genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.195.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  195  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20658590--20658642	26	2.0	26	85	0	70	24	16	26	32	1.97
20660192--20660244	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
20660905--20660955	26	2.0	26	88	7	77	35	13	21	29	1.92
20661114--20661165	26	2.0	25	92	3	86	30	21	21	26	1.98
20661633--20661685	26	2.0	26	85	7	72	26	18	24	30	1.98
20662354--20662405	25	2.0	26	89	10	81	28	23	21	26	1.99
20663374--20663423	26	1.9	26	95	0	91	26	22	28	24	1.99
20663794--20664366	159	3.6	158	78	8	598	24	29	27	19	1.98
20666173--20666223	26	2.0	26	92	0	84	29	25	17	27	1.98
20666394--20666689	158	1.9	158	80	6	348	19	27	29	23	1.98
20666672--20666724	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
20667053--20667105	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
20667522--20667574	26	2.0	26	85	7	72	22	22	22	32	1.98
20669944--20669996	26	2.0	26	82	7	63	30	22	16	30	1.96
20670775--20671193	159	2.6	157	79	4	423	19	26	28	25	1.99
20671008--20671377	184	2.0	184	86	2	519	19	25	29	25	1.99
20672205--20672257	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
20672547--20672599	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
20672134--20672916	343	2.3	342	84	1	987	19	27	28	24	1.98
20674013--20674505	197	2.5	198	84	4	624	20	26	27	25	1.99
20674284--20674334	26	2.0	26	92	7	86	27	23	19	29	1.98
20675535--20675585	26	2.0	26	88	0	75	25	27	17	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20675719--20675771	26	2.0	26	82	7	63	30	24	16	28	1.97
20676247--20676297	26	2.0	26	88	7	77	29	23	17	29	1.97
20679152--20679542	159	2.5	158	77	6	405	19	25	31	22	1.98
20680326--20680378	26	2.0	26	85	7	72	26	20	20	32	1.98
20682928--20682978	26	2.0	26	88	7	77	29	23	17	29	1.97
20683002--20683031	12	2.5	12	94	0	51	36	26	30	6	1.82
20681826--20683175	500	2.7	496	78	9	1356	20	25	29	24	1.99
20683644--20683696	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
20690234--20690286	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
20690735--20690787	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
20691218--20691776	158	3.5	160	79	7	568	18	26	30	24	1.98
20691749--20691801	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
20692596--20692648	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
20692975--20693027	26	2.0	26	85	0	70	24	24	22	28	2.00
20693476--20693527	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
20693827--20693878	26	2.0	26	81	7	61	32	26	13	26	1.94
20693892--20694196	158	1.9	158	82	4	373	16	29	32	21	1.95
20695049--20695101	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
20695416--20695467	26	2.0	26	82	14	63	30	23	19	26	1.98
20695601--20695648	25	1.9	25	91	0	78	31	22	16	29	1.96
20696259--20696311	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
20697456--20697508	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20697798--20697850	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
20698464--20698516	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
20698778--20699155	170	2.3	164	85	7	493	19	27	30	22	1.98
20699129--20699181	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
20699313--20699365	26	2.0	26	85	0	70	26	24	18	30	1.98
20699035--20699366	184	1.8	184	86	2	479	20	27	27	24	1.99
20699435--20699478	11	4.0	11	93	0	79	18	29	36	15	1.92
20700617--20700669	26	2.0	26	85	0	70	28	22	18	30	1.98
20701514--20701566	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
20702785--20703111	171	1.9	171	79	2	361	22	25	30	21	1.99
20703167--20703219	26	2.0	26	85	0	70	30	24	18	26	1.98
20703665--20703720	26	2.2	26	83	6	69	30	21	17	30	1.96
20705171--20705638	159	3.0	156	78	7	444	18	26	30	23	1.98
20705137--20705779	157	4.2	157	76	9	515	20	25	29	24	1.99
20705970--20706467	159	3.1	158	80	6	517	21	26	29	22	1.99
20706798--20706850	26	2.0	26	85	7	72	28	26	22	22	1.99
20706824--20707168	159	2.2	157	79	4	361	18	26	31	23	1.97
20707763--20708180	159	2.6	156	77	8	441	18	28	28	24	1.98
20708123--20708525	210	1.9	210	85	6	566	21	24	28	25	1.99
20708561--20708613	26	2.0	26	88	0	79	30	26	18	24	1.98
20709640--20710139	158	3.2	156	75	6	486	20	24	29	25	1.99
20709977--20710371	184	2.1	183	83	2	497	21	24	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20710680--20710758	26	3.0	25	90	7	122	27	27	18	25	1.98
20711256--20711916	158	4.1	157	78	6	524	19	25	29	24	1.99
20711667--20712095	169	2.5	169	78	3	423	19	28	28	23	1.98
20712102--20712524	159	2.7	157	73	7	361	20	27	30	22	1.98
20713280--20713332	26	2.0	26	85	7	72	28	20	18	32	1.97
20712040--20713517	710	2.1	711	82	3	1762	20	26	28	23	1.99
20713726--20714174	170	2.6	169	81	4	521	16	27	32	23	1.96
20714148--20714252	26	4.0	26	93	0	174	27	29	18	24	1.98
20714396--20714448	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
20715280--20715642	158	2.3	158	78	4	354	19	24	29	26	1.98
20715616--20715694	26	3.0	26	89	7	117	30	21	17	30	1.96
20716022--20716074	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
20716048--20716551	159	3.2	157	78	6	477	19	25	30	24	1.98
20716263--20716549	157	1.8	158	82	6	377	19	25	29	25	1.98
20716523--20716575	26	2.0	26	92	7	90	28	22	20	28	1.99
20715642--20718055	870	2.7	864	80	6	2586	19	26	29	23	1.98
20718840--20718892	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
20718866--20719870	159	6.2	158	72	10	591	20	27	29	22	1.99
20720981--20721032	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
20721361--20721412	25	2.0	26	92	3	88	28	25	21	25	1.99
20721839--20721891	26	2.0	26	86	13	74	28	24	16	30	1.97
20721941--20722245	157	1.9	158	79	2	344	20	28	28	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20723036--20723088	26	2.0	26	82	7	63	28	22	22	26	1.99
20723168--20723504	157	2.1	158	81	2	381	18	29	29	22	1.98
20724363--20724415	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
20724453--20724492	12	3.3	12	78	0	53	35	20	32	12	1.90
20724444--20724510	24	2.8	24	95	0	116	35	22	31	10	1.88
20725178--20725230	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
20725362--20725414	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
20726183--20726596	159	2.6	159	78	4	424	18	28	29	24	1.98
20726183--20726637	158	2.9	158	75	8	429	18	27	30	23	1.98
20726755--20726807	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
20728138--20728188	26	2.0	26	88	0	75	35	31	7	25	1.85
20726487--20728193	881	1.9	881	80	2	1953	20	26	28	24	1.99
20726727--20728367	881	1.9	874	79	4	1865	21	26	28	24	1.99
20727608--20728696	501	2.2	501	81	2	1229	20	25	28	24	1.99
20728170--20728655	158	3.1	158	74	4	431	18	25	31	24	1.98
20729789--20730267	159	3.1	154	74	9	448	19	26	29	23	1.98
20730393--20730445	26	2.0	26	81	0	61	26	26	20	26	1.99
20733782--20733834	26	2.0	26	85	0	70	26	26	20	26	1.99
20734281--20734332	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
20734258--20735723	343	4.1	349	75	10	1173	19	26	30	24	1.98
20735358--20735410	26	2.0	26	92	7	90	26	22	22	28	1.99
20735860--20735919	26	2.4	26	81	10	72	30	21	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20737599--20737928	171	1.9	171	79	7	366	20	25	33	21	1.97
20737966--20738270	158	1.9	158	85	2	425	16	29	32	21	1.95
20739601--20739651	26	2.0	26	96	0	93	31	25	15	27	1.96
20741077--20741129	26	2.0	26	88	0	79	28	24	18	28	1.98
20741226--20741612	159	2.4	159	78	7	399	20	27	28	23	1.99
20741578--20741630	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
20741914--20741966	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
20742360--20742412	26	2.0	26	89	7	81	24	26	18	30	1.98
20742874--20742899	11	2.4	11	100	0	52	26	30	23	19	1.98
20743553--20743605	26	2.0	26	85	0	70	30	24	18	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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