genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  60  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10699408--10699459	26	2.0	25	89	10	79	28	21	23	26	1.99
10700289--10700341	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
10699726--10700670	368	2.6	360	76	10	867	23	29	26	20	1.99
10700495--10700805	158	2.0	157	79	4	340	23	29	26	20	1.99
10700997--10701048	26	2.0	26	88	7	79	30	17	25	26	1.97
10700780--10701157	196	1.9	196	81	3	456	24	28	25	21	1.99
10701522--10701572	26	2.0	26	84	0	66	29	17	23	29	1.97
10701686--10702060	158	2.4	158	80	3	387	23	27	26	22	1.99
10705528--10705577	26	1.9	26	95	0	91	24	30	20	26	1.98
10706593--10706651	26	2.3	26	82	5	77	27	25	22	25	2.00
10707092--10707144	26	2.0	26	85	7	72	30	20	18	30	1.97
10707472--10707524	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
10707974--10708026	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
10708184--10708236	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
10708210--10708869	158	4.2	158	76	5	609	21	26	29	22	1.99
10708845--10708897	26	2.0	26	89	7	81	33	22	13	30	1.92
10709205--10709696	158	3.1	156	80	8	532	19	26	30	23	1.98
10709670--10709720	24	2.0	25	85	14	70	27	25	17	29	1.98
10709864--10709916	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
10710393--10710441	25	1.9	25	87	4	71	28	24	18	28	1.98
10710890--10710942	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
10711086--10711138	26	2.0	26	92	7	90	33	26	13	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10712113--10712165	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
10712309--10712361	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
10712007--10712520	196	2.7	190	82	5	569	21	28	27	22	1.99
10712655--10712704	26	1.9	26	88	8	75	28	20	20	32	1.97
10714062--10714114	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
10714563--10714615	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
10715328--10715380	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
10715354--10715855	158	3.2	157	80	4	578	19	26	30	23	1.98
10715829--10715881	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
10716223--10716724	158	3.2	158	72	7	453	21	24	28	24	1.99
10716698--10716750	26	2.0	26	92	7	90	26	22	22	28	1.99
10716095--10718634	514	4.9	508	74	10	1476	20	26	29	23	1.99
10717214--10717265	26	2.0	26	85	7	70	28	23	17	30	1.97
10717751--10717803	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
10717373--10718013	343	1.9	341	85	4	887	19	25	30	24	1.98
10717777--10718209	158	2.7	158	76	4	415	19	26	31	22	1.98
10718252--10718304	26	2.0	26	88	0	79	24	18	22	33	1.97
10719501--10719553	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
10720495--10721067	159	3.6	155	75	9	502	18	27	30	23	1.98
10721042--10721093	26	2.0	26	89	10	81	26	25	21	26	1.99
10721833--10722299	160	2.9	159	79	5	469	19	27	29	23	1.98
10722271--10722323	26	2.0	26	89	7	81	30	20	16	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10721847--10723042	514	2.3	512	81	4	1381	21	26	28	23	1.99
10723666--10723718	26	2.0	26	82	13	65	30	24	15	30	1.95
10723932--10723984	26	2.0	26	88	0	79	30	28	15	26	1.96
10725194--10725622	158	2.7	157	71	9	368	19	28	29	22	1.98
10732630--10732682	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
10732473--10732842	185	2.0	185	85	4	496	19	26	30	23	1.98
10732998--10733050	26	2.0	26	85	7	72	32	28	15	24	1.95
10733464--10733519	26	2.2	26	90	0	85	30	25	19	25	1.98
10733651--10733703	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
10734415--10734467	26	2.0	26	88	0	79	28	28	16	26	1.97
10734441--10734873	159	2.7	158	78	6	435	20	27	29	22	1.98
10735287--10735339	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
10735388--10735817	159	2.7	159	78	5	438	18	29	28	23	1.98
10737209--10737698	158	3.1	158	77	4	416	20	27	29	22	1.98
10738072--10738124	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
10738908--10738960	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
10738934--10739442	158	3.2	158	74	6	452	20	27	28	23	1.99
10739416--10739468	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
10746934--10747429	159	3.1	158	76	6	385	18	26	30	24	1.98
10747403--10747455	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
10747245--10747614	184	2.0	184	86	5	525	21	26	27	24	1.99
10747757--10747809	26	2.0	26	89	7	81	33	28	13	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10750131--10750183	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
10750843--10750895	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
10751331--10751383	26	2.0	26	89	7	81	26	24	22	26	2.00
10751173--10752080	184	5.0	183	73	8	676	20	25	29	25	1.99
10751870--10751922	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
10751896--10752263	157	2.3	157	77	4	393	19	25	32	22	1.97
10752726--10752776	26	2.0	26	88	7	77	29	19	21	29	1.98
10754454--10754506	26	2.0	26	92	7	90	24	26	20	28	1.99
10754535--10754981	155	2.8	157	79	6	474	18	27	31	22	1.97
10755012--10755333	171	1.9	171	81	1	394	19	23	31	25	1.98
10755791--10755843	26	2.0	26	85	0	70	30	18	20	30	1.97
10756158--10756210	26	2.0	26	89	7	81	24	24	20	30	1.99
10754582--10756248	839	2.0	835	81	3	1981	20	25	30	24	1.99
10756619--10756671	26	2.0	26	82	7	63	28	20	18	32	1.97
10756828--10756880	26	2.0	26	85	7	72	26	26	20	26	1.99
10757013--10757080	26	2.6	26	100	0	136	26	23	19	30	1.98
10757129--10757418	158	1.8	158	82	2	368	21	26	27	23	1.99
10757392--10757444	26	2.0	26	92	7	90	30	22	16	30	1.96
10757535--10757587	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
10758728--10758780	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
10759953--10760005	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
10760150--10760202	26	2.0	26	88	0	79	30	26	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10760493--10760545	26	2.0	26	82	7	63	30	22	16	30	1.96
10761213--10761267	26	2.1	26	93	0	92	30	27	18	23	1.97
10762029--10762110	26	3.2	26	87	0	110	29	25	17	28	1.97
10769271--10769699	159	2.7	159	77	5	395	18	27	30	23	1.98
10769671--10769723	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
10771173--10771613	159	2.8	159	77	9	380	18	29	29	22	1.97
10771956--10772008	26	2.0	26	92	7	90	30	30	16	22	1.96
10771982--10772813	159	5.2	158	72	12	530	20	27	29	23	1.99
10773223--10773275	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
10773686--10773738	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
10774064--10774117	26	2.0	27	89	3	83	25	29	20	24	1.99
10774091--10774896	159	5.2	158	72	12	493	19	27	30	22	1.98
10774226--10774825	303	2.0	301	82	5	728	19	27	31	22	1.98
10774870--10774922	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
10775184--10775234	26	2.0	26	88	7	77	27	27	19	25	1.99
10775336--10775870	158	3.4	156	74	6	470	18	26	31	24	1.97
10775210--10776370	343	3.6	317	78	7	1141	19	26	30	23	1.98
10775843--10775901	26	2.3	26	91	5	95	27	27	22	23	1.99
10775171--10776370	659	1.8	659	83	2	1593	19	26	30	23	1.98
10775869--10776371	159	3.2	159	77	5	446	20	27	29	23	1.99
10776340--10776395	26	2.2	26	83	6	69	32	21	17	28	1.96
10776711--10776763	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10777434--10777486	26	2.0	26	92	0	88	28	28	16	26	1.97
10776154--10777792	710	2.3	709	80	4	1627	20	26	28	24	1.99
10777460--10777961	159	3.2	155	74	8	433	21	26	26	25	1.99
10778626--10778678	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
10779780--10779830	26	2.0	26	96	0	93	31	27	15	25	1.96
10779919--10780292	159	2.4	156	79	5	396	20	25	29	24	1.99
10780269--10780318	26	1.9	26	92	8	84	24	24	22	30	1.99
10782325--10782377	26	2.0	26	89	7	81	28	24	16	30	1.97
10782481--10782845	158	2.3	159	79	5	391	17	26	30	24	1.97
10782818--10782870	26	2.0	26	88	0	79	24	22	18	33	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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