genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.154.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  154  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17679081--17679133	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
17679382--17680140	354	2.1	354	93	0	1284	20	27	28	22	1.99
17680308--17680358	27	1.9	27	81	18	63	25	27	15	31	1.96
17681178--17681230	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
17681987--17682416	159	2.7	158	80	6	478	17	26	31	24	1.97
17681913--17682414	158	3.2	157	76	7	498	19	25	30	23	1.98
17682388--17682440	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17682593--17682671	26	3.0	25	83	7	104	26	26	20	26	1.99
17683053--17683095	11	3.9	11	96	0	77	27	27	25	18	1.98
17683667--17683718	27	2.0	26	88	3	77	34	28	11	25	1.91
17684339--17684394	26	2.2	26	93	0	94	28	28	19	23	1.98
17685052--17685104	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
17684967--17685653	369	1.9	368	82	2	878	19	29	27	23	1.98
17685446--17685847	158	2.5	158	74	6	380	20	28	29	20	1.98
17685884--17686219	184	1.8	182	85	2	467	19	22	30	26	1.98
17686104--17686153	26	1.9	26	92	8	84	22	28	24	26	1.99
17686847--17686899	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
17687570--17687621	26	2.0	26	92	0	86	26	26	19	26	1.99
17687647--17688115	158	2.9	157	76	4	456	19	29	30	21	1.97
17688256--17688307	26	2.0	26	88	0	77	25	30	21	23	1.99
17688597--17688649	26	2.0	26	89	7	81	30	24	15	30	1.95
17689319--17689371	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17690725--17690777	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17691088--17691140	26	2.0	26	96	0	97	26	24	22	26	2.00
17691403--17691455	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
17691587--17691638	26	2.0	26	92	0	86	26	26	19	26	1.99
17691383--17691788	184	2.2	184	81	1	456	20	26	28	24	1.99
17691613--17692105	158	3.1	157	77	4	481	19	27	30	21	1.98
17692811--17692863	26	2.0	26	82	7	63	30	22	16	30	1.96
17692966--17693498	159	3.4	159	79	5	407	18	26	30	23	1.98
17693471--17693523	26	2.0	26	85	7	72	28	20	20	30	1.98
17694098--17694150	26	2.0	26	82	13	65	30	22	16	30	1.96
17693148--17694397	627	2.0	627	84	2	1650	21	26	29	22	1.99
17695677--17695729	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17696215--17696267	26	2.0	26	86	13	74	30	24	16	28	1.97
17696474--17696517	11	4.0	11	90	0	70	20	29	34	15	1.94
17697094--17697145	27	2.0	26	92	3	86	26	23	21	28	1.99
17696496--17697871	725	1.9	718	88	2	2069	27	22	22	27	1.99
17698322--17698374	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
17698689--17698741	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
17699321--17699345	11	2.3	11	100	0	50	28	32	32	8	1.86
17699925--17699976	26	2.0	26	92	0	86	28	28	17	25	1.97
17700095--17700484	158	2.5	158	74	5	365	21	24	29	24	1.99
17701105--17701160	26	2.2	26	93	0	94	30	25	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17700951--17701305	183	1.9	183	81	4	430	20	29	28	20	1.98
17700557--17701635	499	2.2	500	83	3	1332	19	28	28	22	1.98
17701134--17701950	159	5.2	158	74	6	555	20	27	29	23	1.98
17701134--17701951	317	2.6	314	79	4	854	20	27	29	23	1.98
17701924--17701976	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17702102--17702154	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
17702312--17702364	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
17702496--17702548	26	2.0	26	85	7	72	28	22	16	32	1.96
17703189--17703238	26	1.9	26	92	8	84	24	26	24	26	2.00
17703219--17703703	158	3.1	157	75	5	492	19	27	30	23	1.98
17704408--17704460	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
17704470--17704935	158	2.9	159	78	5	487	19	27	30	22	1.98
17705211--17705263	26	2.0	26	89	7	81	30	24	16	28	1.97
17711397--17711449	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17711790--17712220	157	2.7	158	74	6	415	19	27	30	22	1.98
17712266--17712316	26	2.0	26	88	7	77	31	21	17	29	1.96
17712980--17713032	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
17713006--17713406	159	2.5	157	76	6	421	22	26	30	20	1.98
17713006--17713507	158	3.2	155	75	7	461	20	27	29	22	1.99
17713481--17713559	26	3.0	26	92	0	122	30	22	17	29	1.97
17714011--17714415	159	2.6	159	79	7	437	18	29	28	23	1.98
17713912--17714413	158	3.2	157	75	6	458	19	28	28	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17714387--17714439	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
17714229--17714794	184	3.0	184	78	12	567	19	26	29	24	1.99
17714926--17714978	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17715649--17715707	26	2.4	25	83	8	68	30	28	16	23	1.97
17715675--17716174	158	3.2	157	76	4	504	20	28	28	22	1.99
17716149--17716201	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
17716430--17716861	159	2.7	158	78	5	408	18	27	30	23	1.98
17715607--17717579	684	2.9	684	77	7	1910	21	26	29	23	1.99
17718588--17718640	26	2.0	27	85	7	74	26	26	20	26	1.99
17719268--17719680	184	2.3	183	83	2	488	21	25	28	24	1.99
17719501--17720017	158	3.3	159	73	6	438	21	26	28	23	1.99
17720712--17720764	26	2.0	26	82	7	63	26	22	18	32	1.97
17719290--17721104	617	2.9	610	77	8	2043	22	26	27	23	1.99
17721385--17721437	26	2.0	26	89	7	81	30	26	18	24	1.98
17722263--17722315	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
17722721--17722773	26	2.0	26	85	7	72	30	22	18	28	1.98
17723122--17723605	159	3.1	155	73	8	440	19	25	30	25	1.98
17723589--17723641	26	2.0	26	85	7	72	24	22	22	30	1.99
17723785--17723837	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
17724308--17724828	273	1.9	272	82	3	643	23	25	27	23	2.00
17724608--17724969	185	2.0	184	84	1	483	22	27	26	22	1.99
17725126--17725178	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17725239--17725640	159	2.5	158	80	5	422	19	28	28	23	1.98
17725623--17725674	26	2.0	26	88	7	79	28	26	17	26	1.97
17725507--17726007	183	2.7	183	79	4	526	19	27	28	23	1.99
17726312--17726363	26	2.0	26	88	7	79	30	17	21	30	1.96
17727110--17727165	26	2.2	26	90	6	87	30	21	19	28	1.98
17727628--17727678	26	2.0	26	88	7	77	29	21	19	29	1.98
17726738--17727685	513	1.8	513	84	2	1294	20	25	28	25	1.99
17727835--17727887	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
17727752--17728174	197	2.1	197	84	2	546	20	31	24	23	1.98
17728032--17728083	26	2.0	26	96	0	95	28	30	17	23	1.97
17728058--17728558	158	3.2	157	77	6	501	19	27	30	23	1.98
17728532--17728584	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
17728729--17728781	26	2.0	26	88	0	79	28	30	18	22	1.98
17729718--17730282	158	3.6	158	79	4	652	16	28	31	23	1.96
17730956--17731008	26	2.0	26	88	0	79	30	26	18	24	1.98
17730596--17731249	343	1.9	341	85	1	898	19	28	30	22	1.98
17731626--17731678	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
17732373--17733194	159	5.2	160	76	3	676	19	26	30	23	1.98
17732381--17733193	317	2.6	317	83	2	927	19	26	30	23	1.98
17733166--17733218	26	2.0	26	89	7	81	28	24	20	26	1.99
17733928--17733980	26	2.0	26	89	7	81	26	28	20	24	1.99
17734272--17734324	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17734992--17735044	26	2.0	26	85	7	72	32	28	15	24	1.95
17735126--17735520	159	2.5	157	80	7	467	19	27	28	23	1.99
17735492--17735544	26	2.0	26	88	0	79	26	26	18	28	1.98
17735687--17735739	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
17735387--17735743	195	1.8	195	82	5	463	22	27	26	23	2.00
17736030--17736082	26	2.0	26	85	7	72	32	20	16	30	1.95
17736709--17736761	26	2.0	26	85	7	72	32	28	15	24	1.95
17737071--17737428	195	1.8	196	85	4	508	22	26	26	23	2.00
17737715--17737767	26	2.0	26	85	7	72	30	18	18	32	1.96
17738393--17738445	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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