genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.104.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  104  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14075749--14075801	26	2.0	26	85	0	70	28	28	18	24	1.98
14075782--14076446	158	4.1	157	74	7	484	19	27	30	22	1.98
14076420--14076471	26	2.0	26	92	0	86	26	30	19	23	1.98
14075085--14077338	671	3.3	670	83	4	2493	19	27	30	22	1.98
14076446--14076875	158	2.7	158	75	9	399	19	28	30	21	1.97
14077796--14077900	26	4.0	26	98	0	201	26	21	20	31	1.98
14078919--14078971	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
14078945--14079315	171	2.2	172	83	5	450	20	26	30	23	1.98
14078537--14079340	368	2.3	343	81	7	867	20	26	29	23	1.99
14079287--14079339	26	2.0	26	82	13	65	30	20	18	30	1.97
14080010--14080061	26	2.0	26	88	0	77	25	26	21	26	1.99
14080353--14080405	26	2.0	26	89	7	81	28	24	20	26	1.99
14080549--14080601	26	2.0	26	89	7	81	24	22	22	30	1.99
14081614--14081666	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
14081810--14081862	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
14082457--14083031	158	3.6	157	77	6	527	18	26	30	25	1.98
14083005--14083057	26	2.0	26	100	0	106	26	22	20	30	1.98
14083871--14083949	26	3.0	26	96	3	142	26	24	20	29	1.99
14085095--14085147	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
14085281--14085331	26	2.0	26	84	7	68	31	25	15	27	1.96
14084936--14085476	184	2.9	181	82	5	629	21	27	28	22	1.99
14085305--14085805	158	3.2	158	76	7	451	19	27	30	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14085779--14085830	26	2.0	25	96	3	95	26	23	21	28	1.99
14086525--14087100	159	3.6	157	80	6	572	19	28	28	23	1.98
14087074--14087126	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
14087168--14087798	171	3.8	172	73	10	597	19	28	30	22	1.98
14087771--14087823	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
14088425--14088478	26	2.1	26	96	0	99	25	29	20	24	1.99
14088451--14089313	158	5.4	158	72	11	617	20	28	28	21	1.98
14088450--14089307	317	2.7	316	83	4	968	20	29	28	21	1.98
14089438--14089489	26	2.0	26	88	0	77	32	32	15	19	1.93
14089938--14089990	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
14090684--14091175	158	3.1	159	75	4	465	19	25	30	24	1.98
14090991--14091405	184	2.3	184	83	5	518	21	25	29	24	1.99
14091333--14091385	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
14091738--14092226	159	3.1	156	73	6	441	18	26	30	24	1.98
14092331--14092355	11	2.3	11	100	0	50	20	28	32	20	1.97
14092941--14092993	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
14093562--14094298	316	2.3	317	79	7	761	20	26	28	24	1.99
14093693--14094297	159	3.8	157	70	6	423	20	26	29	24	1.99
14094271--14094349	26	3.0	26	96	0	140	29	21	18	30	1.97
14095888--14095940	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
14096428--14096858	159	2.7	158	77	4	420	20	29	29	20	1.98
14096904--14096956	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14097652--14098027	159	2.4	157	78	7	393	22	28	28	21	1.99
14098633--14098685	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
14099826--14099878	26	2.0	26	85	0	70	26	26	20	26	1.99
14099852--14100191	155	2.2	157	81	5	377	20	26	28	24	1.99
14100336--14100388	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
14100715--14100765	26	2.0	26	84	0	66	31	25	13	29	1.94
14100077--14100928	366	2.3	362	78	8	865	20	26	29	22	1.99
14101212--14101264	26	2.0	26	92	7	90	26	20	20	32	1.98
14101433--14101774	157	2.2	157	81	3	382	21	26	29	22	1.99
14101656--14102537	368	2.4	359	76	8	857	20	25	30	23	1.98
14102902--14103640	159	4.7	157	78	4	528	18	27	30	23	1.98
14104087--14104588	158	3.2	156	75	7	503	19	27	29	22	1.98
14105000--14105287	159	1.8	158	81	5	366	17	28	31	22	1.96
14106569--14106911	158	2.2	158	83	4	406	20	25	29	24	1.99
14106885--14106937	26	2.0	26	86	13	74	30	24	16	28	1.97
14107174--14107622	159	2.8	158	78	5	465	20	27	28	23	1.99
14107119--14107620	158	3.2	158	77	6	512	21	26	27	24	1.99
14107594--14107646	26	2.0	26	89	7	81	30	22	18	28	1.98
14107962--14108014	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
14108306--14108358	26	2.0	26	92	7	90	30	26	16	26	1.97
14113431--14113502	26	2.8	26	95	0	126	27	29	18	25	1.98
14113540--14114296	159	4.8	159	74	6	622	19	27	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14113516--14114295	158	4.9	155	72	9	502	19	26	30	23	1.98
14113476--14114295	317	2.6	317	84	2	1022	19	26	29	23	1.98
14114399--14114423	11	2.3	11	100	0	50	20	24	40	16	1.91
14116991--14117043	26	2.0	26	89	7	81	30	26	18	24	1.98
14117016--14117402	159	2.4	156	76	5	382	19	27	30	21	1.98
14117017--14117518	158	3.2	157	72	8	424	19	27	30	23	1.98
14117492--14117544	26	2.0	26	96	0	97	28	22	18	30	1.98
14117890--14117942	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
14119635--14119687	26	2.0	26	89	7	81	26	24	18	30	1.98
14121655--14121705	26	2.0	26	84	7	68	29	27	15	27	1.96
14121803--14122500	159	4.4	159	76	7	639	19	27	29	23	1.98
14121679--14122499	317	2.6	317	82	4	892	20	27	28	23	1.99
14123310--14123362	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
14123030--14123521	197	2.6	188	78	7	512	21	27	27	23	1.99
14123336--14123731	159	2.5	157	73	9	354	23	26	28	21	1.99
14123982--14124034	26	2.0	26	92	0	88	24	24	20	30	1.99
14123845--14124205	196	1.8	197	84	0	490	19	25	31	23	1.98
14123248--14124522	684	1.9	672	79	5	1465	20	26	28	24	1.99
14124495--14124547	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
14125371--14125745	159	2.4	160	80	5	411	19	27	29	23	1.98
14125308--14126478	511	2.3	505	82	3	1413	20	27	29	21	1.98
14126601--14126653	26	2.0	26	96	0	97	28	22	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14126943--14126995	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
14127140--14127192	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
14126911--14127283	197	1.9	197	86	4	529	21	27	26	23	1.99
14127120--14127522	184	2.2	184	87	0	563	21	26	29	23	1.99
14127356--14128049	159	4.3	158	74	11	498	19	27	29	23	1.98
14128178--14128230	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
14128204--14128707	159	3.2	159	76	6	387	20	28	30	21	1.98
14129417--14129473	26	2.2	26	87	9	82	31	28	17	22	1.97
14128713--14129705	514	1.9	517	80	7	1168	20	27	28	22	1.99
14130508--14130872	159	2.3	159	76	4	362	19	26	32	20	1.97
14130943--14131021	26	3.0	26	94	0	131	29	29	17	24	1.97
14132176--14132706	158	3.4	158	75	4	514	18	25	30	24	1.98
14132680--14132732	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
14132889--14132938	26	1.9	26	88	8	75	24	28	20	28	1.99
14132915--14133416	158	3.2	157	79	5	564	20	29	29	20	1.98
14133390--14133442	26	2.0	26	85	7	72	28	26	16	28	1.97
14133757--14133809	26	2.0	26	92	0	88	24	28	20	26	1.99
14134254--14134304	26	2.0	26	88	7	77	31	21	15	31	1.95
14134461--14134513	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
14135381--14135433	26	2.0	26	85	7	72	26	20	20	32	1.98
14135904--14135956	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
14136441--14136493	26	2.0	26	89	7	81	28	20	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14137208--14137714	159	3.1	158	76	10	366	20	26	28	24	1.99
14137688--14137738	26	2.0	26	88	0	75	27	27	19	25	1.99
14138032--14138081	26	2.0	25	96	4	91	28	22	20	30	1.98
14138751--14138803	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
14139128--14139227	52	1.9	52	91	0	164	27	24	39	10	1.87
14139672--14139724	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
14140059--14140101	21	2.0	21	82	8	52	13	13	37	34	1.85
14146378--14146430	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
14146499--14146905	158	2.6	157	79	3	413	18	28	30	22	1.97
14147235--14147288	26	2.1	26	93	6	92	24	25	24	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402