genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  73  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11667651--11667703	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
11669253--11670162	159	5.8	159	75	5	666	18	26	30	24	1.98
11670197--11670249	26	2.0	26	85	7	72	30	22	18	28	1.98
11670565--11670617	26	2.0	26	88	0	79	24	26	22	26	2.00
11670907--11670959	26	2.0	26	86	13	74	30	24	16	28	1.97
11670165--11671278	353	3.1	349	80	8	1094	21	27	28	22	1.99
11671029--11671447	159	2.6	158	75	6	398	19	27	28	24	1.98
11671419--11671471	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
11671687--11671992	159	1.9	158	83	2	389	17	27	33	21	1.96
11673071--11673122	25	2.0	25	89	10	79	23	21	26	28	1.99
11673358--11673410	24	2.2	24	86	0	70	11	30	20	37	1.88
11673435--11673487	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
11673460--11673954	159	3.1	158	77	6	412	22	30	27	19	1.98
11673936--11673986	26	2.0	26	92	0	84	25	13	29	31	1.94
11674658--11674710	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
11674999--11675051	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
11676076--11676128	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
11675524--11676230	367	2.0	353	81	6	821	22	29	27	20	1.99
11676101--11676552	159	2.9	158	76	5	453	24	29	26	19	1.98
11676589--11676641	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
11675735--11677178	513	2.8	507	81	5	1547	23	29	26	20	1.99
11676615--11677116	158	3.2	158	73	7	439	23	28	26	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11677090--11677142	26	2.0	26	92	0	88	24	22	28	24	2.00
11678228--11678280	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
11679266--11679318	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
11679291--11679757	158	3.0	158	76	9	452	23	29	25	20	1.99
11679766--11679818	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
11680106--11680156	26	2.0	26	96	0	93	25	19	27	27	1.99
11680307--11680359	26	2.0	26	85	7	72	32	18	20	28	1.97
11680739--11680763	13	1.9	13	100	0	50	24	24	44	8	1.80
11680858--11680910	26	2.0	26	85	7	72	28	20	24	26	1.99
11681662--11681714	26	2.0	26	88	0	79	28	16	24	30	1.97
11682013--11682065	26	2.0	26	89	7	81	28	15	24	32	1.95
11682038--11682453	159	2.6	157	79	4	451	23	28	28	19	1.98
11682038--11682540	158	3.2	158	77	6	500	22	28	27	21	1.99
11683247--11683591	159	2.2	160	78	6	360	24	28	25	21	1.99
11683565--11683617	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
11684276--11684328	26	2.0	26	88	0	79	26	20	24	28	1.99
11684997--11685049	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
11690157--11690209	26	2.0	26	92	7	90	24	22	26	26	2.00
11689998--11690490	196	2.6	187	80	6	528	24	29	26	19	1.98
11690353--11690405	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
11690420--11690606	98	1.9	98	83	0	239	21	31	31	16	1.95
11690635--11690687	26	2.0	26	96	0	97	28	18	26	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11691014--11691066	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
11690843--11691432	196	3.0	195	83	3	774	24	30	25	20	1.99
11692471--11692900	159	2.7	154	75	7	380	23	29	28	18	1.98
11692472--11692973	158	3.2	156	73	8	424	23	29	27	19	1.98
11692947--11692999	26	2.0	26	88	0	79	26	18	28	26	1.98
11693109--11693416	171	1.8	171	88	0	472	24	31	26	17	1.97
11693522--11693958	159	2.8	158	78	5	436	21	29	29	19	1.98
11694629--11694667	11	3.5	11	89	0	60	10	33	33	23	1.88
11694757--11695177	159	2.6	158	75	6	409	27	31	24	17	1.97
11700570--11700622	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
11700595--11701106	157	3.2	156	77	6	473	24	30	24	20	1.99
11701401--11701426	11	2.4	11	100	0	52	19	30	30	19	1.96
11701851--11701903	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
11701876--11702638	159	4.8	157	75	7	581	23	29	26	19	1.98
11701876--11702555	158	4.3	159	76	7	508	24	29	26	19	1.98
11701876--11702555	317	2.1	316	83	4	841	24	29	26	19	1.98
11701977--11702638	317	2.1	317	82	3	816	22	30	27	20	1.98
11701533--11703780	830	2.7	827	79	6	2342	23	29	26	20	1.99
11704011--11704063	26	2.0	26	88	0	79	26	15	26	32	1.95
11705267--11705327	26	2.4	26	84	10	74	29	21	21	27	1.98
11712414--11712916	158	3.2	157	75	4	427	25	31	24	18	1.98
11713163--11713212	26	2.0	25	84	11	66	32	16	22	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11713503--11713555	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
11713885--11713937	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
11714726--11714778	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
11714568--11714935	183	2.0	184	83	3	463	23	26	27	22	1.99
11714751--11715218	159	2.9	159	75	7	430	24	28	26	20	1.99
11715962--11716014	26	2.0	26	96	0	97	30	20	24	24	1.99
11715987--11716488	158	3.2	158	74	5	467	23	29	27	19	1.98
11716462--11716514	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
11716818--11716870	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
11716844--11717201	159	2.3	159	79	4	373	24	27	25	22	2.00
11723945--11724391	159	2.8	159	75	6	377	24	29	27	19	1.99
11724801--11724852	26	2.0	25	85	10	70	26	19	26	26	1.99
11725301--11725352	26	2.0	26	84	0	68	26	15	26	30	1.96
11725681--11725733	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
11725708--11726158	159	2.8	157	79	5	487	23	31	27	18	1.97
11726184--11726235	26	2.0	26	84	0	68	28	13	25	32	1.93
11723916--11726264	880	2.7	879	82	2	2846	23	29	26	20	1.99
11726931--11727426	159	3.1	157	76	6	455	24	32	25	18	1.97
11727407--11727462	26	2.2	26	83	6	69	30	19	19	30	1.97
11727247--11727617	184	2.0	185	84	4	482	23	30	25	20	1.99
11727433--11727932	158	3.2	155	77	5	477	22	31	27	19	1.98
11727906--11727958	26	2.0	26	89	7	81	30	18	24	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11726903--11728530	499	3.3	498	85	2	2056	23	30	26	19	1.98
11727591--11728237	341	1.9	340	79	6	729	21	30	27	19	1.98
11727931--11728431	158	3.2	155	76	7	501	23	30	26	19	1.98
11728405--11728457	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
11729125--11729177	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
11729150--11729686	298	1.8	298	84	4	735	23	27	29	19	1.98
11729585--11729954	171	2.2	170	77	5	370	23	30	25	20	1.99
11729945--11729997	26	2.0	26	85	7	72	26	18	26	28	1.98
11730443--11730495	26	2.0	26	88	0	79	24	18	30	26	1.98
11731188--11731520	158	2.1	158	84	2	438	23	30	27	18	1.98
11731862--11731914	26	2.0	26	92	0	88	22	20	28	28	1.99
11732072--11732492	159	2.6	159	76	5	359	24	29	27	18	1.98
11733255--11733307	26	2.0	26	85	7	72	28	16	24	30	1.97
11733283--11733653	158	2.3	158	77	5	372	25	29	26	18	1.98
11733757--11733809	26	2.0	26	88	0	79	28	20	26	24	1.99
11733451--11734226	344	2.3	344	83	2	954	24	27	27	20	1.99
11734826--11735320	159	3.1	159	75	6	491	22	29	27	20	1.98
11736026--11736078	26	2.0	26	96	0	97	32	22	22	22	1.98
11736052--11736661	158	3.8	158	79	4	645	23	29	27	19	1.98
11736698--11736747	26	1.9	26	84	8	66	34	20	24	22	1.97
11736722--11737224	159	3.2	158	76	7	403	24	29	26	19	1.98
11737042--11737403	184	2.0	184	82	1	447	25	29	24	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11737226--11737723	157	3.2	157	77	4	500	24	30	26	18	1.98
11739242--11739781	171	3.2	171	85	4	671	21	31	27	19	1.98
11740259--11740312	26	2.1	26	92	0	90	25	20	27	25	1.99
11740094--11741022	368	2.5	367	82	3	1087	23	29	26	20	1.99
11741519--11741572	26	2.1	26	92	0	90	22	18	22	37	1.95
11741573--11741958	159	2.4	159	79	5	415	24	31	25	18	1.98
11742368--11742420	26	2.0	26	86	13	74	28	16	24	30	1.97
11742394--11742920	158	3.3	157	78	4	556	24	29	26	19	1.98
11742393--11742968	317	1.8	317	82	1	751	24	29	27	19	1.98
11743554--11743606	26	2.0	26	85	7	72	28	18	26	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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