genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.242.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  242  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24128425--24128483	26	2.2	27	84	6	84	30	27	18	23	1.98
24128800--24128849	26	1.9	26	88	8	75	28	26	18	28	1.98
24129298--24129350	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
24129420--24129457	11	3.2	12	85	14	53	26	26	28	18	1.98
24130032--24130084	26	2.0	26	81	0	61	32	20	16	30	1.95
24132234--24132286	26	2.0	26	81	0	61	30	18	20	30	1.97
24132602--24132654	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
24134696--24134748	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
24135628--24135680	26	2.0	26	89	7	81	30	26	18	24	1.98
24136304--24136356	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
24136837--24137202	158	2.3	159	79	3	387	20	25	29	24	1.99
24137174--24137226	26	2.0	26	85	7	72	28	28	18	24	1.98
24138581--24138633	26	2.0	26	92	0	88	26	26	22	24	2.00
24138607--24139110	158	3.2	158	72	7	432	21	26	28	23	1.99
24139248--24139770	158	3.3	158	74	4	498	18	26	30	24	1.98
24139744--24139796	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
24141183--24141235	26	2.0	26	92	7	90	28	26	20	24	1.99
24141209--24141711	159	3.2	156	71	10	437	20	25	28	25	1.99
24142776--24142828	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
24143460--24143512	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
24143823--24143878	26	2.1	27	90	3	87	28	28	17	25	1.98
24143118--24144064	368	2.6	368	78	4	955	20	26	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24145080--24145132	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
24147015--24147067	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
24147912--24147990	26	3.0	26	81	0	104	26	27	18	26	1.98
24148306--24148358	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
24147938--24149157	368	3.3	364	81	4	1310	22	25	28	23	1.99
24149042--24149093	26	2.0	26	88	7	79	28	25	19	26	1.98
24149018--24149386	197	1.9	198	85	4	512	21	25	27	25	1.99
24149267--24149607	158	2.2	160	80	2	375	20	26	27	25	1.99
24149558--24150553	367	2.7	365	82	2	1115	20	25	28	24	1.99
24150315--24150367	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
24150471--24150843	157	2.4	158	77	5	344	19	27	29	24	1.98
24150815--24150867	26	2.0	26	85	0	70	24	24	24	26	2.00
24150658--24151026	184	2.0	183	83	3	465	19	27	28	24	1.99
24151121--24151565	184	2.4	184	79	6	508	18	24	29	26	1.98
24150777--24151920	551	2.1	540	82	4	1323	19	26	29	24	1.98
24152672--24152727	26	2.2	26	93	0	94	28	25	19	26	1.99
24152380--24152885	184	2.7	182	80	5	579	21	25	27	25	1.99
24152101--24153253	551	2.1	536	78	6	1135	20	26	28	24	1.99
24153169--24153382	107	2.0	107	84	5	281	18	29	26	25	1.98
24152802--24153750	475	2.0	475	80	4	1090	20	26	28	24	1.99
24153805--24154372	158	3.6	156	75	4	541	18	26	30	23	1.98
24155410--24155462	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24155753--24156675	368	2.5	367	79	4	930	21	26	28	23	1.99
24156462--24156514	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
24156529--24156830	158	1.9	157	82	3	383	18	30	29	21	1.97
24156964--24157016	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
24157687--24157738	26	2.0	26	88	7	79	30	25	15	28	1.96
24158056--24158108	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
24158424--24158476	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
24158793--24158845	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
24157651--24159039	369	3.8	369	80	5	1536	21	26	29	22	1.99
24158819--24159311	158	3.1	157	76	5	508	20	28	29	21	1.98
24160016--24160067	26	2.0	26	92	0	86	26	25	21	26	1.99
24160410--24160914	159	3.2	157	75	7	432	20	26	29	24	1.99
24161608--24161660	26	2.0	26	88	0	79	24	30	18	26	1.98
24161690--24162268	159	3.7	158	74	5	531	19	28	29	22	1.98
24161634--24162455	320	2.6	317	82	3	954	20	27	28	22	1.99
24163149--24163201	26	2.0	26	89	7	81	30	26	18	24	1.98
24163582--24163884	159	1.9	157	82	4	376	20	27	29	22	1.98
24163857--24163909	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
24163077--24164226	343	3.3	343	77	9	1072	20	27	28	23	1.99
24163883--24164385	159	3.2	159	74	9	409	18	27	30	23	1.97
24165457--24165509	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
24165040--24166033	355	2.7	357	80	8	1003	21	27	27	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24165812--24165864	26	2.0	26	85	7	72	28	24	20	26	1.99
24166146--24166198	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
24167053--24167691	338	1.9	338	82	4	797	22	28	25	23	1.99
24167521--24167876	184	1.9	183	83	1	462	21	26	28	23	1.99
24175003--24175392	159	2.5	158	75	7	383	20	25	32	22	1.98
24175370--24175433	30	2.1	30	94	0	110	21	21	40	15	1.91
24176576--24176628	26	2.0	26	96	0	97	30	24	16	28	1.97
24178168--24178220	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
24178876--24178928	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
24178902--24179405	159	3.2	158	76	6	489	20	27	29	22	1.98
24179379--24179431	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
24180437--24180486	25	2.0	26	84	4	66	30	22	16	32	1.95
24180802--24180852	26	2.0	26	92	7	86	29	27	17	25	1.98
24181107--24181159	26	2.0	26	85	7	72	28	30	18	22	1.98
24180414--24181663	674	1.9	670	81	2	1522	20	27	27	23	1.99
24181475--24181526	25	2.0	26	92	3	88	26	26	21	25	1.99
24181036--24182075	367	2.8	368	83	2	1221	20	27	27	23	1.99
24181839--24181892	26	2.1	26	89	6	83	27	27	18	25	1.98
24183065--24183117	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
24183445--24183497	26	2.0	26	92	7	90	30	26	16	26	1.97
24184344--24184396	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
24184698--24184750	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24185053--24185105	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
24184303--24185310	355	2.8	349	83	4	1214	20	26	29	23	1.99
24185838--24186202	159	2.3	160	79	7	402	19	26	29	25	1.98
24186174--24186226	26	2.0	26	85	7	72	28	26	20	24	1.99
24187932--24187956	13	1.9	13	100	0	50	12	48	16	24	1.79
24187996--24188047	26	2.0	26	88	7	79	30	28	15	25	1.96
24188352--24188401	26	1.9	26	95	0	91	26	28	16	30	1.96
24187973--24188917	355	2.7	351	80	3	1013	21	26	28	23	1.99
24188705--24188757	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
24187945--24189075	355	3.2	351	76	7	984	20	26	28	23	1.99
24188731--24189233	158	3.2	157	74	7	444	19	26	30	24	1.98
24190644--24190696	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
24191012--24191064	26	2.0	26	88	0	79	28	26	22	22	1.99
24191038--24191539	159	3.2	157	74	5	481	17	25	31	25	1.97
24191942--24191993	26	2.0	26	88	7	79	30	28	15	25	1.96
24192771--24193172	182	2.2	182	78	3	401	21	27	27	23	1.99
24193492--24193877	157	2.4	158	81	3	438	20	22	28	28	1.98
24194076--24194107	12	2.7	12	100	0	64	12	37	18	31	1.88
24194585--24194637	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
24194819--24194848	12	2.5	12	88	0	51	26	30	40	3	1.72
24195426--24195478	26	2.0	26	85	7	72	26	26	22	24	2.00
24196149--24196201	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24196625--24196677	26	2.0	26	85	7	72	26	26	22	24	2.00
24198470--24198530	26	2.4	26	86	5	81	27	27	19	24	1.99
24198431--24200624	355	6.2	354	84	3	2552	20	26	29	23	1.99
24199176--24199229	26	2.1	26	92	0	90	25	27	20	25	1.99
24198457--24200624	709	3.1	707	83	3	2685	20	26	29	23	1.99
24199888--24199940	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
24200243--24200295	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
24200503--24201018	159	3.3	159	74	6	420	20	26	29	22	1.98
24201648--24201700	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
24202003--24202055	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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