genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.343.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  343  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31542687--31542737	26	2.0	26	92	0	84	29	27	17	25	1.98
31542873--31542925	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
31543472--31543524	26	2.0	26	89	7	81	30	22	16	30	1.96
31543886--31544260	159	2.4	158	73	5	346	21	26	29	22	1.99
31544520--31545092	172	3.3	170	67	16	457	20	27	28	24	1.99
31544724--31544774	26	2.0	26	96	0	93	27	25	19	27	1.99
31543080--31544956	870	2.2	861	80	6	2057	20	27	28	23	1.99
31544324--31545374	356	2.9	356	85	3	1286	20	27	28	23	1.99
31545078--31545130	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
31545188--31545607	159	2.6	159	77	5	391	18	27	28	25	1.98
31545104--31545605	158	3.2	156	75	5	459	20	26	28	24	1.99
31547496--31547547	26	2.0	26	92	3	88	26	26	21	25	1.99
31547522--31548023	159	3.2	158	78	3	526	19	28	30	21	1.97
31548687--31548738	26	2.0	26	85	14	72	26	26	17	28	1.97
31548837--31549205	158	2.3	158	78	3	348	18	26	30	24	1.98
31549188--31549240	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
31550070--31550122	26	2.0	26	82	13	65	30	22	16	30	1.96
31551524--31551574	26	2.0	26	96	0	93	23	25	19	31	1.98
31551892--31551942	26	2.0	26	92	0	84	25	27	19	27	1.99
31551918--31552580	159	4.2	157	76	6	523	19	25	29	25	1.98
31553588--31553639	26	2.0	25	96	3	95	26	19	21	32	1.97
31554320--31554372	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31554670--31555218	185	3.0	184	79	4	541	22	26	26	23	2.00
31555007--31555059	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
31561561--31561613	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
31561587--31562089	159	3.2	157	75	7	451	19	26	30	23	1.98
31562063--31562115	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
31562409--31562461	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
31563159--31563211	26	2.0	26	89	7	81	26	20	22	30	1.98
31563885--31563937	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
31564387--31564439	26	2.0	26	92	7	90	26	24	18	30	1.98
31564756--31564808	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
31572077--31572435	159	2.3	159	79	6	388	19	27	31	22	1.98
31572407--31572459	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
31572761--31572813	26	2.0	26	92	0	88	33	26	15	24	1.95
31573518--31573986	159	2.9	158	78	6	491	20	28	28	21	1.98
31573958--31574008	26	2.0	26	88	7	77	25	19	23	31	1.98
31574678--31574730	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
31576083--31576133	26	2.0	26	92	0	84	31	29	13	25	1.94
31576109--31576925	158	5.2	157	75	6	664	18	26	31	23	1.98
31576109--31576926	316	2.6	317	82	3	986	18	26	31	23	1.98
31576899--31576951	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
31576987--31577928	159	5.9	159	73	6	610	20	28	29	22	1.98
31577902--31577954	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31578092--31578728	343	1.9	343	83	2	850	21	26	29	22	1.99
31578092--31578810	343	2.1	343	80	2	818	20	26	29	23	1.99
31578479--31579139	159	4.2	158	75	6	523	19	26	31	23	1.98
31579113--31579164	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
31579312--31579947	343	1.9	331	82	4	788	19	27	30	22	1.98
31579304--31580023	343	2.1	331	80	4	778	18	27	29	23	1.98
31579714--31580337	317	2.0	317	83	2	788	18	27	31	23	1.97
31579685--31580337	159	4.1	158	79	5	649	18	27	30	23	1.98
31581043--31581095	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
31581196--31581607	157	2.6	157	78	8	447	18	27	30	23	1.98
31581135--31581607	159	3.0	157	76	7	515	18	26	30	24	1.98
31581808--31582254	159	2.8	156	78	6	470	17	26	31	24	1.97
31582227--31582279	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
31582960--31583012	26	2.0	26	82	7	63	32	26	18	22	1.97
31583369--31583855	159	3.1	157	76	5	498	18	26	30	24	1.98
31585682--31585734	26	2.0	26	92	0	88	28	28	20	22	1.99
31586466--31586518	26	2.0	26	88	0	79	30	24	16	28	1.97
31586632--31586991	154	2.3	155	78	6	359	21	24	28	25	1.99
31586695--31586980	154	1.9	154	82	2	369	21	25	27	25	1.99
31586963--31587015	26	2.0	26	82	7	63	28	24	18	28	1.98
31587172--31587224	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
31587356--31587408	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31588078--31588130	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
31590419--31590471	26	2.0	26	92	0	88	26	24	18	30	1.98
31590777--31590825	25	2.0	25	91	0	80	28	26	16	28	1.97
31590204--31591063	355	2.5	355	77	7	819	20	26	28	24	1.99
31590802--31591464	159	4.2	158	75	5	548	19	25	29	25	1.99
31592462--31592513	26	2.0	25	92	3	86	28	19	21	30	1.97
31593195--31593247	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
31593221--31593724	159	3.2	159	76	4	462	20	26	29	23	1.99
31593697--31593749	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
31593538--31594093	185	3.0	184	82	3	641	21	26	28	23	1.99
31593882--31593934	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
31593908--31594411	159	3.2	159	74	5	410	20	27	29	22	1.98
31593125--31594438	687	1.9	687	85	3	1829	20	27	28	23	1.99
31600943--31600995	26	2.0	26	85	7	72	28	20	20	30	1.98
31601210--31601707	185	2.7	184	80	5	556	19	26	28	25	1.99
31600784--31602103	553	2.4	545	84	5	1667	20	26	29	23	1.99
31602049--31602101	26	2.0	26	89	7	81	26	20	22	30	1.98
31602770--31602822	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
31603272--31603324	26	2.0	26	92	7	90	26	24	18	30	1.98
31603640--31603692	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
31610792--31611293	159	3.2	159	78	7	547	18	28	31	21	1.97
31611267--31611319	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31611332--31611636	159	1.9	157	82	4	371	20	26	30	22	1.98
31612313--31612365	26	2.0	26	85	0	70	26	26	20	26	1.99
31612412--31612843	159	2.7	159	76	7	354	20	27	27	24	1.99
31613536--31613588	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
31613931--31614242	172	1.8	171	85	2	437	19	25	31	23	1.98
31614211--31614289	26	3.0	26	94	3	133	26	22	20	30	1.98
31614958--31615008	26	2.0	26	88	7	77	31	27	13	27	1.94
31614984--31615642	158	4.2	158	74	7	543	18	28	31	21	1.97
31614984--31616803	316	5.6	314	73	12	1047	19	27	30	22	1.98
31615774--31615826	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
31616181--31616500	171	1.9	170	84	1	435	20	29	29	21	1.98
31616046--31616803	329	2.3	324	81	6	867	19	28	29	22	1.98
31616776--31616828	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
31616984--31617036	26	2.0	26	89	7	81	26	26	22	24	2.00
31617327--31617379	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
31616965--31617684	343	2.1	343	86	3	993	19	26	30	23	1.98
31617353--31618013	159	4.2	159	75	6	520	18	26	31	23	1.98
31617987--31618038	26	2.0	26	88	7	79	28	23	17	30	1.97
31618653--31619215	159	3.5	159	80	2	628	18	26	30	24	1.97
31619188--31619240	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
31619920--31619972	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
31620075--31620486	159	2.6	158	76	8	420	20	26	29	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31620632--31621135	159	3.2	157	76	8	511	18	25	30	24	1.98
31621797--31621849	26	2.0	26	85	7	72	28	28	18	24	1.98
31622177--31622228	26	2.0	26	88	3	79	25	23	21	30	1.99
31622243--31622703	159	2.9	157	80	6	511	18	26	30	24	1.98
31622202--31622700	157	3.2	156	78	6	542	18	26	30	24	1.98
31623396--31623448	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
31623999--31624394	159	2.5	159	77	5	399	18	26	29	25	1.98
31624365--31624417	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
31624562--31624614	26	2.0	26	88	0	79	30	28	18	22	1.98
31624904--31624956	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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