genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.216.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  216  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22218681--22218732	26	2.0	26	92	7	88	28	19	25	26	1.98
22219720--22219772	26	2.0	26	85	0	70	28	18	22	30	1.98
22219534--22220211	368	1.8	357	80	10	774	24	28	26	19	1.99
22219047--22220666	881	1.8	882	83	3	2123	24	28	25	20	1.99
22220136--22220627	158	3.1	157	72	8	440	23	29	26	20	1.99
22220601--22220653	26	2.0	26	86	13	74	26	16	26	30	1.97
22222504--22222800	159	1.9	159	87	0	441	23	30	28	17	1.97
22222848--22222900	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
22223941--22223993	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
22225190--22225532	156	2.2	159	80	3	372	23	32	26	18	1.97
22225372--22225712	184	1.9	182	83	4	445	22	30	27	20	1.98
22226159--22226208	25	2.0	26	92	4	84	32	16	20	32	1.94
22226905--22227407	158	3.2	157	78	4	524	21	30	27	20	1.98
22227381--22227433	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
22228101--22228153	26	2.0	26	89	7	81	30	20	24	24	1.99
22228280--22228340	26	2.3	26	88	0	95	24	22	26	26	2.00
22228101--22228459	187	1.9	187	81	3	427	25	30	25	19	1.98
22228802--22228854	26	2.0	26	89	7	81	28	22	22	26	1.99
22228987--22229038	26	2.0	26	85	3	70	23	23	26	26	2.00
22229615--22229658	11	4.0	11	81	0	52	22	36	27	13	1.92
22229753--22230255	158	3.2	157	78	4	499	23	29	27	19	1.98
22230229--22230280	26	2.0	26	88	0	77	28	19	25	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22230425--22230794	184	2.0	184	81	2	429	26	30	24	18	1.98
22231084--22231136	26	2.0	26	92	7	90	26	16	26	30	1.97
22232047--22232099	26	2.0	26	92	0	88	24	20	26	28	1.99
22232072--22232440	170	2.2	170	79	7	390	23	29	26	20	1.99
22232414--22232466	26	2.0	26	89	7	81	30	20	20	28	1.98
22232803--22232855	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
22233518--22233570	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
22233806--22233858	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
22234305--22234356	26	2.0	26	92	0	86	25	13	25	36	1.92
22234475--22234773	159	1.9	159	87	2	440	25	33	26	14	1.94
22234820--22234872	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
22235571--22235978	158	2.6	159	82	1	487	22	31	30	16	1.95
22236927--22236979	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
22237307--22237359	26	2.0	26	88	0	79	28	22	26	22	1.99
22243739--22244221	158	3.1	158	82	4	571	22	30	27	19	1.98
22244202--22244254	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
22245060--22245806	343	2.2	342	87	2	1059	21	29	28	20	1.98
22245720--22245772	26	2.0	26	92	0	88	24	22	26	26	2.00
22246433--22246511	26	3.0	26	90	3	124	30	18	22	27	1.98
22247839--22247894	26	2.2	26	96	0	103	26	19	23	30	1.98
22248022--22248074	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
22247836--22248233	183	2.2	184	85	2	532	24	27	25	21	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22248047--22248516	160	3.0	158	76	5	444	24	30	26	18	1.98
22249432--22249484	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
22250152--22250204	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
22250178--22250681	158	3.2	156	75	5	458	23	29	26	20	1.98
22251304--22251356	26	2.0	26	85	7	72	30	20	20	28	1.98
22251754--22251806	26	2.0	26	88	0	79	30	18	22	28	1.98
22252635--22252687	26	2.0	26	88	0	79	26	22	24	26	2.00
22252830--22252882	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
22254187--22254238	26	2.0	26	92	0	86	25	17	28	28	1.97
22254383--22254435	26	2.0	26	85	7	72	32	20	18	28	1.97
22254408--22254770	158	2.3	158	79	4	399	23	29	26	19	1.98
22254408--22254853	159	2.8	158	75	7	415	22	29	27	20	1.98
22254882--22254934	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
22253981--22255611	698	2.3	695	84	2	2110	22	29	27	20	1.99
22255108--22255659	158	3.5	157	80	4	610	23	31	26	18	1.97
22255936--22255988	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
22256438--22256490	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
22257489--22257541	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
22257698--22257750	26	2.0	26	85	7	72	28	18	22	30	1.98
22258270--22258616	159	2.2	157	78	7	371	24	29	25	20	1.99
22258787--22258839	26	2.0	26	85	7	72	32	20	22	24	1.98
22259271--22259323	26	2.0	26	88	0	79	24	16	30	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22259439--22259822	157	2.4	155	75	6	360	24	31	25	18	1.97
22260995--22261047	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
22261204--22261254	26	2.0	26	88	7	77	31	17	21	29	1.96
22262982--22263006	9	2.8	9	100	0	50	12	72	8	8	1.29
22263132--22263184	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
22263668--22263720	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
22264154--22264206	26	2.0	26	86	13	74	30	16	24	28	1.97
22263623--22264559	486	1.9	486	82	3	1186	23	29	26	21	1.99
22264743--22264768	13	2.0	13	100	0	52	38	38	23	0	1.55
22266342--22266834	159	3.1	157	75	7	397	22	29	28	19	1.98
22266833--22267463	171	3.8	170	77	9	505	21	30	28	19	1.98
22267144--22267510	158	2.3	157	83	2	430	23	30	25	20	1.98
22267492--22267544	26	2.0	26	89	7	81	28	16	24	30	1.97
22267688--22267740	26	2.0	26	88	0	79	30	16	22	30	1.96
22267173--22269683	696	3.6	685	79	5	2487	23	28	26	20	1.99
22268188--22268240	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
22268030--22268459	196	2.3	190	78	8	457	24	27	25	22	2.00
22268384--22268436	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
22268165--22268542	196	1.9	196	80	2	445	22	26	26	23	2.00
22268409--22268847	159	2.8	158	76	6	447	23	29	27	19	1.98
22268887--22268937	26	2.0	26	88	0	75	25	15	29	29	1.96
22269082--22269583	158	3.2	156	77	5	483	23	30	25	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22269042--22269497	158	2.9	158	78	3	486	24	29	26	19	1.98
22270449--22270501	26	2.0	26	92	7	90	26	20	24	28	1.99
22270646--22271149	159	3.2	157	76	6	498	23	30	27	19	1.98
22277259--22277337	26	3.0	26	86	0	113	27	17	24	30	1.97
22276949--22277672	369	2.0	369	81	4	852	23	28	26	21	1.99
22277628--22277680	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
22277469--22277830	184	2.0	184	81	2	422	24	27	26	21	1.99
22277654--22278495	159	5.3	156	75	6	651	23	28	27	19	1.98
22278801--22278853	26	2.0	26	89	7	81	30	15	22	32	1.94
22278826--22279252	158	2.7	154	81	6	464	24	27	28	20	1.99
22278939--22279675	367	2.0	367	78	4	772	22	28	25	22	1.99
22279667--22279719	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
22280756--22280808	26	2.0	26	85	7	72	28	20	24	26	1.99
22280783--22281284	159	3.2	155	77	7	506	23	29	26	20	1.99
22281258--22281313	26	2.2	26	90	6	87	28	19	23	28	1.98
22281973--22282023	26	2.0	26	92	7	86	31	19	21	27	1.97
22282350--22282806	159	2.9	158	73	6	420	23	30	27	18	1.98
22282533--22283660	525	2.2	514	82	4	1345	23	29	27	19	1.98
22283924--22285055	355	3.2	345	80	6	1106	23	30	26	19	1.98
22284938--22284990	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
22285659--22285709	26	2.0	26	92	0	84	31	21	25	21	1.98
22286036--22286088	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22286795--22286845	26	2.0	26	96	0	93	27	19	25	27	1.99
22286597--22287266	355	1.9	362	85	5	935	21	30	27	19	1.98
22286833--22287150	171	1.9	171	80	2	379	20	31	28	19	1.97
22287162--22287214	26	2.0	26	85	7	72	30	18	20	30	1.97
22287188--22287689	158	3.2	156	76	4	488	22	28	27	20	1.99
22287663--22287715	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
22288737--22288789	26	2.0	26	85	0	70	22	22	28	26	1.99
22288921--22288973	26	2.0	26	85	7	72	30	20	20	28	1.98
22288579--22289131	184	3.0	183	79	6	591	23	27	26	21	1.99
22289381--22289435	26	2.1	26	86	0	74	23	18	29	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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