genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.345.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  345  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31700921--31700971	26	2.0	26	92	0	84	27	15	25	31	1.96
31701300--31701352	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
31701325--31701828	159	3.2	158	79	5	509	24	29	26	19	1.98
31702472--31702793	171	1.9	171	81	1	394	22	29	28	19	1.98
31702852--31702904	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
31703656--31703998	157	2.2	158	81	4	422	22	32	26	18	1.97
31703972--31704024	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
31704363--31704553	106	1.8	106	82	4	251	27	25	25	21	1.99
31704201--31704720	266	2.0	263	84	3	677	25	26	27	21	1.99
31704638--31704933	159	1.9	158	82	2	378	24	32	27	16	1.96
31706017--31706049	11	3.0	11	90	0	57	15	27	30	27	1.96
31706120--31706460	157	2.2	157	79	6	373	23	30	25	19	1.98
31706434--31706486	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
31706825--31707021	106	1.9	106	82	4	254	28	24	26	20	1.99
31706663--31707181	265	2.0	263	83	3	666	25	26	27	20	1.99
31707057--31707433	159	2.4	158	78	4	418	23	30	26	19	1.98
31707616--31707984	184	2.0	183	82	1	443	23	27	27	21	1.99
31707799--31708244	159	2.8	157	80	4	457	23	30	27	18	1.98
31708997--31709047	26	2.0	26	92	0	84	33	21	19	25	1.97
31709340--31709392	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
31709181--31709745	196	3.0	182	78	8	612	22	29	27	21	1.99
31709546--31709597	26	2.0	26	88	3	77	36	19	21	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31710001--31710053	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
31710736--31710788	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
31711645--31712086	159	2.8	155	76	6	456	23	30	26	19	1.98
31712062--31712117	26	2.2	26	90	0	85	26	17	25	30	1.97
31712745--31712796	26	2.0	25	92	3	86	28	19	23	28	1.98
31713085--31713137	26	2.0	26	81	0	61	24	18	30	26	1.98
31714066--31714118	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
31715142--31715192	26	2.0	26	92	7	86	29	19	23	27	1.98
31715746--31715797	26	2.0	26	85	14	72	30	15	23	30	1.95
31714983--31715853	392	2.2	391	84	3	1108	26	27	25	21	1.99
31715770--31716240	159	3.0	156	76	5	444	22	29	27	19	1.98
31716248--31716300	26	2.0	26	88	0	79	32	20	20	26	1.98
31716061--31716722	355	1.9	355	80	3	785	25	27	26	20	1.99
31718123--31718173	26	2.0	26	88	0	75	29	25	17	27	1.98
31718648--31719040	195	2.0	196	81	3	452	21	25	29	24	1.99
31719343--31719395	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
31719866--31719915	26	1.9	26	91	0	82	28	30	14	28	1.95
31727064--31727116	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
31727090--31727760	158	4.2	158	78	7	611	19	27	30	22	1.98
31727734--31727786	26	2.0	26	86	13	74	30	24	16	28	1.97
31727563--31727955	196	2.0	197	85	1	538	22	25	28	24	1.99
31728101--31728153	26	2.0	26	85	7	72	32	28	15	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31728161--31728787	158	4.0	159	77	6	583	18	28	29	22	1.98
31728163--31728787	317	2.0	315	81	5	724	18	28	29	22	1.98
31729482--31729534	26	2.0	26	85	0	70	33	24	15	26	1.95
31729982--31730086	26	4.0	26	81	7	115	27	22	20	29	1.98
31729979--31730084	52	2.0	52	83	3	133	27	22	19	30	1.98
31730060--31730562	159	3.2	158	78	6	516	19	25	30	24	1.98
31730536--31730588	26	2.0	26	85	7	72	26	22	18	32	1.97
31731258--31731310	26	2.0	26	92	0	88	30	30	16	22	1.96
31731339--31731785	159	2.8	156	77	5	450	19	28	29	22	1.98
31732123--31732174	25	2.0	26	92	3	88	26	28	19	25	1.98
31732149--31732640	159	3.1	157	74	8	404	20	28	29	21	1.98
31733856--31733908	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
31733930--31733973	12	3.7	12	78	0	52	34	29	31	4	1.78
31734736--31734788	26	2.0	26	82	13	65	28	24	16	30	1.97
31735799--31735851	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
31742371--31742708	158	2.1	158	84	4	432	17	26	31	24	1.97
31744268--31744673	159	2.6	156	74	8	381	21	25	30	22	1.99
31744742--31744794	26	2.0	26	85	7	72	24	24	20	30	1.99
31745401--31745453	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
31745885--31745937	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
31746975--31747027	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
31748820--31748872	26	2.0	26	85	0	70	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31748853--31749346	158	3.1	158	73	8	457	20	26	28	24	1.99
31749688--31749740	26	2.0	26	85	0	70	30	26	20	22	1.98
31749750--31750215	159	2.9	159	80	4	485	18	28	30	22	1.97
31749714--31750215	158	3.2	156	77	7	492	19	27	30	22	1.98
31750189--31750241	26	2.0	26	88	0	79	24	22	20	32	1.98
31751275--31751327	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
31752154--31752206	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
31752522--31752574	26	2.0	26	88	0	79	28	28	20	22	1.99
31754321--31754946	159	3.9	159	75	4	541	19	25	30	24	1.98
31754287--31754935	317	2.0	317	82	3	779	19	26	29	24	1.99
31754919--31754971	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
31755298--31755350	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
31755381--31756115	317	2.3	318	81	2	841	19	25	29	25	1.98
31756964--31757018	25	2.2	26	93	3	94	30	23	20	25	1.98
31756809--31757176	182	2.0	184	84	3	474	21	26	28	22	1.99
31757311--31757360	26	1.9	26	91	0	82	22	24	24	30	1.99
31758101--31758559	159	2.9	155	72	9	415	19	27	29	23	1.98
31758533--31758585	26	2.0	26	82	7	63	33	20	15	30	1.93
31759376--31759428	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
31760123--31760175	26	2.0	26	85	0	70	24	20	22	32	1.98
31759551--31760370	367	2.2	366	80	4	886	22	25	27	24	2.00
31761026--31761528	158	3.2	158	74	9	378	21	26	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31759923--31761562	878	1.9	880	80	3	1969	21	25	28	25	1.99
31761503--31761554	26	2.0	26	85	7	70	30	25	15	28	1.96
31759923--31761618	880	1.9	881	80	3	1957	21	25	28	24	1.99
31761700--31761750	26	2.0	26	88	0	75	31	29	9	29	1.89
31761726--31762236	157	3.2	154	70	13	394	20	26	30	23	1.99
31762366--31762415	26	1.9	26	84	8	66	30	24	16	30	1.96
31762544--31762893	158	2.2	158	80	3	373	18	27	31	23	1.97
31762472--31762904	159	2.7	158	77	6	439	17	27	31	23	1.97
31763588--31763640	26	2.0	26	88	0	79	28	26	20	24	1.99
31764272--31764324	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
31764331--31764632	159	1.9	158	81	2	363	18	28	30	22	1.97
31765766--31765818	26	2.0	26	85	7	72	30	22	18	28	1.98
31766130--31766183	26	2.1	26	89	0	81	27	27	18	25	1.98
31766156--31766661	159	3.2	157	74	5	473	21	26	28	22	1.99
31766635--31766687	26	2.0	26	85	7	72	30	22	18	28	1.98
31767451--31767897	160	2.8	157	77	5	430	19	27	28	24	1.99
31767871--31767923	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
31768240--31768292	26	2.0	26	85	0	70	28	26	16	28	1.97
31768581--31768632	26	2.0	26	85	7	70	30	25	15	28	1.96
31769306--31769358	26	2.0	26	88	0	79	26	26	16	30	1.97
31769477--31769835	158	2.3	159	79	3	391	19	25	30	25	1.98
31769807--31769859	26	2.0	26	82	7	63	24	26	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31770186--31770238	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
31770529--31770579	26	2.0	26	92	0	84	27	21	21	29	1.99
31770650--31770682	11	3.0	11	95	0	57	24	27	30	18	1.98
31771551--31771603	26	2.0	26	85	7	72	28	24	16	30	1.97
31778156--31778534	158	2.4	158	81	5	453	20	27	29	23	1.99
31778686--31778738	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
31778762--31779058	157	1.9	158	83	2	391	20	28	27	22	1.99
31778186--31779306	525	2.1	525	86	2	1525	21	27	28	23	1.99
31781670--31781722	26	2.0	26	89	7	81	30	22	16	30	1.96
31781524--31781878	182	2.0	181	82	6	443	20	25	27	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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