genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.243.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  243  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24202093--24202532	159	2.8	159	79	2	463	18	30	30	21	1.97
24203239--24203291	26	2.0	26	88	0	79	28	28	16	26	1.97
24204131--24204183	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
24202644--24204317	892	1.9	893	88	1	2518	26	24	23	25	2.00
24204499--24204551	26	2.0	26	96	0	97	28	30	18	22	1.98
24204080--24204921	368	2.3	368	82	4	980	21	28	26	23	1.99
24204116--24205105	368	2.7	367	80	4	902	22	27	27	22	1.99
24205025--24205397	159	2.4	157	79	7	380	19	27	29	23	1.98
24205494--24205526	11	3.0	11	90	0	57	18	24	36	21	1.95
24205835--24205887	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
24206334--24206386	26	2.0	26	88	0	79	30	26	16	26	1.97
24207056--24207106	26	2.0	26	92	0	84	29	23	17	29	1.97
24207421--24207472	26	2.0	26	92	0	86	28	28	15	26	1.96
24207000--24208025	367	2.8	356	81	5	1111	20	27	29	22	1.98
24208128--24208472	184	1.9	184	84	1	467	21	26	28	23	1.99
24208646--24208698	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
24208227--24209249	367	2.8	367	82	3	1193	21	26	28	24	1.99
24209754--24210235	159	3.0	156	75	7	452	18	27	30	23	1.98
24211407--24211457	26	2.0	26	84	7	68	29	23	17	29	1.97
24211887--24211961	26	2.8	26	72	9	80	56	10	10	22	1.64
24212299--24212758	158	2.9	159	75	4	433	20	26	28	23	1.99
24212299--24212776	159	3.0	159	74	4	442	21	26	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24213381--24213432	26	2.0	26	88	7	79	30	26	15	26	1.96
24212459--24213432	498	1.9	508	81	5	1161	20	27	29	22	1.98
24220121--24220440	171	1.9	171	82	2	401	20	27	30	22	1.98
24220273--24221034	158	4.8	158	78	4	696	19	26	30	22	1.98
24220047--24221034	316	3.1	315	79	5	957	19	26	30	22	1.98
24221008--24221059	26	2.0	26	85	7	70	26	25	19	28	1.98
24221656--24222100	183	2.4	183	81	3	482	19	28	27	24	1.98
24221973--24222430	159	2.9	157	77	4	346	17	28	31	22	1.96
24223296--24223664	158	2.3	157	81	4	395	21	25	27	25	1.99
24224087--24224139	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
24224455--24224507	26	2.0	26	85	7	72	26	26	20	26	1.99
24224481--24224982	159	3.2	159	76	6	414	20	27	29	23	1.99
24224959--24225008	26	1.9	26	88	8	75	24	26	20	30	1.98
24225676--24225728	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
24226086--24226551	159	3.0	157	74	5	409	20	26	29	23	1.99
24226080--24226571	157	3.1	157	74	5	452	21	25	29	23	1.99
24227266--24227318	26	2.0	26	88	0	79	30	26	18	24	1.98
24227634--24227686	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
24227660--24228162	159	3.2	158	75	6	482	19	27	30	22	1.98
24228136--24228187	26	2.0	26	85	7	70	32	26	13	26	1.94
24228847--24228900	26	2.0	27	92	3	92	25	27	20	25	1.99
24229191--24229243	26	2.0	26	88	0	79	28	26	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24228775--24230078	343	3.8	342	74	13	1061	19	26	29	24	1.98
24229251--24229891	158	4.0	157	73	9	470	19	26	30	23	1.98
24229864--24229916	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
24231443--24231495	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
24231568--24231969	158	2.5	158	73	8	359	18	27	30	24	1.98
24233907--24233959	26	2.0	26	92	0	88	26	28	18	26	1.98
24234272--24234326	25	2.2	26	90	3	85	29	25	18	27	1.98
24233856--24235215	368	3.7	365	82	5	1511	20	28	28	22	1.98
24234630--24234682	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
24234998--24235050	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
24235021--24235525	158	3.2	158	74	8	477	20	26	29	23	1.99
24235499--24235551	26	2.0	26	85	7	72	32	24	16	26	1.97
24236220--24236272	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
24236589--24236641	26	2.0	26	92	0	88	26	24	18	30	1.98
24236943--24236995	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
24236148--24237633	343	4.2	343	79	7	1372	20	27	29	22	1.98
24237798--24237850	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
24237955--24238356	170	2.4	171	83	3	472	22	27	29	20	1.99
24239689--24239744	26	2.2	26	90	0	85	30	26	19	23	1.98
24239303--24240423	349	3.2	354	79	8	1062	20	27	28	22	1.99
24240054--24240106	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
24240080--24240583	159	3.2	158	75	5	381	19	27	29	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24241251--24241303	26	2.0	26	92	0	88	26	30	18	24	1.98
24241448--24241500	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
24241217--24241587	197	1.9	197	88	1	564	22	28	26	23	1.99
24241803--24241852	26	2.0	25	92	4	82	30	30	14	26	1.94
24241952--24242328	158	2.4	157	78	8	399	19	27	28	24	1.99
24242298--24242353	26	2.2	26	83	6	69	30	23	17	28	1.97
24244178--24244230	26	2.0	26	88	0	79	32	28	16	22	1.96
24244148--24245267	366	3.2	353	81	7	1177	20	26	28	23	1.99
24244981--24245426	159	2.8	158	77	8	406	19	27	29	23	1.98
24245520--24245546	11	2.5	11	100	0	54	18	29	33	18	1.95
24246172--24246501	159	2.1	158	81	0	381	19	25	30	24	1.98
24247208--24247259	26	2.0	26	92	0	86	26	26	19	26	1.99
24247722--24247774	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
24249452--24249504	26	2.0	26	85	0	70	28	26	16	28	1.97
24249058--24249898	354	2.3	362	80	7	937	21	25	28	24	1.99
24250204--24250256	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
24250572--24250650	26	3.0	26	94	0	131	30	29	16	24	1.96
24250204--24251018	394	2.1	394	84	2	1066	21	27	27	23	1.99
24251351--24251401	21	2.4	21	93	0	84	23	21	39	15	1.92
24252760--24252812	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
24252786--24253288	159	3.2	158	76	7	390	17	27	31	23	1.97
24253847--24254555	367	1.9	367	83	2	904	19	26	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24254611--24254639	12	2.4	12	100	0	58	24	27	41	6	1.80
24254745--24254797	26	2.0	26	89	7	81	28	28	18	24	1.98
24254847--24255274	159	2.7	160	76	4	425	19	29	27	23	1.98
24255945--24256941	368	2.7	368	84	3	1208	20	27	28	22	1.99
24256704--24256756	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
24256737--24257231	159	3.1	158	77	7	518	18	27	31	23	1.97
24257207--24257257	26	2.0	26	84	7	68	29	25	13	31	1.94
24257436--24257908	183	2.6	182	80	3	520	20	26	26	25	1.99
24257854--24257906	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
24258616--24258668	26	2.0	26	88	0	79	24	24	22	28	2.00
24259100--24259149	26	1.9	26	84	8	66	26	26	20	28	1.99
24259811--24260553	355	2.1	348	81	7	829	20	27	28	22	1.99
24261777--24261829	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
24261382--24262375	368	2.7	367	82	3	1129	21	27	28	23	1.99
24262145--24262195	26	2.0	26	81	14	61	29	25	17	27	1.98
24262171--24262670	158	3.2	155	72	9	422	20	28	29	22	1.98
24262644--24262696	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
24263402--24264080	329	2.1	329	80	1	741	20	25	30	23	1.98
24265152--24265204	26	2.0	26	92	0	88	24	28	22	24	2.00
24265349--24265401	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
24265375--24265736	159	2.3	157	77	5	377	20	28	29	20	1.98
24266627--24266679	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24266237--24267230	368	2.7	367	80	2	1048	22	27	27	22	1.99
24267905--24267957	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
24267834--24268503	355	1.9	355	84	3	891	19	27	29	23	1.98
24268286--24269262	159	6.2	157	71	11	517	19	25	29	25	1.98
24268861--24269297	157	2.8	157	75	7	438	19	26	29	24	1.98
24269404--24269456	26	2.1	25	89	3	79	24	24	22	28	2.00
24269429--24269931	159	3.2	158	76	4	474	19	26	30	23	1.98
24270620--24270672	26	2.0	26	85	7	72	26	26	20	26	1.99
24270972--24271024	26	2.1	25	85	3	70	26	26	18	28	1.98
24272404--24272870	158	3.0	156	73	11	360	19	26	29	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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