genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.240.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  240  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24006621--24007118	157	3.1	158	76	9	440	25	31	24	18	1.98
24007099--24007149	26	2.0	26	88	7	77	25	19	23	31	1.98
24007833--24007903	26	2.7	26	97	0	133	32	15	21	30	1.94
24008040--24008331	159	1.8	159	79	1	334	24	28	27	19	1.99
24008850--24008902	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
24009254--24009761	158	3.2	156	75	9	447	23	29	27	19	1.98
24009735--24009787	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
24011004--24011546	158	3.4	158	75	5	515	23	29	26	19	1.99
24014620--24014670	26	2.0	26	92	0	84	25	17	27	29	1.98
24014891--24015900	514	2.0	514	85	1	1382	23	29	26	21	1.99
24015498--24015915	159	2.6	159	77	4	407	23	27	28	20	1.99
24015974--24016026	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
24016158--24016210	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
24015838--24016280	184	2.4	183	79	4	505	25	26	27	20	1.99
24016501--24016553	26	2.0	26	92	0	88	24	22	26	26	2.00
24016012--24016648	343	1.9	342	84	3	859	24	30	26	18	1.98
24015657--24016659	527	1.9	527	82	3	1266	23	28	27	20	1.99
24016653--24016685	12	2.7	13	86	13	52	9	36	21	33	1.85
24016709--24016761	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
24017209--24017261	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
24017590--24017642	26	2.0	26	82	7	63	32	16	20	30	1.95
24016688--24018535	881	2.1	881	84	3	2353	24	28	26	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24018092--24018144	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
24016688--24018719	883	2.3	880	82	4	2405	24	29	26	20	1.99
24018781--24018833	26	2.0	26	88	0	79	26	18	28	26	1.98
24019175--24019472	159	1.9	157	81	4	366	24	29	26	19	1.99
24019870--24019919	26	1.9	26	88	8	75	30	20	26	24	1.98
24019334--24020025	367	1.9	360	78	9	745	24	28	26	20	1.99
24019895--24020397	158	3.2	158	76	7	439	21	27	28	22	1.99
24020371--24020423	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
24020186--24020853	355	1.9	362	81	5	832	24	29	25	20	1.99
24020738--24020790	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
24021239--24021291	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
24018971--24021362	868	2.7	861	80	4	2659	23	28	26	21	1.99
24022029--24022081	26	2.0	26	81	0	61	28	22	20	28	1.99
24022392--24023465	513	2.1	507	83	5	1340	22	29	27	20	1.99
24023068--24023355	158	1.8	157	81	4	364	22	28	28	19	1.98
24023387--24023439	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
24024120--24024172	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
24024489--24024541	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
24025228--24025280	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
24025532--24025572	13	3.2	13	85	0	55	12	41	26	19	1.87
24025537--24025573	13	2.8	13	87	0	56	13	40	27	18	1.88
24025609--24025661	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24025952--24026004	26	2.0	26	92	0	88	26	28	18	26	1.98
24025586--24026314	336	2.1	336	81	4	820	19	27	29	23	1.98
24026070--24026473	159	2.6	159	78	4	431	18	27	29	24	1.98
24028327--24028675	158	2.2	157	84	2	450	18	27	31	22	1.97
24028793--24028845	26	2.0	26	88	0	79	24	26	20	28	1.99
24029335--24029387	26	2.0	26	88	0	79	28	30	16	24	1.97
24029361--24029694	157	2.1	157	80	3	366	20	27	29	22	1.99
24029361--24029703	159	2.2	157	79	4	368	20	27	29	22	1.99
24030399--24030451	26	2.0	26	88	0	79	32	26	16	24	1.97
24030764--24030824	25	2.4	25	84	10	81	31	21	19	27	1.97
24030349--24031378	367	2.8	368	82	3	1180	20	26	28	24	1.99
24031287--24032251	494	2.0	492	84	3	1278	20	26	28	25	1.99
24032128--24032180	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
24033228--24033280	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
24032847--24033845	367	2.7	367	81	5	1078	21	26	28	24	1.99
24033595--24033647	26	2.0	26	85	7	72	32	28	15	24	1.95
24033621--24034121	157	3.2	158	77	5	512	20	27	29	22	1.98
24035184--24035235	26	2.0	26	92	0	86	28	28	17	25	1.97
24034764--24036204	368	3.9	366	79	4	1396	21	26	28	23	1.99
24035552--24035602	26	2.0	26	88	0	75	29	29	17	23	1.97
24035854--24035880	13	2.1	13	100	0	54	0	44	33	22	1.53
24036712--24036744	11	3.0	11	90	0	57	24	27	30	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24037445--24037958	158	3.2	156	76	7	439	19	25	29	24	1.98
24037704--24037997	158	1.9	158	87	4	441	18	27	30	23	1.97
24038516--24039018	159	3.2	158	73	5	485	18	26	30	24	1.98
24038992--24039044	26	2.0	26	85	7	72	26	28	18	26	1.98
24039711--24039766	26	2.2	26	90	6	87	28	26	17	26	1.98
24040058--24040110	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
24040735--24040787	26	2.0	26	85	0	70	26	22	20	30	1.98
24040800--24041101	157	1.9	158	88	0	462	19	27	29	23	1.99
24041076--24041128	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
24041762--24043022	355	3.5	360	79	5	1250	21	26	28	23	1.99
24042877--24042928	26	2.0	26	96	0	95	26	28	19	25	1.98
24042483--24043490	549	1.8	558	80	6	1238	20	26	28	24	1.99
24043439--24043491	26	2.0	26	85	7	72	26	22	20	30	1.98
24043841--24043893	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
24044837--24044886	26	1.9	26	91	0	82	24	32	20	24	1.98
24044867--24045362	158	3.1	155	73	9	443	20	27	28	22	1.99
24046030--24046082	26	2.0	26	85	0	70	24	24	22	28	2.00
24046385--24046463	26	3.0	26	96	0	140	26	26	20	26	1.99
24046486--24046779	159	1.9	157	80	5	342	18	26	30	24	1.98
24049718--24049783	32	2.1	32	91	0	105	13	25	31	28	1.94
24050337--24050389	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
24050399--24050684	159	1.8	158	81	0	356	17	27	32	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24050363--24050866	158	3.2	160	77	3	509	19	27	30	23	1.98
24051569--24051621	26	2.0	26	92	0	88	26	24	18	30	1.98
24052290--24052340	26	2.0	26	96	0	93	23	29	19	27	1.98
24051518--24052441	355	2.6	367	79	7	1092	21	27	27	23	1.99
24052316--24052816	159	3.2	155	76	5	493	19	26	29	23	1.98
24052790--24052842	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
24052633--24053185	184	3.0	183	86	1	766	20	27	28	22	1.99
24052974--24053026	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
24052881--24054053	343	3.4	340	77	10	1139	19	26	29	25	1.98
24053317--24053369	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
24053684--24053736	26	2.0	26	85	0	70	24	26	18	30	1.98
24054308--24054333	11	2.4	11	100	0	52	26	30	23	19	1.98
24054828--24054879	25	2.0	25	85	3	68	28	25	17	28	1.97
24054860--24055345	158	3.1	158	74	6	365	18	27	30	23	1.97
24055328--24055380	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
24056655--24056707	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
24057390--24057442	26	2.0	26	85	0	70	30	30	16	22	1.96
24057417--24057916	159	3.2	158	75	5	386	20	26	29	23	1.99
24059783--24059835	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
24062037--24062089	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
24063099--24063151	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
24064271--24064326	26	2.2	26	96	0	103	28	26	19	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24064123--24064485	184	2.0	184	80	4	419	20	28	27	23	1.99
24064642--24064694	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
24064225--24065248	368	2.8	367	85	2	1347	20	28	27	22	1.99
24065010--24065062	26	2.0	26	92	0	88	24	28	22	24	2.00
24065634--24065659	11	2.4	11	100	0	52	26	30	23	19	1.98
24065765--24065817	26	2.0	26	92	0	88	26	28	18	26	1.98
24066133--24066185	26	2.0	26	96	0	97	26	26	22	24	2.00
24065725--24073059	368	19.8	368	71	10	3370	21	26	28	23	1.99
24066501--24066553	26	2.0	26	88	0	79	32	24	16	26	1.97
24066869--24066918	26	1.9	26	91	0	82	24	28	18	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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