genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  61  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10783540--10783592	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
10783684--10784069	158	2.4	159	79	5	424	19	26	31	22	1.98
10783883--10784253	185	2.0	184	82	4	444	21	24	29	24	1.99
10784410--10784460	26	2.0	26	92	0	84	25	25	17	31	1.97
10784753--10784805	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
10785476--10785528	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
10785660--10785712	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
10785869--10785921	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
10787409--10787461	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
10787538--10787562	11	2.3	11	100	0	50	20	24	40	16	1.91
10788256--10788953	159	4.4	158	74	8	556	20	26	29	23	1.99
10788121--10788928	317	2.6	313	82	6	960	20	26	30	23	1.98
10788925--10788977	26	2.0	26	88	0	79	26	28	18	26	1.98
10789425--10789477	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
10788449--10789884	500	2.9	496	80	5	1597	19	26	29	23	1.98
10789899--10789951	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
10790282--10790331	26	1.9	26	91	0	82	26	22	22	30	1.99
10790781--10790833	26	2.0	26	85	7	72	26	20	20	32	1.98
10797403--10797455	26	2.0	26	85	7	72	32	28	15	24	1.95
10797483--10797931	159	2.8	159	79	4	469	19	26	29	24	1.98
10797977--10798011	12	2.9	12	91	0	52	31	31	37	0	1.58
10798378--10799229	159	5.4	158	75	7	602	18	27	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10798382--10799204	316	2.6	314	80	4	904	18	26	31	22	1.97
10798322--10799639	475	2.7	475	77	7	1077	19	27	30	23	1.98
10798322--10799788	158	9.1	158	72	9	757	19	27	30	23	1.98
10799113--10799460	184	1.9	185	79	5	391	20	27	28	22	1.99
10799771--10799823	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
10800276--10800328	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
10800446--10800803	159	2.3	159	79	7	397	19	25	29	25	1.98
10800778--10800829	26	2.0	26	88	7	79	28	19	19	32	1.96
10800974--10801026	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
10800679--10801198	197	2.6	197	85	0	700	20	25	30	24	1.99
10801853--10801909	26	2.2	26	78	6	62	28	19	15	36	1.92
10802210--10802262	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
10802527--10802551	13	1.9	13	100	0	50	12	40	16	32	1.84
10807156--10807208	26	2.0	26	92	7	90	30	24	16	28	1.97
10808011--10808063	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
10808744--10809244	158	3.2	157	76	7	451	20	26	30	22	1.99
10809585--10809637	26	2.0	26	88	0	79	28	28	18	24	1.98
10809123--10809954	355	2.3	345	79	9	849	20	27	28	23	1.99
10809622--10809975	159	2.2	158	78	5	383	19	25	30	24	1.98
10810086--10810138	26	2.0	26	85	7	72	30	26	15	28	1.96
10811126--10811439	169	1.8	171	79	5	368	21	24	30	23	1.99
10811478--10811839	197	1.8	197	84	3	496	20	25	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10812071--10812124	26	2.1	26	89	0	81	27	29	22	20	1.98
10812414--10812466	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
10813135--10813185	25	2.0	26	88	3	77	27	25	21	25	1.99
10813832--10813881	26	1.9	26	92	8	84	24	26	22	28	1.99
10813597--10814083	197	2.5	196	85	3	649	22	27	26	23	2.00
10814025--10814074	26	1.9	26	95	0	91	26	30	18	26	1.98
10813597--10814097	195	2.6	195	84	3	639	22	26	26	23	2.00
10814050--10814393	158	2.2	159	81	4	401	19	26	29	23	1.98
10814367--10814419	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
10815044--10815096	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
10815226--10815872	159	4.1	160	78	4	626	18	26	31	24	1.98
10815223--10815871	320	2.0	319	82	2	795	18	26	31	24	1.98
10815692--10816055	184	2.0	185	82	2	446	21	26	29	22	1.99
10815366--10816388	501	2.0	504	84	2	1344	19	26	30	23	1.98
10815870--10816371	158	3.2	157	77	6	510	19	27	31	21	1.98
10816345--10816414	26	2.7	26	97	0	131	27	24	18	30	1.98
10816186--10816577	210	1.9	211	85	2	547	19	26	28	25	1.99
10816726--10816778	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
10816921--10817549	159	4.0	159	79	3	647	18	26	31	24	1.98
10817371--10817735	185	2.0	185	82	2	446	21	26	29	23	1.99
10817584--10818053	158	3.0	158	77	5	455	19	27	31	21	1.97
10817047--10818068	502	2.0	502	84	2	1338	19	26	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10817556--10818051	159	3.1	157	75	7	473	19	27	31	21	1.97
10818025--10818094	26	2.7	26	95	0	122	27	24	20	28	1.99
10817866--10818257	210	1.9	211	84	2	538	19	26	29	25	1.99
10818406--10818458	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
10818051--10818812	341	2.2	349	79	6	834	19	27	29	23	1.98
10819762--10819814	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
10819603--10820168	195	3.0	182	78	9	551	22	25	27	24	2.00
10819958--10820008	26	2.0	26	88	0	75	29	29	13	27	1.94
10819984--10820380	159	2.5	157	77	8	399	23	25	28	22	1.99
10820667--10820720	26	2.1	26	96	3	101	27	29	20	22	1.98
10820779--10821149	159	2.3	158	83	2	449	19	26	28	25	1.99
10821340--10821392	26	2.0	26	88	0	79	30	26	18	24	1.98
10820111--10821392	674	1.9	674	82	3	1630	20	26	28	24	1.99
10821504--10821556	26	2.0	26	92	7	90	26	24	18	30	1.98
10822319--10822371	26	2.0	26	92	0	88	24	28	22	24	2.00
10822523--10823108	158	3.7	155	76	6	534	19	26	29	24	1.98
10822429--10823109	316	2.2	316	83	4	820	19	26	29	24	1.98
10822924--10823293	184	2.0	184	80	4	415	20	25	28	24	1.99
10823583--10823652	26	2.7	26	95	0	122	27	24	17	31	1.97
10823965--10824015	26	2.0	26	88	0	75	33	29	11	25	1.91
10824307--10824357	26	2.0	26	88	7	77	29	23	17	29	1.97
10824505--10824557	26	2.0	26	88	0	79	28	30	18	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10824593--10825208	305	2.0	305	84	4	805	19	27	29	23	1.98
10824960--10825339	159	2.4	159	80	4	426	19	27	29	22	1.98
10825160--10825706	183	3.0	182	80	3	614	20	26	28	24	1.99
10825496--10825546	26	2.0	26	88	0	75	29	29	13	27	1.94
10825522--10825918	159	2.5	157	78	6	424	20	25	30	22	1.98
10826205--10826259	26	2.1	26	93	6	94	27	27	20	25	1.99
10826277--10826679	150	2.6	151	81	4	432	20	27	27	24	1.99
10826662--10826714	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
10828519--10828571	26	2.0	26	85	0	70	28	24	20	26	1.99
10829574--10829626	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
10830040--10830486	191	2.3	195	84	4	573	19	24	29	25	1.99
10830644--10830696	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
10831168--10831220	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
10831699--10832380	317	2.2	317	79	3	730	20	24	29	24	1.99
10832732--10832784	26	2.0	26	92	0	88	26	28	18	26	1.98
10834735--10834787	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
10834834--10835265	159	2.7	159	77	3	375	19	28	28	23	1.98
10835237--10835287	26	2.0	26	88	7	77	25	19	23	31	1.98
10835953--10836007	26	2.1	27	89	3	85	21	23	20	34	1.97
10836633--10836685	26	2.0	26	85	7	72	28	24	16	30	1.97
10837355--10837405	26	2.0	26	92	0	84	33	27	11	27	1.92
10837381--10838197	316	2.6	315	81	4	910	19	26	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10838170--10838222	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
10839146--10839198	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
10839355--10839407	26	2.0	26	86	13	74	26	24	22	26	2.00
10839697--10839748	26	2.0	26	92	0	86	26	26	19	26	1.99
10839336--10839986	343	1.9	342	84	2	869	20	27	29	23	1.99
10839849--10840384	159	3.4	159	79	4	474	18	27	31	23	1.97
10840357--10840408	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
10840963--10841584	159	3.9	159	78	4	603	19	26	31	23	1.98
10840978--10841584	318	1.9	317	81	4	731	19	26	30	23	1.98
10841557--10841609	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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