genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.241.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  241  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24067254--24067306	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
24067622--24067674	26	2.0	26	82	7	63	32	26	15	26	1.95
24065736--24073052	736	9.9	733	73	8	4197	21	26	28	23	1.99
24068357--24068409	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
24068725--24068777	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
24069093--24069145	26	2.0	26	92	0	88	24	28	22	24	2.00
24069717--24069742	11	2.4	11	100	0	52	26	30	23	19	1.98
24069848--24069900	26	2.0	26	92	0	88	26	28	18	26	1.98
24070216--24070268	26	2.0	26	96	0	97	26	26	22	24	2.00
24070585--24070637	26	2.0	26	92	0	88	33	22	16	26	1.96
24070953--24071002	26	1.9	26	91	0	82	24	28	18	30	1.97
24071338--24071390	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
24070559--24071917	753	1.8	753	80	4	1675	22	26	27	24	2.00
24072809--24072861	26	2.0	26	85	0	70	26	24	20	28	1.99
24074040--24074092	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
24074410--24074460	26	2.0	26	92	0	84	29	25	17	27	1.98
24075345--24075397	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
24075371--24075712	158	2.2	158	79	4	361	23	26	26	23	2.00
24076865--24077316	159	2.9	159	79	5	540	18	27	31	23	1.97
24076814--24077315	158	3.2	159	77	6	543	19	26	30	23	1.98
24077289--24077341	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
24077988--24078040	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24078310--24078360	26	2.0	26	88	0	75	25	29	17	27	1.98
24078768--24078820	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
24079858--24079909	25	2.0	26	96	3	97	26	26	21	25	1.99
24079454--24080461	367	2.7	366	83	3	1201	20	27	28	23	1.99
24081799--24081850	25	2.0	26	89	10	81	26	25	21	26	1.99
24081418--24082113	364	1.9	366	84	4	938	22	26	28	22	1.99
24082434--24082486	26	2.0	26	82	7	63	28	20	20	30	1.98
24083107--24083157	26	2.0	26	96	0	93	25	25	19	29	1.99
24084268--24085250	353	2.7	352	80	5	1005	20	26	29	22	1.99
24085004--24085056	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
24085030--24085531	158	3.2	158	75	4	501	19	26	29	24	1.98
24085505--24085559	26	2.1	26	100	0	110	27	23	20	29	1.99
24086341--24086806	159	2.9	160	78	7	450	19	27	29	23	1.98
24087494--24087546	26	2.0	26	85	7	72	26	22	20	30	1.98
24087469--24087879	184	2.2	184	80	2	450	23	25	26	24	2.00
24088034--24088084	26	2.0	26	84	0	66	35	25	11	27	1.91
24087575--24088517	355	2.7	356	84	3	1152	22	27	28	21	1.99
24088515--24088576	31	2.0	31	96	0	115	45	11	19	24	1.83
24088682--24088734	26	2.0	26	92	0	88	30	28	18	22	1.98
24089037--24089089	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
24090244--24090296	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
24091230--24091281	25	2.0	26	88	3	79	26	26	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24091597--24091649	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
24091697--24092112	157	2.6	158	79	4	374	18	27	30	24	1.97
24092100--24092149	26	1.9	26	84	8	66	26	26	20	28	1.99
24092818--24092870	26	2.0	26	88	0	79	26	28	18	26	1.98
24093187--24093237	26	2.0	26	96	0	93	27	25	19	27	1.99
24092778--24093545	367	2.1	367	81	3	875	19	26	29	24	1.98
24093840--24093892	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
24094341--24094391	26	2.0	26	84	7	68	29	25	17	27	1.98
24095063--24095115	26	2.0	26	88	0	79	33	26	15	24	1.95
24095430--24095477	25	1.9	25	95	0	87	25	31	20	22	1.98
24095798--24095850	26	2.0	26	89	7	81	26	24	22	26	2.00
24095032--24097109	368	5.7	362	79	5	1847	21	26	28	23	1.99
24096168--24096219	26	2.0	26	96	0	95	30	21	19	28	1.97
24096521--24096573	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
24095027--24097109	723	2.9	726	79	6	1937	21	26	28	23	1.99
24096872--24096927	26	2.2	26	93	0	94	30	26	17	25	1.97
24096974--24097403	158	2.7	159	78	2	445	17	26	31	24	1.97
24098480--24098532	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
24098094--24100477	368	6.6	367	76	7	2028	21	26	28	23	1.99
24099215--24099267	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
24099918--24099970	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
24101484--24101536	26	2.0	26	88	0	79	28	28	20	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24101991--24102040	26	1.9	26	91	0	82	26	26	20	28	1.99
24103498--24103550	26	2.0	26	86	13	74	30	26	16	26	1.97
24104203--24104279	26	3.0	26	88	0	118	24	27	18	29	1.98
24104388--24104760	159	2.3	159	78	5	387	19	26	29	24	1.98
24104732--24104784	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
24105442--24105492	26	2.0	26	92	0	84	27	25	15	31	1.96
24105809--24105861	26	2.0	26	89	7	81	28	26	20	24	1.99
24105835--24106336	159	3.2	158	74	8	371	20	27	29	22	1.98
24107031--24107086	26	2.2	26	86	0	76	33	25	16	25	1.95
24107389--24107441	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
24107992--24108044	26	2.0	26	85	0	70	28	26	16	28	1.97
24108018--24108424	158	2.6	157	77	8	396	21	26	30	21	1.98
24108082--24108516	158	2.8	157	78	6	373	19	26	30	23	1.98
24109151--24109200	26	1.9	26	87	0	73	24	24	20	32	1.98
24109649--24109701	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
24110003--24110055	26	2.0	26	88	0	79	26	20	20	32	1.98
24110371--24110423	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
24109613--24110985	369	3.8	365	81	5	1446	21	26	28	24	1.99
24110904--24111268	159	2.3	159	80	5	400	18	24	29	26	1.98
24111242--24111294	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
24111962--24112012	26	2.0	26	92	0	84	29	27	15	27	1.96
24112037--24112490	158	2.9	161	75	7	399	19	26	29	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24112462--24112514	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
24115173--24115469	159	1.9	159	83	1	389	18	26	30	23	1.98
24115478--24115978	158	3.2	157	73	6	384	21	28	28	21	1.99
24116674--24116752	26	3.0	26	92	0	131	26	27	18	26	1.98
24117068--24117120	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
24116700--24117670	368	2.7	354	81	4	1009	21	26	28	22	1.99
24117453--24117949	158	3.1	158	77	5	529	20	26	29	23	1.99
24117923--24117975	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
24118642--24118695	26	2.1	26	96	0	99	24	27	22	25	2.00
24118742--24119204	159	2.9	156	74	7	387	17	26	32	23	1.97
24118668--24119156	158	3.1	156	73	5	462	18	25	31	23	1.97
24119330--24119382	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
24118989--24119923	368	2.6	360	81	4	1057	20	26	30	22	1.98
24119711--24120214	159	3.2	159	74	7	371	20	26	29	23	1.99
24120884--24120936	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
24121239--24121291	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
24121934--24121985	26	2.0	26	84	0	68	30	26	15	26	1.96
24120845--24123570	695	3.9	696	84	2	3316	21	26	29	23	1.99
24121530--24123570	355	5.8	353	80	4	2003	21	26	28	23	1.99
24122274--24122326	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
24122630--24122681	26	2.0	26	92	0	86	26	26	19	26	1.99
24122983--24123035	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24123335--24123390	26	2.2	26	90	0	85	32	26	16	25	1.96
24124535--24124585	26	2.0	26	92	0	84	27	29	15	27	1.96
24124900--24124952	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
24124498--24125499	368	2.7	368	84	2	1232	21	27	28	23	1.99
24125268--24125320	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
24125294--24125794	159	3.2	158	77	6	433	20	27	29	22	1.99
24126466--24127178	367	1.9	368	88	1	1081	20	27	29	22	1.99
24127209--24127258	25	2.0	26	88	11	77	30	28	16	26	1.96
24127234--24127734	159	3.2	156	72	8	449	19	26	30	23	1.98
24127708--24127760	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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