genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.128.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  128  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15781941--15781993	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
15782030--15782922	355	2.5	354	81	5	970	19	26	30	23	1.98
15783180--15783232	26	2.0	26	89	7	81	28	18	20	32	1.97
15783693--15784076	158	2.4	158	81	1	473	17	27	30	24	1.97
15783652--15784075	159	2.7	158	80	3	494	16	28	29	24	1.97
15784049--15784101	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
15782405--15785670	881	3.7	877	86	2	3699	20	26	29	23	1.99
15784455--15784955	158	3.2	158	75	6	442	19	25	29	24	1.99
15786282--15786334	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
15786782--15786834	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
15787129--15787203	26	2.9	26	97	0	141	25	29	20	25	1.99
15787181--15787682	158	3.2	158	78	6	534	18	27	31	22	1.97
15787656--15787708	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
15788356--15788408	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
15789102--15789154	26	2.0	26	88	0	79	26	26	18	28	1.98
15788305--15790221	746	2.6	747	91	1	2982	19	27	29	23	1.98
15791058--15791110	26	2.0	26	88	0	79	28	30	16	24	1.97
15791084--15791588	159	3.2	159	80	4	545	19	28	30	21	1.97
15791560--15791612	26	2.0	26	86	13	74	30	24	16	28	1.97
15791878--15791902	13	1.9	13	100	0	50	12	56	16	16	1.68
15791941--15791991	26	2.0	26	92	0	84	29	31	13	25	1.94
15792391--15792443	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15793114--15793166	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
15793211--15794270	158	6.7	158	79	4	1109	18	28	31	22	1.97
15793140--15794270	315	3.6	315	88	1	1631	18	28	30	22	1.97
15794243--15794295	26	2.0	26	85	7	72	28	20	18	32	1.97
15794465--15794966	158	3.2	158	75	3	472	18	26	29	24	1.98
15795347--15795847	159	3.2	157	74	7	381	20	25	28	24	1.99
15795821--15795873	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
15794412--15796755	880	2.7	878	83	2	2801	20	26	28	24	1.99
15796201--15796251	26	2.0	26	84	7	68	29	31	13	25	1.94
15796234--15796718	159	3.1	156	76	6	467	19	25	30	23	1.98
15798108--15798160	26	2.0	26	89	7	81	26	26	18	28	1.98
15798317--15798368	26	2.0	26	88	3	79	28	23	19	28	1.98
15798343--15798843	158	3.2	155	77	5	475	19	25	30	24	1.98
15799027--15799078	26	2.0	26	88	0	77	25	26	23	25	2.00
15798097--15799397	712	1.8	709	82	2	1698	20	27	28	23	1.99
15799088--15799398	159	2.0	159	82	2	383	17	28	32	21	1.96
15800598--15800676	26	3.0	26	94	0	140	24	18	29	27	1.98
15801377--15801679	159	1.9	159	80	8	357	24	30	26	18	1.98
15801374--15801711	159	2.1	159	79	8	350	24	29	26	19	1.98
15801902--15801953	26	2.0	26	88	7	79	32	17	21	28	1.96
15801928--15802263	158	2.1	158	83	3	417	24	27	26	21	1.99
15802244--15802296	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15803429--15803478	26	1.9	26	84	8	66	28	16	24	32	1.96
15803795--15803847	26	2.0	26	86	13	74	30	15	24	30	1.95
15804290--15804342	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
15805488--15805540	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
15805407--15805947	197	2.7	195	81	3	577	23	28	26	21	1.99
15805882--15805934	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
15806632--15807058	158	2.7	157	73	6	362	26	28	26	18	1.98
15807119--15807171	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
15808678--15808728	26	2.0	26	92	0	84	33	19	21	25	1.97
15809179--15809231	26	2.0	26	88	0	79	28	16	26	28	1.97
15811242--15811294	26	2.0	26	85	7	72	26	22	22	28	1.99
15811532--15811584	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
15812226--15812278	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
15812422--15812474	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
15812161--15812518	196	1.8	197	83	5	483	21	26	29	22	1.99
15811332--15812788	694	2.1	691	81	4	1648	22	28	28	20	1.98
15812762--15812814	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
15811909--15812923	536	1.9	531	81	7	1218	22	28	28	20	1.98
15813442--15813494	26	2.0	26	88	0	79	28	20	22	28	1.99
15813835--15814408	159	3.6	158	74	6	487	25	31	26	16	1.96
15815177--15815229	26	2.0	26	96	0	97	24	20	26	28	1.99
15815334--15815839	158	3.2	159	75	3	511	22	27	27	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15819550--15819591	18	2.3	18	95	0	75	14	38	19	28	1.90
15822584--15822636	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
15822581--15822936	196	1.8	196	85	3	502	24	26	26	21	2.00
15822805--15823301	158	3.1	158	76	4	401	22	29	27	19	1.98
15822976--15823701	343	2.1	343	85	1	981	23	28	26	20	1.99
15822609--15823650	501	2.1	508	79	6	1094	23	28	26	20	1.99
15823624--15823676	26	2.0	26	92	0	88	22	20	28	28	1.99
15824652--15824704	26	2.0	26	89	7	81	26	18	24	30	1.98
15825387--15825439	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
15827492--15827544	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
15828191--15828243	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
15828702--15828751	26	2.0	24	85	14	66	30	26	12	32	1.92
15829205--15829257	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
15829231--15829721	159	3.1	155	76	9	476	18	26	31	23	1.98
15830184--15830236	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
15830908--15830962	26	2.1	26	90	6	85	32	23	16	27	1.96
15830989--15831396	159	2.6	157	74	9	362	17	26	29	25	1.97
15830989--15831436	158	2.8	157	72	8	388	18	27	29	24	1.98
15832533--15832585	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
15833255--15833307	26	2.0	26	88	0	79	24	26	20	28	1.99
15833720--15833752	11	3.0	11	90	0	57	24	27	30	18	1.98
15833968--15834020	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15834459--15834870	157	2.6	155	82	4	470	17	26	30	25	1.97
15835763--15836209	158	2.8	155	74	10	406	19	28	30	21	1.98
15836419--15836471	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
15837080--15837129	26	1.9	26	92	8	84	26	26	22	26	2.00
15837136--15837445	158	2.0	158	84	3	410	18	28	31	21	1.97
15837418--15837469	26	2.0	25	88	3	77	28	19	21	30	1.97
15837041--15838010	354	2.7	341	78	10	926	20	27	29	22	1.98
15837799--15837849	26	2.0	26	88	7	77	29	25	13	31	1.94
15843039--15843520	158	3.0	158	78	4	574	20	28	29	20	1.98
15843494--15843546	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
15843690--15843742	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
15844959--15845421	159	2.9	155	77	5	437	20	28	29	21	1.98
15845394--15845446	26	2.0	26	85	7	72	26	22	22	28	1.99
15845906--15845958	26	2.0	26	92	7	90	30	22	16	30	1.96
15845982--15846026	12	3.8	12	80	11	56	35	17	35	11	1.86
15845984--15846035	12	4.3	12	78	9	52	36	23	32	7	1.83
15846278--15846330	26	2.0	26	85	0	70	28	22	20	28	1.99
15846697--15846760	29	2.2	29	100	0	128	32	20	20	26	1.97
15846892--15846944	26	2.0	26	86	13	74	26	24	20	28	1.99
15847305--15847355	26	2.0	26	96	0	93	29	29	15	25	1.96
15847331--15847830	159	3.2	155	79	6	529	19	27	30	22	1.98
15848121--15848147	13	2.1	13	100	0	54	0	44	33	22	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15848133--15848583	159	2.8	159	77	5	502	21	25	30	22	1.99
15848134--15848677	159	3.4	159	75	5	485	20	26	28	24	1.99
15848872--15848922	26	2.0	26	96	0	93	27	25	19	27	1.99
15849218--15849274	28	2.0	28	83	6	71	26	22	21	29	1.99
15850351--15850403	26	2.0	26	82	7	63	30	24	20	24	1.99
15850717--15850769	26	2.0	26	88	0	79	28	26	20	24	1.99
15851556--15851608	26	2.0	26	82	7	63	30	24	20	24	1.99
15851615--15852081	158	3.0	158	77	5	381	19	28	30	22	1.98
15852776--15852828	26	2.0	26	88	0	79	30	26	18	24	1.98
15861432--15861484	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402