genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.149.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  149  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17336856--17338157	679	1.9	675	92	1	2169	27	22	23	26	2.00
17338205--17338963	159	4.8	159	77	5	658	18	28	30	22	1.97
17338141--17338963	318	2.6	316	83	2	1013	19	28	30	22	1.98
17340318--17340370	26	2.0	26	88	0	79	32	26	15	26	1.95
17340637--17341086	170	2.6	169	75	6	415	20	27	28	23	1.99
17341059--17341111	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
17341085--17341588	158	3.2	158	78	4	550	20	27	29	22	1.98
17342256--17342305	26	1.9	26	87	0	73	22	26	22	30	1.99
17342598--17342650	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
17342191--17342967	342	2.3	342	82	1	955	18	29	29	22	1.97
17342624--17343090	159	2.9	157	75	3	459	20	27	30	21	1.98
17343470--17343522	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
17343972--17344024	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17349919--17349953	16	2.1	17	94	5	63	17	2	0	80	0.84
17349986--17350303	57	5.6	56	88	5	451	44	7	12	35	1.72
17349982--17350303	113	2.8	113	90	3	495	44	7	12	35	1.72
17352987--17353278	158	1.8	158	82	2	372	21	27	27	23	1.99
17353013--17354566	724	2.1	722	82	1	1833	21	26	27	24	2.00
17353362--17354596	368	3.4	357	71	12	965	21	26	27	24	1.99
17354859--17354911	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
17355633--17355685	26	2.0	26	100	0	106	26	22	20	30	1.98
17355831--17355882	26	2.0	26	92	7	88	26	25	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17356709--17356761	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
17356742--17357166	159	2.7	157	75	5	379	20	25	29	24	1.99
17357617--17357669	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
17358334--17358385	25	2.0	26	88	3	79	28	23	17	30	1.97
17358557--17358847	158	1.8	158	79	1	341	20	26	28	23	1.99
17359555--17359607	26	2.0	26	88	0	79	28	22	18	30	1.98
17360057--17360109	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
17360514--17360953	159	2.8	158	77	4	386	17	27	29	24	1.98
17360926--17360978	26	2.0	26	88	0	79	26	24	18	30	1.98
17361056--17361080	11	2.3	11	100	0	50	20	24	40	16	1.91
17361837--17362356	159	3.2	157	73	12	458	17	26	30	25	1.98
17361938--17362514	170	3.5	167	74	11	518	17	27	29	25	1.97
17361735--17362514	329	2.4	329	84	1	976	18	26	30	24	1.98
17362085--17362397	159	2.0	159	80	6	357	15	26	31	26	1.95
17362061--17363040	513	1.9	513	87	2	1439	18	27	29	24	1.98
17363206--17363258	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
17363915--17363966	26	2.0	26	88	3	79	28	28	19	23	1.98
17364097--17364149	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
17363864--17364295	184	2.4	183	83	2	501	20	27	28	23	1.99
17364598--17364649	25	2.0	26	85	10	72	26	25	19	28	1.98
17366535--17366587	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
17366561--17367062	159	3.2	156	79	7	532	20	28	29	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17367036--17367086	26	2.0	26	88	0	75	23	23	19	33	1.97
17367781--17368281	158	3.2	160	76	8	474	19	25	30	24	1.98
17368255--17368307	26	2.0	26	89	7	81	26	20	22	30	1.98
17369334--17369386	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
17369360--17370105	317	2.4	315	78	6	822	19	27	30	22	1.98
17369898--17370652	157	4.8	158	76	7	483	20	26	28	24	1.99
17369360--17370652	158	8.2	158	73	9	729	19	26	30	23	1.98
17373319--17373370	25	2.0	26	88	3	79	28	23	17	30	1.97
17373344--17373833	158	3.1	157	77	3	509	19	27	29	23	1.98
17374540--17374592	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
17375042--17375094	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
17376265--17376317	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
17376721--17377159	159	2.8	157	79	6	447	17	29	30	22	1.97
17377132--17377184	26	2.0	26	85	0	70	26	20	20	32	1.98
17377262--17377286	11	2.3	11	100	0	50	20	24	40	16	1.91
17377863--17377915	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
17378034--17378561	159	3.2	156	72	13	418	17	26	30	25	1.98
17378187--17379343	170	6.8	168	68	14	601	20	26	28	24	1.99
17377939--17378732	329	2.4	329	83	2	995	19	27	29	24	1.98
17378705--17378757	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
17378304--17379245	513	1.8	513	85	2	1329	19	27	27	25	1.99
17379411--17379463	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17379437--17379937	158	3.2	156	74	10	489	19	26	30	23	1.98
17380119--17380168	26	2.0	25	88	11	75	28	24	20	28	1.99
17380300--17380352	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
17380097--17380498	184	2.2	183	85	1	518	21	26	29	23	1.99
17380326--17380827	158	3.2	157	72	8	433	20	26	30	23	1.98
17380801--17380853	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17381181--17381233	26	2.0	26	92	0	88	26	28	18	26	1.98
17381207--17381592	159	2.4	158	76	3	400	22	27	29	20	1.98
17381681--17381733	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
17382365--17382417	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
17382696--17382748	26	2.0	26	85	7	72	28	24	20	26	1.99
17381810--17383793	513	3.8	517	78	8	1947	19	27	29	23	1.98
17382909--17383285	159	2.4	159	77	3	382	20	27	30	21	1.98
17383740--17383792	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
17384391--17384443	26	2.0	26	89	7	81	24	24	20	30	1.99
17384600--17384652	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
17384942--17384994	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
17384872--17385207	184	1.8	184	87	3	498	18	27	28	25	1.98
17385503--17385558	26	2.2	26	90	0	85	30	28	17	23	1.97
17386040--17386092	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
17386524--17386576	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
17386730--17386785	26	2.2	26	96	0	103	28	26	19	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17386917--17386969	26	2.0	26	86	13	74	30	24	16	28	1.97
17387640--17387692	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
17391668--17391720	26	2.0	26	81	0	61	60	11	5	22	1.52
17392551--17392603	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
17391432--17392629	626	1.9	626	91	0	1939	29	23	19	27	1.98
17393050--17393102	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17393774--17393823	26	1.9	26	91	0	82	28	28	18	26	1.98
17393797--17394299	158	3.2	160	78	4	486	19	26	30	24	1.98
17395188--17395240	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
17395424--17395924	157	3.2	157	77	8	455	19	26	29	24	1.99
17395487--17395924	159	2.8	159	79	7	455	18	27	29	24	1.98
17395896--17395948	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
17396707--17397159	159	2.9	158	79	3	471	18	28	29	23	1.98
17397131--17397183	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
17397352--17397718	159	2.3	158	80	2	405	17	28	31	22	1.97
17397764--17397816	26	2.0	26	89	7	81	24	24	22	28	2.00
17397606--17397949	184	1.9	184	82	3	442	20	26	29	23	1.99
17398120--17398172	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
17398621--17398673	26	2.0	26	85	7	72	26	24	18	30	1.98
17400895--17400947	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
17401226--17401278	26	2.0	26	85	7	72	28	24	20	26	1.99
17401198--17401564	197	1.9	197	81	4	454	19	25	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17401949--17402001	26	2.0	26	92	0	88	24	28	22	24	2.00
17402280--17402332	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17403140--17403192	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
17403166--17403509	159	2.2	156	78	8	363	18	27	29	23	1.98
17403482--17403534	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
17404046--17404098	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
17404579--17404631	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
17404660--17405021	159	2.3	153	78	7	379	19	26	31	22	1.98
17405280--17405336	26	2.1	27	93	3	98	28	26	19	26	1.99
17405468--17405520	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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