	30	23	1.98
20788533--20788585	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20788655--20788687	11	3.0	11	95	0	57	21	27	33	18	1.96
20789267--20789319	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
20789293--20789786	158	3.1	155	75	7	465	20	26	29	23	1.99
20789760--20789811	26	2.0	27	84	3	70	23	23	21	32	1.98
20789862--20790315	172	2.6	171	78	7	470	19	27	29	23	1.98
20790309--20790361	26	2.0	26	89	7	81	26	28	18	26	1.98
20790335--20790728	159	2.5	157	78	4	416	22	24	28	23	1.99
20790808--20790860	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
20792039--20792091	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
20792236--20792288	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
20791821--20792641	381	2.1	385	82	4	978	22	25	27	24	2.00
20791747--20792641	196	4.7	186	78	8	658	22	26	27	24	2.00
20792420--20792472	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
20793241--20793293	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
20793767--20793818	25	2.0	25	85	10	70	32	23	11	32	1.90
20794318--20794370	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
20795902--20795954	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
20796402--20796454	26	2.0	26	89	7	81	32	24	15	28	1.95
20796244--20796792	185	3.0	177	80	6	552	22	26	27	24	2.00
20796587--20796639	26	2.0	26	85	0	70	28	28	16	26	1.97
20796752--20797109	158	2.3	159	78	6	377	20	25	29	24	1.99
20795891--20797523	679	2.3	690	82	6	1901	21	26	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20797081--20797133	26	2.0	26	85	7	72	30	22	18	28	1.98
20798747--20799239	158	3.1	157	73	7	343	22	26	28	22	1.99
20799345--20799921	159	3.6	158	72	8	470	19	29	27	23	1.98
20800223--20800691	196	2.4	196	84	2	613	20	27	28	24	1.99
20800495--20800861	171	2.2	169	81	3	423	20	26	29	22	1.99
20800547--20801022	159	2.9	169	77	9	399	20	27	30	22	1.98
20800994--20801046	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
20801715--20801767	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
20805762--20806141	158	2.4	159	79	6	414	20	26	29	23	1.99
20805732--20806141	159	2.6	160	79	6	424	19	27	28	23	1.98
20806113--20806165	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
20806005--20806532	196	2.7	195	84	3	634	20	25	28	24	1.99
20807885--20808337	159	2.9	159	81	3	502	17	28	30	23	1.97
20809066--20809549	158	3.1	157	78	4	481	19	27	29	22	1.98
20809532--20809636	26	4.0	26	81	14	119	26	24	20	27	1.99
20809610--20810741	158	7.2	159	74	5	774	19	26	29	23	1.98
20809610--20810741	317	3.6	315	80	3	1184	19	26	29	23	1.98
20811428--20811477	26	2.0	26	88	4	75	30	28	14	28	1.95
20811592--20812644	159	6.5	156	70	11	598	19	26	29	23	1.98
20811453--20812771	317	4.0	317	77	8	1250	20	27	29	23	1.98
20811355--20813270	659	2.9	664	83	5	2223	19	27	29	23	1.98
20812148--20812644	158	3.1	156	75	7	464	18	27	31	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20812757--20812809	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
20813243--20813295	26	2.0	26	85	7	72	26	24	18	30	1.98
20813964--20814016	26	2.0	26	88	0	79	26	28	22	22	1.99
20814079--20814493	159	2.6	160	77	5	412	18	28	30	23	1.97
20814465--20814517	26	2.0	26	85	7	72	26	18	24	30	1.98
20814981--20815032	25	2.0	26	92	3	88	26	25	19	28	1.98
20815070--20815507	159	2.8	157	77	5	450	17	26	32	24	1.96
20816215--20816267	26	2.0	26	88	0	79	30	22	18	28	1.98
20816680--20817016	171	2.0	171	81	3	392	21	27	29	21	1.99
20816692--20817084	171	2.3	171	77	3	369	22	27	27	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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