genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  75  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11833014--11833422	159	2.6	158	79	5	425	18	26	30	24	1.98
11832920--11833421	158	3.2	157	75	7	485	19	25	30	24	1.98
11833395--11833447	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
11833948--11834000	26	2.0	26	85	7	72	28	24	16	30	1.97
11834941--11835444	171	3.0	170	81	4	561	20	26	30	22	1.98
11834791--11835429	341	1.9	328	79	6	699	19	27	29	23	1.98
11835547--11835599	26	2.0	26	89	7	81	26	26	18	28	1.98
11836257--11836335	26	3.0	26	94	0	140	26	26	20	26	1.99
11836391--11836798	158	2.6	157	76	5	426	17	28	30	24	1.97
11837505--11837583	26	3.0	26	92	3	124	29	26	17	26	1.98
11837704--11838061	158	2.3	159	78	9	372	18	26	31	23	1.97
11837875--11838245	185	2.0	184	85	2	503	20	25	29	24	1.99
11838390--11838442	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
11838416--11839065	158	4.0	158	77	6	547	21	26	29	22	1.99
11838785--11839258	170	2.8	170	81	4	551	19	27	30	22	1.98
11839232--11839284	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
11839398--11839795	159	2.5	158	77	4	424	19	25	31	24	1.98
11838110--11839759	842	2.0	844	81	2	1958	20	26	29	23	1.99
11839258--11839759	158	3.2	156	77	6	528	19	26	30	23	1.98
11839917--11839969	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
11839943--11840445	159	3.2	159	78	6	513	20	26	29	23	1.99
11840417--11840469	26	2.0	26	82	13	65	32	22	16	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11840614--11840664	26	2.0	26	92	0	84	31	29	13	25	1.94
11840312--11840698	197	2.0	195	82	4	474	22	26	27	22	1.99
11839895--11841171	697	1.8	699	85	2	1785	20	27	28	23	1.99
11840725--11841144	159	2.6	160	77	7	431	17	29	29	23	1.97
11841116--11841168	26	2.0	26	89	7	81	32	24	15	28	1.95
11841848--11841900	26	2.0	26	89	7	81	26	26	18	28	1.98
11841882--11842375	158	3.1	157	76	8	489	18	28	30	22	1.97
11842349--11842401	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
11842597--11843034	158	2.8	158	80	5	524	18	28	30	22	1.97
11843877--11843929	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
11846778--11846829	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
11849243--11849283	17	2.4	17	100	0	82	29	24	21	24	1.99
11854721--11854773	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
11854747--11855240	159	3.1	157	77	5	510	19	28	29	22	1.98
11855223--11855275	26	2.0	26	92	0	88	28	18	22	30	1.98
11855418--11855470	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
11855311--11855643	183	1.8	184	83	3	447	20	26	27	25	1.99
11855601--11855653	26	2.0	26	82	7	63	26	16	20	35	1.94
11857372--11857427	26	2.2	26	93	0	94	28	25	19	26	1.99
11857440--11858222	159	4.9	159	77	6	744	19	28	30	22	1.98
11857409--11858222	318	2.6	315	85	2	1069	19	28	29	22	1.98
11860383--11860849	157	2.9	159	80	2	519	17	27	31	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11860821--11860899	26	3.0	26	94	3	133	27	24	18	29	1.98
11861607--11862107	159	3.2	157	75	7	429	20	27	30	21	1.98
11862081--11862133	26	2.0	26	85	7	72	28	20	18	32	1.97
11862172--11862462	158	1.8	158	83	2	388	17	26	31	24	1.97
11862436--11862488	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
11861839--11862650	355	2.3	353	82	3	993	19	26	30	23	1.98
11862561--11862926	171	2.1	171	86	2	520	18	24	31	25	1.97
11862988--11863040	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
11863014--11863505	158	3.1	156	76	6	479	19	27	30	22	1.98
11863488--11863540	26	2.0	26	85	7	72	28	24	16	30	1.97
11864039--11864091	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
11865564--11865616	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
11865880--11865915	13	2.8	13	100	0	72	8	52	22	16	1.70
11866522--11866868	184	1.9	184	82	4	380	21	26	27	23	1.99
11866526--11866868	183	1.9	184	83	4	451	21	26	27	24	1.99
11866815--11866867	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
11867545--11867597	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
11868212--11868264	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
11868581--11868630	26	1.9	26	87	0	73	34	28	10	28	1.89
11869081--11869133	26	2.0	26	92	7	90	30	24	16	28	1.97
11868746--11869817	514	2.1	514	84	2	1346	19	26	29	24	1.99
11869169--11869621	159	2.9	158	79	3	525	17	28	30	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11869595--11869647	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
11869793--11869843	26	2.0	26	88	7	77	33	25	11	29	1.91
11869490--11869846	197	1.8	196	88	3	547	20	26	28	23	1.99
11870513--11870565	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
11870699--11870749	26	2.0	26	92	7	86	27	21	19	31	1.97
11870441--11870945	197	2.7	189	84	4	626	21	26	27	24	1.99
11870895--11870946	26	2.0	26	88	7	79	32	23	13	30	1.93
11871614--11871666	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
11871640--11872172	158	3.4	155	73	8	459	19	26	30	22	1.98
11872284--11872336	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
11874377--11874426	26	1.9	26	87	0	73	30	28	14	28	1.95
11874381--11874782	196	2.1	190	79	8	426	21	27	28	23	1.99
11874559--11874611	26	2.0	26	82	7	63	26	20	22	30	1.98
11874913--11874943	12	2.6	12	100	0	62	12	29	19	38	1.89
11875607--11875657	26	2.0	26	88	0	75	27	21	15	35	1.94
11875382--11875794	184	2.2	184	87	2	562	19	27	28	24	1.99
11875633--11876222	158	3.7	157	74	5	481	20	27	29	22	1.98
11876944--11876996	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
11876918--11877338	183	2.3	184	85	3	555	20	25	29	25	1.99
11877154--11877811	158	4.2	158	77	5	614	18	27	30	23	1.98
11878484--11878872	159	2.5	158	76	6	408	18	27	32	21	1.96
11878919--11878971	26	2.0	26	85	0	70	24	20	20	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11879300--11879352	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
11879326--11879816	158	3.1	158	78	4	510	19	26	30	24	1.98
11881363--11881415	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
11881536--11882735	517	2.3	510	80	4	1262	23	28	26	20	1.99
11882284--11882790	159	3.2	155	79	7	509	22	29	27	20	1.98
11882764--11882816	26	2.0	26	88	0	79	22	18	30	28	1.98
11882980--11883029	26	2.0	26	92	4	84	30	16	24	30	1.96
11883003--11883464	158	2.9	157	76	6	441	23	30	26	19	1.98
11883478--11883529	26	2.0	26	88	0	77	28	11	28	30	1.92
11884024--11884076	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
11884417--11884918	159	3.2	158	77	4	494	23	30	27	18	1.98
11884894--11884944	26	2.0	26	96	0	93	25	19	29	25	1.99
11886135--11886187	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
11886131--11886492	197	1.8	196	83	2	485	24	27	25	21	1.99
11886368--11886752	159	2.4	158	79	3	364	24	30	27	18	1.98
11887028--11887080	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
11887053--11887556	159	3.2	159	77	6	434	23	29	27	19	1.98
11887530--11887582	26	2.0	26	89	7	81	22	18	30	28	1.98
11887727--11887779	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
11887753--11888095	158	2.2	157	81	6	381	22	27	27	23	1.99
11888071--11888121	26	2.0	26	96	0	93	25	19	29	25	1.99
11889425--11889477	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11890143--11890488	159	2.2	159	82	6	407	22	30	27	19	1.98
11890982--11891501	158	3.3	156	76	7	438	22	28	27	21	1.99
11891482--11891534	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
11892012--11892042	12	2.6	12	100	0	62	38	19	29	12	1.89
11892215--11892267	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
11892556--11892606	26	2.0	26	88	7	77	33	17	19	29	1.95
11892791--11893453	159	4.2	158	79	3	666	22	29	28	19	1.98
11893427--11893479	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
11893636--11893689	26	2.1	26	93	6	92	27	16	24	31	1.96
11893819--11893876	26	2.2	26	87	0	89	22	20	31	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402