genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.105.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  105  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14146612--14147481	360	2.5	349	77	8	834	20	28	29	21	1.98
14147261--14147629	159	2.3	157	75	6	350	19	27	30	22	1.98
14147740--14147792	26	2.0	26	89	7	81	28	20	20	30	1.98
14148121--14148173	26	2.0	26	92	0	88	26	30	20	22	1.98
14148147--14148535	159	2.5	158	74	10	371	20	26	30	22	1.98
14146360--14148512	883	2.5	858	83	3	2563	20	27	29	22	1.99
14148623--14148675	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
14149348--14149397	26	1.9	26	95	0	91	26	28	20	26	1.99
14149578--14149869	157	1.9	157	78	5	329	19	28	29	22	1.98
14149909--14150230	171	1.9	170	81	1	394	20	26	31	21	1.98
14150223--14150575	184	1.9	184	83	2	449	21	24	29	24	1.99
14150432--14150902	159	3.0	158	79	4	484	17	26	31	24	1.97
14152308--14152360	26	2.0	26	88	0	79	30	26	18	24	1.98
14152374--14152836	159	2.9	153	79	9	441	17	28	31	22	1.97
14152809--14152861	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
14152897--14153351	160	2.9	159	80	4	506	16	29	30	22	1.96
14152245--14153534	514	2.6	507	84	5	1681	18	28	29	22	1.98
14153165--14153561	184	2.2	184	85	2	548	20	28	28	23	1.99
14153507--14153559	26	2.0	26	86	13	74	26	22	20	30	1.98
14154240--14154292	26	2.0	26	92	0	88	30	28	15	26	1.96
14156142--14156194	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
14156800--14157497	316	2.2	325	82	4	833	19	27	30	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14157470--14157548	26	3.0	26	96	0	149	27	22	18	30	1.98
14157561--14157878	171	1.9	171	88	1	485	16	27	35	21	1.94
14157864--14157914	26	2.0	26	84	7	68	25	27	19	27	1.99
14157522--14158076	171	3.2	170	78	8	445	17	27	32	21	1.96
14157890--14158288	159	2.5	156	73	10	367	19	27	32	21	1.97
14159089--14159141	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
14159235--14159629	171	2.4	165	79	7	403	18	26	31	24	1.97
14159602--14159654	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
14159628--14159979	159	2.2	157	77	4	364	20	28	28	22	1.98
14160104--14160156	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
14160828--14160880	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
14160862--14161283	159	2.7	158	79	5	395	19	29	30	20	1.97
14161872--14162218	158	2.2	159	80	2	367	21	25	27	24	1.99
14162189--14162244	26	2.2	26	90	6	87	26	23	21	28	1.99
14162769--14163152	196	2.0	196	82	2	475	20	23	29	26	1.99
14163585--14163637	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
14163967--14164017	26	2.0	26	88	0	75	31	27	13	27	1.94
14163357--14164212	368	2.3	364	79	8	889	20	26	29	22	1.99
14164298--14164640	157	2.2	158	83	2	413	20	24	28	26	1.99
14164898--14165334	159	2.8	159	76	4	400	18	27	29	24	1.98
14163726--14165332	841	1.9	841	80	3	1901	20	27	28	24	1.99
14165306--14165358	26	2.0	26	85	7	72	26	22	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14165159--14165516	184	1.9	184	84	2	477	19	27	29	23	1.98
14164754--14166370	499	3.2	498	79	6	1411	19	26	29	24	1.98
14165389--14165831	157	2.8	159	77	7	443	19	27	29	22	1.98
14166138--14166686	159	3.5	156	75	4	510	20	26	28	25	1.99
14167239--14167291	26	2.0	26	92	0	88	24	28	20	26	1.99
14167936--14167988	26	2.0	26	82	13	65	30	26	16	26	1.97
14168164--14168214	26	2.0	26	88	7	77	29	25	17	27	1.98
14168188--14168681	159	3.1	156	77	7	503	18	26	31	23	1.98
14168124--14169077	502	1.9	500	81	3	1166	19	25	30	24	1.98
14169128--14169180	26	2.0	26	92	0	88	26	28	22	22	1.99
14168659--14169508	463	1.8	463	82	4	1063	21	26	29	22	1.99
14169217--14169655	159	2.8	157	77	5	434	17	28	30	23	1.97
14169628--14169680	26	2.0	26	89	7	81	26	24	22	26	2.00
14169844--14169896	26	2.0	26	88	0	79	30	24	20	24	1.99
14170186--14170238	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
14171379--14171487	55	2.0	55	89	7	168	23	33	23	18	1.96
14173654--14173706	26	2.0	26	96	0	97	30	20	18	30	1.97
14175277--14175329	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
14175457--14175806	158	2.2	157	78	5	355	20	26	28	25	1.99
14175506--14175806	158	1.9	159	81	3	365	19	25	29	25	1.98
14176475--14176527	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
14176793--14177131	148	2.3	144	81	5	362	17	24	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14176852--14177135	148	1.9	149	84	2	383	17	25	29	27	1.98
14177427--14177479	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
14178171--14178223	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
14180193--14180633	171	2.6	170	81	6	489	19	27	29	22	1.98
14181108--14181160	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
14181830--14181882	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
14182525--14182577	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
14182325--14183976	868	1.9	864	82	4	2081	21	26	28	23	1.99
14183565--14183920	156	2.3	156	79	6	378	20	25	29	23	1.99
14183892--14183944	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
14184089--14184141	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
14183788--14184173	197	2.0	194	83	4	490	21	24	29	23	1.99
14184431--14184483	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
14185008--14185498	158	3.1	155	79	7	549	19	27	30	22	1.98
14186407--14186459	26	2.0	26	85	7	72	28	24	16	30	1.97
14186782--14186834	26	2.0	26	85	0	70	26	26	16	30	1.97
14186533--14187347	354	2.3	348	79	7	875	19	28	28	23	1.98
14187247--14187663	158	2.6	157	78	6	392	17	28	29	24	1.97
14188002--14188054	26	2.0	26	92	7	90	26	30	20	22	1.98
14189259--14189760	158	3.2	159	76	5	383	22	27	26	23	1.99
14189742--14189792	26	2.0	24	85	14	68	27	25	17	29	1.98
14189325--14190298	513	1.9	513	82	3	1244	20	28	28	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14190248--14190299	26	2.0	26	85	7	70	28	21	17	32	1.96
14190832--14191235	159	2.5	159	81	5	476	17	29	29	23	1.97
14192530--14192581	26	2.0	26	96	0	95	26	28	19	25	1.98
14192233--14192595	194	1.9	194	82	9	461	22	27	26	23	2.00
14192751--14192969	111	2.0	111	94	0	384	20	28	30	21	1.98
14192984--14193036	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
14193703--14193758	26	2.2	26	90	0	85	28	25	21	25	1.99
14193840--14194216	156	2.4	158	82	6	469	19	27	29	23	1.98
14194188--14194239	26	2.0	25	92	3	86	28	19	19	32	1.96
14194700--14194752	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
14194897--14194949	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
14195316--14195368	26	2.0	26	85	0	70	26	22	20	30	1.98
14195393--14195686	159	1.9	158	84	3	403	18	29	30	21	1.97
14195781--14195813	11	3.0	11	100	0	66	18	27	36	18	1.94
14196393--14196445	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
14196426--14196811	159	2.4	158	74	8	388	20	26	30	21	1.98
14196419--14196908	158	3.1	155	72	9	441	20	27	29	22	1.98
14196893--14196945	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
14197445--14197497	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
14197226--14197656	184	2.3	184	81	7	468	21	26	27	25	1.99
14197479--14197814	159	2.1	158	82	4	417	19	28	28	22	1.98
14197920--14197972	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14198104--14198156	26	2.0	26	85	7	72	26	20	20	32	1.98
14198484--14198536	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
14198985--14199037	26	2.0	26	89	7	81	26	22	18	32	1.97
14199196--14199248	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
14199222--14199566	159	2.2	158	87	2	496	18	27	31	22	1.97
14199539--14199591	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
14200338--14200767	159	2.7	158	78	2	378	16	29	31	22	1.96
14200749--14200827	26	3.0	26	94	0	131	26	24	20	29	1.99
14201499--14201551	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
14201828--14202205	184	2.1	184	86	3	537	21	24	28	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402